🔙 Quay lại trang tải sách pdf ebook Giáo trình Sinh học đại cương Ebooks Nhóm Zalo ĐẠI HỌC HUẾ Nguyễn Thị Mai Dung Giáo trình Sinh học đại cương Huế, 2006. 1 Mở đầu SINH HỌC ĐẠI CƯƠNG Thế giới sinh vật rất đa dạng biểu hiện ở các loài và các cấp độ tổ chức từ thấp lên cao. Sự sống có cấu tạo vật chất phức tạp, thu nhận và biến đổi năng lượng tinh vi, chứa và truyền đạt thông tin di truyền cùng nhiều biểu hiện như sự tăng trưởng, vận động, trao đổi chất, sinh sản, thích nghi, tiến hóa và các mối quan hệ với môi trường...Do đó trước tiên chúng ta tìm hiểu các đặc tính và biểu hiện của sự sống. I. Sự đa dạng và thống nhất của sự sống 1. Sự đa dạng Quanh ta có rất nhiều sinh vật : cây cỏ, tôm, cá, ếch nhái, rắn, chim thú... và các vi sinh vật. Có khoảng hơn hai triệu loài sinh vật trên trái đất mà con người chỉ là một trong số đó. - Mỗi loài sinh vật có những đặc tính riêng của nó về bên ngoài, bên trong và các biểu hiện sống đặc thù. Như hình dáng, kích thước, màu sắc, tuổi thọ... các loài khác nhau Ví dụ : vi khuẩn Escherichia coli (E. coli) có kích thước 1-2 micromet và mỗi thế hệ chỉ dài 20 phút, trong khi đó nhiều cây cổ thụ cao trên 50-60m có thể sống nghìn năm. Một nét đặc thù nữa của thế giới sinh vật là sự sống được biểu hiện ở nhiều mức độ tổ chức từ thấp đến cao nhất (từ phân tử cho đến toàn bộ sinh quyển trên hành tinh chúng ta). Có thể kể các mức tổ chức chủ yếu như sau: • Các đại phân tử sinh học, • Tế bào - đơn vị cơ sở của sự sống, • Cá thể - đơn vị của sự tồn tại độc lập của một sinh vật, • Quần thể - đơn vị cơ sở của tiến hoá, gồm nhiều cá thể của một loài, • Loài - đơn vị căn bản của tiến hoá và phân loại, • Quần xã - sự cùng tồn tại của nhiều loài sinh vật với nhau trên một vùng nhất định, • Hệ sinh môi (ecosystems) - đơn vị căn bản của sinh môi, • Sinh quyển - sự sống trên hành tinh chúng ta. Trong mỗi mức tổ chức còn có thể chia nhỏ như cơ thể gồm các mô, các cơ quan và các hệ cơ quan. Các thành phần của mỗi mức tổ chức liên quan với nhau thành một khối thống nhất kể cả sinh quyển. Sự đa dạng các loài là kết quả của quá trình tiến hoá lâu dài. 2. Sự thống nhất Sự thống nhất của sự sống chỉ được biết qua các phân tích khoa học. Sự thống nhất biểu hiện ở hệ thống phân loại và sự giống nhau ở các cấu trúc và cơ chế vi mô. Dựa vào những đặc điểm hình thái giống nhau có thể xếp các sinh vật vào những nhóm nhất định gọi là nhóm phân loại. Nhóm phân loại lớn nhất được gọi là giới - giới động vật- giới thực vật, ngày nay còn có thêm giới nấm. Mỗi giới được chia nhỏ dần : giới → giới phụ → lớp → bộ → họ → giống → loài. 2 Tất cả các loài sinh vật đều có thể xếp theo hệ thống phân loại này. Đây là bằng chứng về sự tiến hóa của sinh giới từ tổ tiên chung ban đầu - tiến hóa từ thấp lên cao. Sự thống nhất thể hiện ở những thành phần cấu tạo nên mỗi cơ thể. Thành phần hóa học của các sinh vật giống nhau từ những nguyên tố tham gia chất sống đến bốn nhóm chất hữu cơ: glucid, lipid, protein và acid nucleic. Tất cả các sinh vật đều có cấu tạo tế bào. Tế bào có biểu hiện đầy đủ các tính chất đặc trưng của sự sống - nó là đơn vị cơ sở của sự sống. II. Các tính chất đặc trưng cho sự sống Sự sống là một dạng hoạt động vật chất phức tạp hơn nhiều và cao hơn hẳn so với quá trình vật lý và hóa học trong tự nhiên. Nó có những tính chất đặc trưng giống nhau ở mọi loài. 1. Vật chất: cấu trúc phức tạp và tổ chức tinh vi Các sinh vật cũng được tạo nên từ những nguyên tố vốn có trong tự nhiên, nhưng cấu trúc bên trong rất phức tạp và chứa vô số các hợp chất hóa học rất đa dạng. Ví dụ : Vi khuẩn Escherichia coli (E-coli) - sinh vật đơn bào với kích thước (1-2 micromet, nặng 2.10-6 mg chứa khoảng 40 tỉ phân tử nước, 5000 loại các hợp chất hữu cơ khác nhau, có khoảng 3000 loại protein. Nếu tính ở người thì số loại protein khác nhau không phải là 3000 mà là 5 triệu loại khác nhau mà không có loại nào giống của E. coli mặc dù có một số hoạt động giống nhau. Thậm chí giữa hai người khác nhau protein cũng không giống nhau nên dễ xảy ra hiện tượng không dung hợp khi lấy mô của người này ghép cho người khác. Mỗi sinh vật có bộ protein và acid nucleic riêng biệt cho mình. Các chất phức tạp trong cơ thể sống hình thành nên các cấu trúc tinh vi thực hiện một số chức năng nhất định. Không những các cấu trúc như màng, nhân tế bào... mà cả từng loại đại phân tử cũng có vai trò nhất định. Ví dụ bệnh thiếu máu hồng cầu liềm được gọi là "bệnh phân tử". 2. Năng lượng: Sự chuyển hóa phức tạp Đặc điểm của sự sống là thu nhận năng lượng từ môi trường bên ngoài và biến đổi nó để xây dựng và duy trì tổ chức phức tạp đặc trưng cho sự sống. Một số các sinh vật lấy những chất đơn giản nhất như CO2, N2, H2O làm nguyên liệu và ánh sáng mặt trời làm nguồn năng lượng. Năng lượng tử của ánh sáng được chuyển thành năng lượng hóa học trong các chất hữu cơ của cây xanh, từ đó lưu chuyển sang các sinh vật khác. Sự chuyển hoá vật chất và năng lượng trong tế bào diễn ra phức tạp, nhiều phản ứng xảy ra đồng thời, nhanh nhạy, chính xác, hiệu quả cao và được điều hoà hợp lý. Vật chất vô sinh không có khả năng sử dụng năng lượng bên ngoài để duy trì cấu trúc bản thân nó như các sinh vật. Ngược lại vật chất vô sinh khi hấp thụ năng lượng bên ngoài như ánh sáng, nhiệt nó chuyển sang trạng thái hỗn loạn hơn và ngay sau đó tỏa ra xung quanh. Tóm lại tế bào là một hệ thống hở không cân bằng, nó lấy năng lượng từ bên ngoài vào, sử dụng vật chất và năng lượng với hiệu quả cao hơn hẳn so với phần lớn máy móc mà con người chế tạo ra. Về mặt năng lượng, tế bào cũng tuân theo quy luật nhiệt động học II: nó thu nhận vật chất và năng lượng để duy trì tổ chức cao của nó. 3 3. Thông tin: ổn định, chính xác và liên tục Chứa và truyền đạt thông tin là tính chất tuyệt diệu nhất của thế giới sinh vật, đạt mức phát triển cao hơn hẳn ở giới vô sinh. không có ở các chất vô sinh nếu thiếu sự chế tạo của con người, nó liên quan đến các quá trình sống chủ yếu như sinh sản, phát triển, tiến hóa và các phản ứng thích nghi. Thông tin được hiểu là khả năng của sinh vật cảm nhận trạng thái bên trong của hệ thống và những tác động lên nó từ môi trường ngoài, bảo tồn, xử lý và truyền đạt. Cấu trúc của thông tin xác định trạng thái nội tại của hệ thống. Trong các tế bào sống thông tin có hai dạng chủ yếu: thông tin di truyền và thông tin thích nghi. - Thông tin di truyền: Nhờ có thông tin, tế bào có khả năng tự sinh sản tạo ra thế hệ con giống hệt cha mẹ. Sự sinh sản gắn liền với tính di truyền được biểu hiện rõ qua nhiều thế hệ. Thế hệ trước truyền cho thế hệ sau không phải các tính trạng mà truyền chương trình phát triển của mỗi loài sinh vật được gọi là thông tin di truyền. Thông tin di truyền được mã hóa dưới dạng trình tự thẳng của 4 loại nucleotid rồi hiện thực hóa ra dạng cấu trúc các phân tử protein và các cấu trúc tế bào. Thông tin di truyền được hiện thực hoá ở thế hệ sau trong quá trình phát triển cá thể. Mỗi sinh vật trong quá trình lớn lên đều lặp lại chính xác các giai đoạn phát triển như của cha mẹ. Bộ máy di truyền chi phối mọi biểu hiện sống: tái tạo các cấu trúc tinh vi, điều hoà việc thực hiện hàng loạt chuỗi phản ứng hoá học phức tạp giúp cơ thể phản ứng và thích nghi với môi trường. Thông tin di truyền được truyền đạt cho nhiều thế hệ nối tiếp với sự ổn định cao nhờ các cơ chế sao chép chính xác và phân chia đều cho các tế bào con. Cá thể sinh vật đến lúc nào đó sẽ chết, nhưng thông tin không chết, lại được truyền cho thế hệ sau và có thể biến đổi tiến hoá. Nhờ sự nối tiếp di truyền mà sự sống từ khi xuất hiện cho đến nay là một dòng liên tục và tất cả các sinh vật trên quả đất đều có quan hệ họ hàng với nhau, bắt nguồn từ tổ tiên chung ban đầu. - Thông tin thích nghi Thông tin thích nghi lúc đầu xuất hiện ở đời sống cá thể, tạo ưu thế trong đấu tranh sinh tồn nên được chọn lọc tự nhiên giữ lại và ghi thêm vào thông tin di truyền của sinh vật, nó cũng chịu sự chi phối của bộ gen và được lưu truyền. Ví dụ : Ánh sáng ở đom đóm, các chất dẫn dụ của côn trùng, âm thanh của chim kêu... thực vât cũng có thông tin thích nghi nhưng chậm hơn: rể phát triển mạnh phía có nhiều phân, cây nghiêng ra ánh sáng... Bộ gen của những sinh vật tiến hoá cao hơn vẫn còn mang nhiều thông tin di truyền của tổ tiên. Điều này thể hiện rõ ở sự lặp lại các giai đoạn của tổ tiên trong sự pháy triển phôi của những sinh vật bậc cao. Tiến hoá thích nghi đã tạo nên sự đa dạng các sinh vật như ngày nay từ một tổ tiên ban đầu. Có lẽ các cơ chế thu nhận thông tin để phản ứng lại với môi trường sống chung quanh là quan trọng nhất trong tiến hoá. Tóm lại, sự sống là một dạng hoạt động vật chất phức tạp trên cơ sở tương tác đồng thời của 3 yếu tố vật chất, năng lượng và thông tin. 4 III. Các biểu hiện của sự sống Trên cơ sở hoạt động tích hợp của vật chất, năng lượng và thông tin, sự sống có nhiều biểu hiện đặc thù khác hẳn giới vô sinh. 1. Trao đổi chất Để tồn tại các tế bào phải thực hiện liên tục hàng loạt phản ứng hóa học để phân hủy chất dinh dưỡng cung cấp năng lượng và vật liệu cho các quá trình sinh tổng hợp và các quá trình sống khác như tăng trưởng, vận động, sinh sản... Toàn bộ các hoạt động hoá học của cơ thể sinh vật được gọi là trao đổi chất (metabolism). Khi sự trao đổi chất dừng thì cơ thể sinh vật sẽ chết. 2. Sự nội cân bằng Quá trình trao đổi chất tuy phức tạp, nhưng được điều hòa hợp lý để duy trì các hoạt động bên trong tế bào ở mức cân bằng và ổn định ở một trạng thái nhất định. Ví dụ, nhiệt độ cơ thể người bình thường luôn được duy trì ở 37oC dù thời tiết có thay đổi. Xu hướng các cơ thể sinh vật tự duy trì môi trường bên trong ổn định gọi là sự nội cân bằng (homeostasis) và được thực hiện do các cơ chế nội cân bằng. Sinh vật ở mức phát triển càng cao, các cơ chế điều hoà càng phức tạp. 3. Sự tăng trưởng (growth) Sự tăng trưởng (growth) là sự tăng khối lượng chất sống của mỗi cơ thể sinh vật. Nó bao gồm sự tăng kích thước của từng tế bào và tăng số lượng tế bào tạo nên cơ thể. Sự tăng trưởng của tế bào khác nhiều về căn bản so với sự lớn lên của tinh thể trong dung dịch muối. Khi tăng trưởng diễn ra, từng phần của tế bào hay cơ thể vẫn hoạt động bình thường. Một số sinh vật như phần lớn thực vật có thời gian tăng trưởng kéo dài rất lâu như các cây cổ thụ nghìn năm. Hầu hết động vật có giới hạn tăng trưởng nhất định, kích thước đạt tối đa lúc sinh vật trưởng thành. 4. Sự vận động Sự vận động dễ thấy ở các động vật như các động tác leo, trèo, đi lại... Sự vận động ở thực vật chậm và khó nhận thấy như dòng chất trong tế bào lá. Các vi sinh vật vận động nhờ các lông nhỏ hay giả túc như ở amip. 5. Sự đáp lại Là sự đáp lại các kích thích khác nhau từ môi trường bên ngoài. Các động vật có những phản ứng nhất định như thay đổi màu sắc, nhiệt độ, tập tính sống... Con mắt người là một cơ quan rất tinh vi thu nhận nhanh nhạy, chính xác các kích thích ánh sáng truyền cho hệ thần kinh để có phản ứng đáp lại Các thực vật cũng có nhiều phản ứng tuy chậm và khó nhận thấy hơn như cây xanh mọc hướng về ánh sáng, cây mắc cỡ rũ lá khibị chạm, cây bắt ruồi đậy nắp lại khi con vật đã chui vào... 6. Sự sinh sản Biểu hiện này của sự sống dễ nhận thấy ở tất cả các loài sinh vật. "Sinh vật sinh ra sinh vật" và "tế bào sinh ra tế bào". Các sinh vật nhỏ bé như các vi khuẩn lại có tốc độ sinh sản nhanh. Có hai kiểu sinh sản : vô tính và hữu tính. Sự sinh sản hữu tính ra đời muộn hơn, nhưng nó tạo nên sự đa dạng lớn làm tăng nhanh tốc độ tiến hoá của sinh giới. 5 7. Sự thích nghi Là khả năng cơ thể thích ứng với môi trường sống- nhằm giúp các sinh vật tồn tại trong thế giới vật chất luôn biến động- nó làm tăng khả năng sống còn của các sinh vật trong môi trường đặc biệt. Các cơ thể thích nghi là kết quả của quá trình tiến hóa lâu dài. IV. Các bộ môn sinh học Sinh học nghiên cứu vô số các dạng sinh vật trên nhiều khía cạnh khác nhau như cấu trúc, chức năng, sự phát triển cá thể, sự tiến hoá và mối quan hệ với môi trường... và ở các mức độ tổ chức khác nhau như mức phân tử, tế bào, cơ thể, loài và trên loài... Nó là một khoa học rất rộng lớn nên khó có nhà khoa học nào biết được đầy đủ mọi khía cạnh của nó, phần lớn các nhà sinh học là chuyên gia của một lĩnh vực nào đó được gọi là bộ môn của sinh học. Mỗi bộ môn chuyên sâu ở những lĩnh vực nhất định và chúng không ít chỗ trùng lặp. Sau đây là một số bộ môn chủ yếu • Thực vật học (Botany): nghiên cứu thế giới thực vật. • Động vật học (Zoology): nghiên cứu thế giới động vật. • Hệ thống học (Systematics): sắp xếp hệ thống các dạng sinh vật trong mối quan hệ họ hàng. • Sinh lý học (Physiology): nghiên cứu các hoạt động chức năng của cơ thể. • Sinh học phát triển (Developmental biology): nghiên cứu sự phát triển cá thể từ phôi đến trưởng thành. • Tế bào học (Cytology): nghiên cứu cấu tạo, thành phần và chức năng của tế bào. • Mô học (Histology): nghiên cứu các mô • Giải phẩu học (Anatomy): nghiên cứu cấu trúc bên trong cơ thể. • Di truyền học ( Genetics): nghiên cứu tính di truyền và biến dị • Sinh hóa học (Biochemistry): nghiên cứu các quá trình sinh hoá • Lý sinh học (Biophysics): nghiên cứu các quá trình vật lý trong cơ thể sống • Sinh thái học ( Ecology ): nghiên cứu quan hệ giữa sinh vật và môi trường • Vi sinh học (Microbiology)nghiên cứu thế giới vi sinh vật Mỗi môn học lại có thể chia nhỏ ra. Ví dụ động vật học có thể nghiên cứu động vật có xương và động vật không xương. Động vật có xương có thể chia ra như ngư học (nghiên cứu về cá) hay điểu học (nghiên cứu về chim)... Do sự phát triển mạnh của sinh học nhiều lĩnh vực mới được hình thành như sinh học phân tử (molecular biology), enzyme học (enzymeology)... Vậy “sinh học là một tổ hợp các môn khoa học nghiên cứu từ những khía cạnh khác nhau ở những mức độ khác nhau toàn bộ tính đa dạng của sự sống”. V. Các ứng dụng thực tiễn 6 Các kiến thức sinh học có nhiều ứng dụng trực tiếp và gían tiếp cho con người. Thế giới sinh vật cung cấp phần lớn những nhu cầu căn bản- tạo môi trường sống cho con người cho nên sinh học có nhiều ứng dụng thực tiễn: 1. Trực tiếp đối với con người - Y học là lĩnh vực ứng dụng nhiều nhất các kiến thức sinh học trực tiếp cho con người. Các kiến thức sinh học giúp con người biết giữ gìn vệ sinh phòng ngừa bệnh tật. Nhiều phát minh lớn trong sinh học tạo nên những cuộc cách mạng trong y học như: tìm ra vaccine, tìm ra cơ chế gây viêm nhiễm của các vi sinh vật giúp ngăn ngừa nhiều bệnh dịch hiểm nghèo. Phần lớn các thuốc chữa trị có nguồn gốc sinh vật như các dược thảo, các chất chiết xuất tách từ các cơ thể sinh vật, các thuốc kháng sinh... - Kiến thức sinh học cũng rất cần cho giáo dục. Việc hiểu biết tâm sinh lý của từng lứa tuổi, các nghiên cứu về cơ chế của trí nhớ và tìm ra các gen, các chất làm tăng trí nhớ hứa hẹn sự tiến bộ vượt bậc của xã hội loài người. - Cơ sở sinh học của các hoạt động xã hội là vấn đề quan trọng. Luật hôn nhân gia đình quy định cấm kết hôn giữa những người có họ hàng trực hệ 3 đời, dựa trên cơ sở giao phối cận huyết dễ sinh các bệnh di truyền. Nhiều ngành văn nghệ, thể thao... cần năng khiếu mới đạt kết quả cao... 2. Các ngành sản xuất có đối tượng là sinh vật Các kiến thức sinh học là cơ sở khoa học mà từ đó xây dựng nên các biện pháp hữu hiệu làm cho sinh vật tạo ra nhiều sản phẩm hơn. Xã hội loài người đã phát triển các ngành sản xuất như nông, lâm, ngư nghiệp và công nghiệp vi sinh để thoả mãn nhu cầu ngày càng cao và theo kịp đà tăng dân số. 3. Một vài ứng dụng trong công nghệ sinh học Kỹ thuật di truyền ra đời tạo sự bùng nổ của công nghệ sinh học mới mở ra triển vọng vô cùng to lớn để hiểu biết và cải tạo thế giới sinh vật: - Thu nhận các chất quý bằng nuôi cấy tế bào - Giải mã bộ gen người - Thụ tinh trong ống nghiệm - Điều trị bằng liệu pháp gen ... 7 Chương I. CƠ SỞ HÓA HỌC CỦA SỰ SỐNG I. Các nguyên tố và liên kết hóa học 1. Các nguyên tố trong cơ thể sống Tế bào cũng được cấu tạo từ các nguyên tố vốn có trong tự nhiên. Tuy nhiên trong 92 nguyên tố có trong tự nhiên thì chỉ có 22 nguyên tố có trong các sinh vật. Các nguyên tố được chia thành 3 nhóm dựa theo vai trò tham gia vào chất sống, tạo các chất hữu cơ, các ion hay chỉ có dấu vết. Trong đó - Các nguyên tố tham gia cấu tạo chất hữu cơ như :N, O, C, H, P, S. - Các ion : K+, Na+, Mg++, Ca++, Cl- - Các nguyên tố chỉ có dấu vết: Fe, Mn, Co, Cu, Zn, B, V, Al, Mo, I, Si Trong cơ thể sinh vật C, H, O, N chiếm tới hơn 96% thành phần của tế bào. Các nguyên tố khác có vết ít được gọi là vi lượng hay vi tố. Vai trò chủ yếu của các nguyên tố trong cơ thể người: - Oxygen (O) chiếm khoảng 65%, tham gia cấu tạo hầu hết các chất hữu cơ, phân tử nước và tham gia vào quá trình hô hấp. - Carbon (C) chiếm khoảng 18%, có thể tạo liên kết với 4 nguyên tử khác, tạo khung chất hữu cơ. - Hydrogen (H) chiếm khoảng 10%, là thành phần của nước và hầu hết các chất hữu cơ. - Nitrogen (N) có khoảng 3%, tham gia cấu tạo các protein, acid nucleic. - Calcium (Ca) có khoảng 1,5% là thành phần của xương và răng, có vai trò quan trọng trong co cơ, dẫn truyền xung thần kinh và đông máu. - Phosphor (P) có khoảng 1%, giữ vai trò quan trọng trong chuyển hoá năng lượng, thành phần của acid nucleic... - Kalium (K) (Potassium), có khoảng 0,4% là cation (ion+) chủ yếu trong tế bào, giữ vai trò quan trọng cho hoạt động thần kinh và co cơ. - Sulfua (S) có khoảng 0,3%, có mặt trong thành phần của phần lớn protein. - Natrium (Na) (Sodium), có khoảng 0,2% là cation chủ yếu trong dịch của mô, giữ vai trò quan trọng trong cân bằng chất dịch, trong dẫn truyền xung thần kinh. - Magnesium (Mg) khoảng 0,1% là thành phần của nhiều hệ enzyme quan trọng, cần thiết cho máu và các mô. - Chlor (Cl) khoảng 0,1%, là anion (ion-) chủ yếu của dịch cơ thể, có vai trò trong cân bằng nội dịch - Sắt (Fe) (Ferrum) chỉ có dấu vết, là thành phần của hemoglobin, myoglobin và một số enzyme. - Iod (I) - dấu vết là thành phần của hormone tuyến giáp 8 2. Các liên kết hóa học Các tính chất hóa học của một nguyên tố trước tiên được xác định bởi số lượng và sự sắp xếp của các điện tử lớp năng lượng ngoài cùng. Ví dụ : Hydrogen có 1 điện tử lớp ngoài cùng, carbon có 4, nitrogen có 5 và oxygen có 6. Hình 1.1. Mô hình cấu trúc nguyên tử của các nguyên tố H, C, N, O Các nguyên tử kết hợp với nhau một cách chính xác bằng những liên kết hóa học để tạo nên hợp chất. * Liên kết hóa học là lực hút gắn 2 nguyên tử với nhau. Mỗi liên kết chứa một thế năng hóa học nhất định. Phụ thuộc vào số điện tử lớp ngoài cùng, các nguyên tử của một nguyên tố hình thành một số lượng đặc hiệu các liên kết với những nguyên tử của nguyên tố khác. - Có 2 loại liên kết hóa học chủ yếu là liên kết cộng hóa trị và liên kết ion. Trong các hoạt động sống thì liên kết quan trọng là liên kết hydro và các tương tác yếu (như lực hút van der waals vàì tương tác kỵ nước). 2.1. Liên kết cộng hóa trị : Liên kết cộng hóa trị được tạo ra do góp chung điện tử giữa các nguyên tử. Ví dụ : Sự gắn 2 nguyên tử Hydrogen tạo thành phân tử khí Hydrogen. Trong phân tử nước có 2 nguyên tử H nối liên kết cộng hóa trị với 1 nguyên tử O : Liên kết cộng hóa trị đơn khi giữa hai nguyên tử có chung một cặp điện tử, liên kết đôi khi có chung hai cặp điện tử và liên kết ba khi có chung ba cặp điện tử. 9 Ví dụ : Hai nguyên tử Oxygen liên kết đôi với nhau bằng hai cặp điện tử thành phân tử Oxygen. 2.2. Liên kết ion : Khi nguyên tử nhận thêm hoặc mất điện tử nó trở nên tích điện được gọi là ion. Những nguyên tử có 1, 2, 3 điện tử ở lớp ngoài cùng có xu hướng mất điện tử trở thành các ion mang điện dương (cation). Các nguyên tử có 5 hay 6, 7 điện tử ở lớp ngoài cùng có xu hướng nhận điện tử trở thành ion mang điện âm (anion). Do điện tích khác dấu, các cation và các anion kết hợp với nhau nhờ liên kết ion. Liên kết ion khác với liên kết cộng hóa trị là không góp chung điện tử. Ví dụ : Na+ + Cl- = NaCl (muối ăn) 2.3. Liên kết Hydro và các tương tác yếu khác : - Liên kết Hydro : Liên kết hyđro có xu hướng hình thành giữa nguyên tử có điện âm với nguyên tử Hydrogen gắn với Oxy hay Nitơ. Các liên kết Hydro có thể được tạo giữa các phần của một phân tử hay giữa các phân tử. Các liên kết Hydro yếu hơn liên kết cộng hóa trị 20 lần nhưng giữ vai trò rất quan trọng trong các hoạt động sống. - Lực hút van der waals xảy ra khi các phân tử gần kề nhau do tương tác giữa các đám mây điện tử. - Tương tác kỵ nước xảy ra giữa các nhóm của những phân tử không phân cực. Chúng có xu hướng xếp kề nhau và không tan trong nước như trường hợp các giọt dầu nhỏ tự kết nhau. - Các liên kết Hydro, ion, lực Vanderwals yếu hơn liên kết cộng hóa trị nhiều nhưng chúng xác định tổ chức của các phân tử khác nhau trong tế bào, nhờ chúng các nguyên tử dù đã có liên kết cộng hóa trị trong cùng phân tử vẫn có thể tương tác lẫn nhau. - Các tương tác yếu giữ vai trò quan trọng không những vì chúng xác định vị trí tương đối giữa các phân tử mà còn vì sự định hình những phân tử mềm dẻo như protein và acid nucleic. II. Các chất vô cơ Trong thành phần chất sống, các chất vô cơ chiếm tỉ lệ nhiều hơn các chất hữu cơ. Chúng gồm có nước các acid, base, muối và các chất khí hòa tan. Trong số này nước chiếm tỷ lệ cao nhất và quan trọng nhất cho sự sống. 1. Nước (H2O) Trong bất kỳ cơ thể sinh vật nào nước cũng chiếm phần lớn, cá biệt như con sứa nước chiếm 98%, ở động vật có vú nước chiếm 2/3 trọng lượng cơ thể. Nước là chất vô cơ đơn giản, có số lượng lớn trên hành tinh, nó có những tính chất lý hóa đặc biệt nên chiếm phần lớn chất sống và có lẽ sự sống bắt nguồn từ môi trường nước. Cơ thể sinh vật được sinh ra, phát triển, chết đều ở trong môi trường nước dù là ở dạng này hay dạng khác. Về mặt hoá học phân tử nước có một nguyên tử Oxygen và hai hydrogen. Điện tích chung của phân tử nước trung hòa, nhưng các điện tử phân bố không đối xứng nên làm phân tử nước phân cực. Nhân của nguyên tử Oxygen kéo một phần các điện tử của Hydrogen làm cho vùng nhân trở nên hơi có điện tích âm ở hai góc, còn nhân của các nguyên tử Hydrogen trở nên hơi điện dương. Do sự phân cực, hai phân tử nước ở kề nhau có thể tạo thành liên kết 10 hydro. Các phân tử nước tập hợp lại thành mạng lưới nhờ các liên kết hydro. Bản chất dịnh vào nhau của các phân tử nước xác định phần lớn các tính chất đặc biệt của nó, như sức căng bề mặt, nhiệt năng cao, hấp thu nhiều nhiệt lượng, ít thay đổi nhiệt... Do bản chất phân cực, các phân tử nước tập hợp xung quanh các ion và các phân tử khác phân cực. Các chất tham gia với các liên kết hydro của nước gọi là ưa nước và dễ hoà tan trong nước. Các phân tử không phân cực làm đứt mạng lưới liên kết hydro của nước. Chúng là các phân tử kỵ nước. Các phân tử kỵ nước có thể đẩy các phân tử nước để đứng kề nhau. Lượng nước trong cơ thể nhiều hay ít, tăng hay giảm tùy thuộc vào giai đoạn phát triển và trao đổi chất của sinh vật. Lúc còn non, nước chiếm tỷ lệ cao hơn lúc già. Nước cũng thay đổi trong các cơ quan khác nhau. Ví dụ : Ở chất xám nước chiếm 85% , chất trắng 75%, ở xương 20% và men răng chỉ có 10%. Hình 1.2. Cấu trúc không gian của nước (a,b), liên kết hydro(c), các phân tử nước tạo mạng - Nước có vai trò hết sức quan trọng đối với cơ thể sống : + 95% nước ở dạng tự do có vai trò quan trọng trong quá trình chuyển hóa và trao đổi chất trong tế bào, giữa tế bào và môi trường. Các chất hóa học tan trong nước nhờ nước mà phân phối đều, chúng có cơ hội gặp nhau để rồi phản ứng với nhau. + 5% nước ở dạng liên kết bằng các liên kết khác nhau hay kết hợp với các thành phần khác như protein ... 11 Khi nước trong tế bào giảm thấp xuống thì các hoạt động trong tế bào cũng bị giảm. Ví dụ : amip mất nước co lại trong nang. Do vậy người ta dùng phương pháp chống ẩm để ức chế không cho vi khuẩn hoạt động và bảo quản sinh vật. Nước có vai trò trong điều hòa nhiệt độ. Nước có nhiệt dung cao, hấp thu nhiều năng lượng nóng lên chậm, khi tỏa nhiệt cũng chậm làm nhiệt độ thay đổi không đột ngột. Nước làm cho môi trường ôn hòa - động vật và thực vật phát triển tạo môi trường ngoài và trong cho cơ thể. Sức căng bề mặt của nước lớn do vậy nước mao dẫn từ đất lên cây. Hiện tượng này cũng giúp máu lưu thông trong cơ thể động vât. Do tầm quan trọng như vậy nên nước là một nhân tố giới hạn trong sinh môi. Những nơi ít nước như sa mạc thì sự sống nghèo nàn, vùng rừng mưa nhiệt đới, vùng bãi triều của sông, biển là những nơi nhiều nước thì sự sống phong phú hơn. 2. Các chất vô cơ khác Trong cơ thể ngoài nước ra còn có các chất vô cơ khác như acid, base, muối vô cơ và các nguyên tố kim loại. Ở động vật có xương, bộ xương chứa nhiều chất vô cơ nhất (khoảng 1/10 trọng lượng cơ thể, chủ yếu là Ca). Các chất vô cơ thường gặp là NaCl, KCl, NaHCO3, CaCl2, CaCO3, MgSO4, NaH2PO4, ...các kim loại như I, Zn, Fe, Co, ... ở dạng vô cơ, có trong chất hữu cơ hay gắn với protein . Chúng có số lượng rất ít, được coi là dấu vết, nhưng giữ vai trò trọng yếu trong nhiều chất hữu cơ như Fe, trong Heme của Hemoglobin trong máu, cobalt trong vitamin B12 ... Đặc điểm quan trọng của chúng là tính chất điện phân cho ra các cation(+) và các anion(-) từ đó chúng kết hợp với ion H+và OH-để làm thay đổi pH môi trường. Các cation và anion có thể kết hợp với nhau tạo thành acid, base hay trung tính: H+ + HCO3- → H2CO3 có tính acid NH4+ + OH- → NH4OH có tính base Tuy nồng độ thấp, nhưng muối có vai trò đáng kể trong tế bào và cơ thể. Sự cân bằng các muối giúp cho hoạt động sinh lí xảy ra bình thường. Khi các muối bị giảm bất thường thì gây rối loạn. Ví dụ : Ca trong máu giảm quá mức bình thường gây co giật. Hoạt động tim rối loạn khi nồng độ K+,Na+, Ca+ mất cân bằng. NaCl duy trì áp suất thẩm thấu, giữ nước trong mô, khi muối trong mô tăng, áp suất thẩm thấu tăng do đó mô phải giữ nước để giảm áp suất thẩm thấu. 3. Các khí hòa tan Dịch cơ thể chứa các khí hoà tan: - Khí CO2 chỉ chiếm 0,03% trong không khí. Trong cơ thể sinh vật lượng CO2 có thể nhiều hơn do quá trình oxy hóa chất hữu cơ sinh ra. Ở thực vật khí CO2 được sử dụng để làm nguồn nguyên liệu tổng hợp các chất hữu cơ. - Oxygen có nhiều trong không khí (20-21%) hòa tan khá nhiều trong tế bào, tham gia vào các phản ứng oxy hóa để tạo ra năng lượng cần thiết cho hoạt động của sinh vật. 12 - Nitrogen có nhiều trong không khí (79%) nhưng là khí trơ, chỉ có một số vi sinh vật có khả năng cố định nitơ trong không khí. Các sinh vật khác sử dụng nitrogen ở dạng hợp chất mà không sử dụng ở dạng khí. III. Các chất hữu cơ phân tử nhỏ Các chất hữu cơ là những chất đặc trưng của cơ thể sinh vật. Chúng có số lượng rất lớn, rất đa dạng nhưng được tạo nên theo những nguyên tắc chung cho cả thế giới sinh vật. Có thể phân biệt hai loại: các chất hữu cơ phân tử nhỏ và các đại phân tử sinh học. Các chất hữu cơ phân tử nhỏ gồm các chất như hydrocarbon, carbohydrate (glucide), lipid, các amino acid và các nucleotide cùng các dẫn xuất. Một số trong các chất này là những đơn vị cấu trúc (đơn phân) cho các đại phân tử sinh học. Các chất hữu cơ phân tử nhỏ được tổng hợp theo nguyên tắc từng phản ứng đơn giản do các enzyme xúc tác. Trọng lượng phân tử của chúng trong khoảng 100 - 1000 và chứa đến 30 nguyên tử C. 1. Các Carbohydrate (glucide) Các nguyên tố tạo thành gồm: C, H và O. Trong công thức của carbohydrate dù cho C bằng mấy thì tỷ lệ H và O luôn là 2:1 như trong phân tử nước. Các phân tử carbohydrate rất khác nhau về kích thước nhưng chẳng khó khăn gì khi phân loại chúng. Có 3 nhóm chính: đường đơn (monosaccharide), đường đôi (disaccharide) và đường phức (polysaccharide). 1.1. Các đường đơn (monosaccharide ) Đó là các glucide đơn giản có công thức chung (CH2O)n, số n dao động từ 3 đến 7. Các đường đơn là các aldehyde hay ketone có thêm 2 nhóm hydroxyl hay nhiều hơn. Đường đơn thường phân loại theo số cacbon có trong chúng. Đơn giản nhất là đường 3 carbon, gọi là triose như glyceraldehyde, dihydroxyacetone. H-C=O CH2OH H-C-OH C=O CH2OH CH2OH Glyceraldehyde Dihydroxyacetone - Đường 5 (pentose): như Ribose và Deoxyribose: C5H10O5; C5H10O4 - Đường 6 (hexose): như glucose, fructose: C6H12O6 H-C=O (Nhóm aldehyt) H H-C-OH H-C-OH HO-C-H C=O (Keton) H-C-OH HO-C-H H-C-OH H-C-OH H-C-OH H-C-OH H H-C-OH H Glucoza Fructoza 13 Trong mỗi nhóm các nguyên tử kết hợp với nhau có thể theo các cách khác nhau, thường hình thành các cấu trúc hóa học khác nhau dù là số nguyên tử C, H và O vẫn như nhau. Các dạng cấu trúc này được gọi là các đồng phân cấu trúc. Một trong số các kiểu đồng phân có vai trò quan trọng cho hoạt động sống của tế bào đó là Glucose và Fructose. Các nhóm aldehyde hay ketone của một gluxide có thể phản ứng với nhóm hydroxyl. Phản ứng này có thể xảy ra bên trong phân tử gluxide có n > 4 để tạo vòng 5 hay 6 nguyên tử cacbon. Các nguyên tử C trong trường hợp này đánh số thứ tự từ 1, 2, 3,... từ các đầu gần nhất với nhóm aldehyde hay ketone. Hình 1.3. Sự tạo vòng của glucose 1.2. Các đường đôi ( disaccharide ) Hai đường đơn có thể gắn với nhau tạo thành đường kép (disaccharide) như saccharose (đường ăn thông dụng - glucoseα 1,2 fructose), maltose (glucoseα 1,4 glucose), lactose (galactoseβ 1,4 glucose), thường có trong cơ thể sinh vật. Hình 1.4. Các đường đơn tạo maltose Hình 1.5. Các đường đơn tạo saccharose Đường maltose được thấy trong ống tiêu hóa của người như sản phẩm đầu tiên của sự tiêu hóa tinh bột, và sau đó được gãy tiếp thành glucose để hấp thụ vào cơ thể và sử dụng cho quá trình hô hấp. Maltose gồm 2 phân tử glucose kết hợp với nhau bởi mối liên kết glycosid. Trong cơ thể sống mối liên kết này hình thành qua một số bước, mỗi bước do 1 enzyme xúc tác. 14 1.3. Các đường đa (polysaccharide) Là các polymer được cấu tạo từ các đơn vị đường đơn (monomer) chủ yếu là glucose do có phân tử lớn. Các polysaccharide được coi là các đại phân tử sinh học nhưng việc tổng hợp chúng giống với các phân tử nhỏ. Ví dụ: tinh bột bao gồm nhiều trăm đơn vị glucose nối nhau. Tinh bột gồm 10-20% amylose tan trong nước, 80-90% amylopectin không tan trong nước gây tính chất keo cho hồ tinh bột. Tinh bột là chất dự trữ của tế bào thực vật, glycogen là chất dự trữ của tế bào động vật. Nó có cấu trúc phân tử rất giống amylopectin nhưng phân nhánh mau hơn qua khoảng mỗi 8-12 đơn vị glucose (amylopectin - 24-30 đơn vị). Cellulose với số đơn vị glucose là 300-15000, không xoắn cuộn được mà như 1 băng duỗi thẳng tạo vi sợi. Tinh bột Tinh bột Vách tế bào Sợi cellulose trong vách tế bào thực vật Tế bào thực vật Hình 1.6. Các polysaccharide: tinh bột, glycogen và cellulose 15 1.4. Vai trò của carbohydrate trong sinh vật Là nguồn cung cấp năng lượng chủ yếu của sinh vật, thực vật tổng hợp nên các chất đường đơn, đường đôi và tinh bột. Động vật ăn thực vật rồi chuyển glucide thực vật thành của nó và dự trữ ở dạng glycogen, glycogen khi cần thì biến đổi thành glucose. Glucose là nguồn năng lượng trực tiếp trong tế bào và cơ thể luôn có một lượng glucose ổn định. Ví dụ: Ở động vật có vú là 0,1% trong máu - thiếu hay thừa đều gây rối loạn. Glucose khi bị thủy phân còn làm nguyên liệu để tổng hợp lipide. - Chức năng bảo vệ : cellulose cấu tạo nên vách tế bào thực vật, là hơp chất hưu cơ hiện diện nhiêu nhất trong sinh quyên - nó gồm nhưng phân tử glucose nối với nhau thành mạch thẳng dài. Chitin cấu tạo nên vỏ các loài tiết túc, vỏ tôm. - Các glucide thường gắn với protein hay lipide thành glyco-protein, glycolipide tham gia vào cấu trúc màng tế bào. 2. Các chất lipid Lipid gồm các chất như dầu, mỡ có tính nhờn không tan trong nước, tan trong các dung môi hữu cơ như ether, chlorophorm, benzene, rượu nóng. Giống như carbohydrate. Các lipid được tạo nên từ C, H, O nhưng chúng có thể chứa các nguyên tố khác như P hay N. Chúng khác với carbohydrate ở chỗ chứa O với tỷ lệ ít hơn hẳn. Hai nhóm lipid quan trọng đối với sinh vật là: nhóm có nhân glycerol và nhóm có nhân sterol. Các nhân này kết hợp với các acid béo và các chất khác nhau để tạo thành nhiều loại lipid khác nhau. 2.1.Các acid béo: là các acid hữu cơ có mạch hydrocacbon no như acid palmitic: CH3- (CH2)14-COOH, acid stearic: CH3-(CH2)16-COOH, hoặc có mạch hydrocarbon không no (có nối đôi) như acid oleic: CH3-(CH2)7-CH=CH-(CH2)7-COOH. Triglycerid 16 2.2.Glycerid: còn gọi là mỡ trung tính. Do sự kết hợp của một phân tử glycerol với 3 phân tử acid béo (triglycerid). Sáp ong là một loại glycerid. 2.3. Phospholipid: Là những lipid được tạo nên do sự kết hợp của hai nhóm -OH của một phân tử glycerol với 2 phân tử acid béo, còn nhóm OH thứ ba gắn với 1 phân tử H3PO4 . Tiếp theo phosphate lại gắn với các nhóm nhỏ khác phân cực (rượu). Lecitin là một phospholipid rất hay gặp ở thực vật và động vật, nhất là trong lòng đỏ trứng, tế bào thần kinh, hồng cầu. Các phân tử phospholipid có 1 đầu ưa nước và đuôi kỵ nước. Đầu ưa nước phân cực - chứa acid phosphoric. Đuôi kỵ nước không phân cực gồm các chuỗi bên của các acid béo. Các phospholipid và glycolipid tạo nên lớp màng lipid đôi là cơ sở của tất cả màng tế bào. nước Đầu ưa Đuôi kỵ nướcĐầu ưa nước acid béo Đuôi kỵ nước Hình 1.7. Cấu trúc phospholipid 2.4. Các lipid khác: Biểu tượng phospholipid Các steroid và polyisoprenoid được coi là các lipid theo tính không hoà tan trong nước, tan trong dung môi hữu cơ. Cả hai đều gồm các đơn vị nhỏ là isoprene. Steroid là este do sự kết hợp của một phân tử rượu với acid béo. Quan trọng nhất là cholesterol thường gặp trong cấu trúc màng tế bào, testosterol là hormone sinh dục đực... Hình 1.8. Cholesterol 17 2.5.Vai trò của Lipid - Các lipid giữ vai trò quan trọng trong tế bào, là nguồn dự trữ dài hạn của sinh vật như lớp mỡ dưới da, quanh phủ tạng. - Các phospholipid và cholesterol là thành phần chủ yếu của các màng tế bào. - Chống mất nhiệt và cách nhiệt - Lipid còn là thành phần của một số vitamin như vitamin D và là dung môi của nhiều vitamin (A, D, E, K, ...) IV. các đại phân tử sinh học 1. Protein Protein chiếm một nửa các hợp chất C có trong cơ thể sống. Mặc dù có chung nhiều nét cơ bản; sự cấu tạo chúng cực kỳ linh hoạt và do đó các protein cá biệt có các chức năng chuyên hóa rất khác nhau. - Protein có chứa các nguyên tố chính: C, H, O, N, S, P là một trong những đại phân tử lớn nhất trong tế bào, thực hiện nhiều chức năng khác nhau như: enzyme, vận chuyển, các tiếp thể, hormone, vận động, bảo vệ, cấu trúc... - Các đơn phân của protein là các amino acid. - Trong phân tử protein có hai yếu tố cơ bản để quyết định vai trò của nó trong hoạt động chức năng đó là: + Bản chất của các amino acid trong phân tử protein dựa trên nhóm chuỗi bên của chúng. + Hình dạng của phân tử protein. 1.1. Các amino acid Có 20 loại amino acid khác nhau với công thức tổng quát: H NH2 Cα COOH R Công thưc tông quat cua L-α-amino acid Nguyên tử C trung tâm (gọi là Cα), nối với các nhóm H, -NH2 (nhóm amine mang tính kiềm), -COOH (nhóm carboxyl mang tính acid) và nhóm biến đổi gọi là nhóm -R (gốc bên) khác nhau cho mỗi amino acid. Các nhóm H, NH2 và COOH là phần cố định của tất cả các amino acid. Các amino acid tồn tại chu yếu trong tự nhiên có nhóm amine đứng ơ bên trái truc, đươc goi là amino acid dạng L. Dạng D-amino acid chi tồn tại riêng biệt, vi du trong thành tế bào vi khuân. Ví dụ : 18 H H NH2 Cα COOH NH2 Cα COOH CH3 CH2OH Alanin Serin - Các amino acid được chia thành 4 nhóm căn cứ vào các gốc R: Phân cực Tích điện Không Phân cực Hình 1.9. Các nhóm amino acid *Các axit amin với nhóm -R phân cực (không tích điện): asparagine, glutamine, serine, threonine, tyrosine, cysteine. Các amino acid với nhóm -R phân cực không mất hoặc lấy thêm điện tử để hình thành ion nhưng cũng làm tăng tính tan trong nước và tạo liên kết hydro giữa các mạch. *Các amino acid với nhóm -R kiềm (tích điện dương): lyzine, arginine, histidine. 19 *Các amino acid với nhóm -R acid (tích điện âm): aspartic acid, glutamic acid. Các amino acid với nhóm -R acid hoặc kiềm hình thành các ion tích điện âm hoặc dương và ưa nước. Kết quả là các protein chứa chúng dễ tan trong nước. Trong protein viên, các nhóm tích điện này rất quan trọng trong việc hình thành các liên kết giữa các đoạn khác nhau của protein để duy trì ổn định hình dạng của phân tử. *Các amino acid với nhóm -R không phân cực: glycine, alanine, valine, leucine, isoleusine, proline, phenylalanine, methionine, triptophan. Sự có mặt với tỷ lệ lớn các amino acid này làm cho các protein không tan và ít hoạt tính. Chúng thường thấy trong các protein cấu trúc như collagen. Các amino acid có nhóm R không phân cực có xu hướng nằm vào bên trong còn các amino acid kiềm hay acid rất phân cực nên hầu như nằm phía ngoài phân tử protein. 1.2. Các nhóm -NH2 và -COOH Các nhóm này quan trọng vì chúng có khuynh hướng phân ly khi hòa tan trong nước, làm cho các amino acid trở thành các ion lưỡng cực vì mỗi ion đều chứa COO(-) và NH3(+) trái dấu nhau. NH2 H C R (Phân tử không có điện tích) COOH NH3(+) NH3(+) ion OH (-) NH2 có dư H C R H C R H C R + H2O ion H+ COOH có dư COO(-) COO(-) dạng cation (pH < 7) ion lưỡng cực (pH = 7) dạng anion (pH > 7) Hình 1.10. Dạng ion của các phân tử amino acid Các dung dịch các amino acid này có vai trò như là chất đệm giữ cho độ pH luôn luôn ở mức gần bằng 7. Điều này xảy ra được vì các nhóm điện tích hình thành một cách thuận nghịch và có thể không phân ly nữa khi các điều kiện bị biến đổi, chúng sẽ loại trừ H+và OH- khi có dư. Điều này có vai trò rất quan trọng trong hoạt động trao đổi chất của tế bào, cho hoạt động của protein nhất là hoạt động chính xác của các enzyme. - Nhóm -NH2 và -COOH có vai trò trong sự hình thành các liên kết peptid nối các amino acid với nhau để tạo thành chuỗi mạch. Trong đó nhóm COOH của amino acid này liên kết với nhóm NH2 của amino acid kế tiếp bằng cách cùng nhau loại đi một phân tử nước. Hai amino acid liên kết như vậy gọi là dipeptid, 3 amino acid gọi là tripeptid, nhiều amino acid liên kết thành chuỗi gọi là polypeptid. Trên thực tế có một sự biến đổi vô hạn về thứ tự các amino acid và người ta biết có vô vàn các cấu trúc polypeptid khác nhau. Ví dụ: Sự hình thành dipeptid 20 H R1 O H R2 O N C C + N C C H H OH H H OH Lấy nước đi ngưng tụ Thủy phân H R1 O R2 O N C C N C C + H2O H H H H OH Nhóm amin dipeptit Nhóm carboxyl tự do “đầu N” tự do “đầu C” Hình 1.11. Sự hình thành dipeptid 2. Cấu trúc các phân tử protein Peptide là môt chuôi nối tiếp nhiêu amino acid (số lương it hơn 30). Với số lương amino acid lớn hơn, chuôi đươc goi là polypeptide. Môi polypeptide có hai đâu tận cung, môt đâu mang nhóm amine tự do, đâu kia mang nhóm carboxyl tự do. Protein đươc dung đê chi đơn vi chức năng, nghia là môt cấu truc phức tạp trong không gian chứ không phải đơn thuân là môt trinh tự amino acid. Chuôi polypeptide có thê uốn thành cấu truc hinh gậy như trong các protein hinh sơi hay cấu truc khối câu như trong các protein dạng câu hay môt cấu truc gồm cả hai dạng trên. Môt protein có thê đươc hinh thành tư nhiêu chuôi polypeptide. Ngươi ta thương phân biệt cấu truc cua phân tử protein thành bốn bậc: 2.1. Cấu trúc bậc 1 Cấu trúc bậc một Là trinh tự săp xếp các gốc amino acid trong chuôi polypeptide. Cấu truc này đươc giư vưng nhơ liên kết peptide (liên kết công hóa tri). Vi môi môt amino acid có gốc khác nhau, các gốc này có nhưng đăc tinh hóa hoc khác nhau, nên môt chuôi polypeptide ơ các thơi điêm khác nhau có nhưng đăc tinh hóa hoc rất khác nhau. Tuy nhiên, vê tông quát thi tất cả các chuôi polypeptide đươc xây dựng môt cách có hệ thống tư các nhóm nguyên tử CO, CH và NH. Sự xây dựng có hệ thống này là cơ sơ đê tạo nên cấu truc bậc hai. Lần đầu tiên năm 1954 F. Sanger người đầu tiên xác định được trình tự sắp xếp của các axit amin trong phân tử insulin. Phân tử insulin gồm hai mạch: mạch A chứa 21 amino acid và mạch B chứa 30 amino acid. Hai mạch nối với nhau bởi hai liên kết disulfua (-S-S-). Công trình này đã đặt cơ sở cho các nghiên cứu tiếp theo và ông được nhận giải thưởng Nobel 1958. 21 Cấu trúc bậc 1 Cấu trúc bậc 2 Nếp gấp β Nếp gấp β Chuỗi xoắn α Cấu trúc bậc 3 Cấu trúc bậc 4 Hình 1.12. Các mức độ tổ chức của phân tử protein: cấu trúc bậc 1, 2, 3, và 4 2.2. Cấu trúc bậc 2 Là tương tác không gian giưa các gốc amino acid ơ gân nhau trong chuôi polypeptide. Cấu truc đươc làm bên chu yếu nhơ liên kết hydrogen đươc tạo thành giưa các liên kết peptide ơ kê gân nhau, cách nhau nhưng khoảng xác đinh. Do cấu truc bậc 1 gấp khuc môt cách ngẫu nhiên dưới các điều kiện sinh học vì các gốc R khác nhau tác động với nhau theo nhiều cách khác nhau nên cấu truc bậc 2 xếp thành hai nhóm: xoăn α (α-helix) và lá phiến β. Loại α helix là sơi ơ dạng xoăn ốc, cuôn xung quanh môt truc, môi vong xoăn có 3,6 gốc amino acid. Trong cấu trúc này có nhiều liên kết hydro với mức năng lượng nhỏ vì vậy nó đảm bảo tính đàn hồi sinh học. 22 Hình 1.13. Cấu trúc bậc 2 của phân tử protein - Phiến gấp nếp β : Là chuỗi polypeptid được gấp nếp nhiều lần và đưọc ổn định nhờ các liên kết hydro giữa các nguyên tử của các liên kết peptid trong đoạn kế nhau của chuỗi. Trong liên kết này các mạch đã được kéo căng ra - dễ gấp nếp nhưng rất dễ bị đứt khi kéo căng thêm. Cả hai loại cấu trúc này đều tạo nên bởi liên kết hydro giữa các khu vực liên kết peptid của mạch. Nhóm biến đổi R không tham gia vào sự hình thành cấu trúc bậc 2. Cả hai chuỗi có thể cùng có mặt trong phân tử protein. Ví dụ : Chuỗi α và β trong cấu trúc Hb trong hồng cầu. 2.3. Cấu trúc bậc 3 Là tương tác không gian giưa các gốc amino acid ơ xa nhau trong chuôi polypeptide, là dạ ng cu ôn lại tron g không gian cua toàn chuôi polypeptide. Nhiêu chuôi polypeptide trong cơ thê sống tồn tại không phải ơ dạng thăng mà gấp khuc và qua đó mà tạo nên cấu truc không gian ba chiêu. Tuy nhiên, cấu truc này hoàn toàn xác đinh, chu yếu là do trinh tự các amino acid và môi trương. Khi môt chuôi polypeptide tách r a khoi ribosome sau khi tông hơp và đươc thải ra trong tế bào chất như là môi trương tạo hinh thi nó hinh thành nên cấu truc tự nhiên rất nhanh, đăc biệt đối với cấu truc hinh câu, mang lại cho protein nhưng đăc tinh sinh ly quan trong. Có thê do chuyên đông nhiệt cua các chuôi polypeptide mà các nhóm cua các gốc amino acid tiếp xuc với nhau, dẫn đến có thê kết hơp với nhau. 23 Cấu trúc bậc 3 đặc biệt phụ thuộc vào tính chất của các nhóm R trong mạch polypeptit. Các gốc R phân cực hay ion hóa có khuynh hướng quay ra ngoài (ưa H2O) , các gốc R không phân cực có xu thế vùi vào trong (kỵ nước). Cấu trúc bậc 3 giữ được hằng định, bởi lực hút giữa các gốc phân cực hay ion hóa của nhóm chuỗi bên (R). Lực hút của các gốc trên với các phân tử H2O bao quanh hay giữa các liên kết hóa trị giữa các nhóm bên của chuỗi Trong nhiêu protein hinh câu có chứa các gốc cysteine, sự tạo thành các liên kết disulfite giưa các gốc cysteine ơ xa nhau trong chuôi polypeptide, làm cho chuôi bi cuôn lại đáng kê. Các liên kết khác, như liên kết Val der Waal, liên kết tinh điện, phân cực, ky nước và hydrogen giưa các mạch bên cua các gốc amino acid đêu tham gia làm bên cấu truc bậc 3, như protein hinh c âu. Cấu truc hinh c âu cua β với môi chuôi là 146 gốc amino acid. protein đươc goi là cấu truc bậc ba, là cấu truc cua enzyme. 2.4. Cấu trúc bậc 4 Là tương tác không gian giưa các chuôi của các phân tử protein gồm hai hay nhiều chuôi po lypeptide hin h câu . Môi chu ôi polypeptide này đươc goi là môt “tiêu đơn vi”. Sự kết hơp giưa các phân tử này chu yếu là do liên kết hydrogen và ky nước mà không có cầu disulfit hoặc bất kỳ liên kết hóa tri nào giưa các tiêu đơn vi.. Băng cách này hai phân tử xác đinh có thê kết hơp với nhau tạo thành môt dimer. Hemoglobin là một điển hình của protein có cấu trúc bậc 4, đươc tạo nên tư hai chuôi α với môi chuôi có 141 gốc amino acid và hai chuôi Cấu truc cua môt hoăc nhiêu chuôi polypeptide có y nghia quan trong đối với đô hoa tan và chức năng cua chung. Cấu truc protein đươc hiêu là sự săp xếp cua nhưng chuôi riêng le hoăc nhiêu chuôi. Chung phu thuôc nhiêu vào đô pH cua môi trương. Protein và chuôi polypeptide hoà tan tốt khi nhưng nhóm ưa nước hướng ra phia ngoài, nhóm ky nước hướng vào bên trong. Khi môt protein thay đôi cấu truc thi nhưng nhóm ky nước quay ra ngoài, protein mất khả năng hoa tan trong nước, vi du trương hơp kết tua không ơ dạng tinh thê cua protein sưa trong môi trương chua. Lactic acid đươc sản sinh do vi khuân làm giảm pH sưa, làm thay đôi protein sưa. Nhiêu nhóm ky nước đươc hướng ra bên ngoài, protein mất khả năng tan trong nước. Vi vậy, việc thương xuyên duy tri giá tri pH trong tế bào chất rất quan trong, vi chi có như vậy chức năng hoạt đông cua các enzyme trong tế bào chất mới đươc đảm bảo. 3. Phân loại Protein Ptotein thuần Có hai nhóm protein Protein tạp 3.1. Protein thuần : gồm các protein được cấu trúc toàn từ các axit amin. 24 Ví dụ : Chymotripsine tụy bò 3.2. Protein tạp : gồm protein thuần + nhóm ngoài. Ví dụ : lipoprotein gồm protein gắn với lipid glycoprotein gồm protein gắn với glucid Hb trong hồng cầu người là protein tạp (globin + Hem) Bốn chuỗi polypeptit hợp lại thành globin + Hem là nhóm ngoài. 4. Các tính chất của protein - Tính đặc trưng : đặc trưng bởi thành phần, số lượng, trình tự sắp xếp các axit amin trong phân tử. - Tính đa dạng - Tính ổn định tương đối. (Protein có khả năng biến tính và hồi tính). *Đa số protein bị mất hoạt tính sinh học (bị biến tính) trong các điều kiện nhiệt độ và pH không thuận lợi. Biến tính có thể xảy ra ở nhiệt độ 50-70oC. Nó thường không ảnh hưởng tới các liên kết cộng hóa trị hoặc các cầu disulfit nhưng các liên kết H yếu và điện hóa trị thì bị gãy và như thế mạch polypeptid bị tháo gỡ. Hình dạng phức tạp của protein bị mất đi và không hoạt động được bình thường nữa. *Trong nhiều trường hợp sự biến tính là một quá trình thuận nghịch và các tính chất của protein có thể khôi phục lại khi đưa nó quay trở về các điều kiện bình thường. Quá trình này gọi là sự hồi tính, khi các phân tử protein đã duỗi xoắn lại cuộn trở lại thành cấu hình bình thường của nó. 5. Chức năng của protein Protein có chức năng sinh học rất đa dạng 5.1. Vai trò xúc tác: Các enzyme là nhóm protein lớn nhất, có hàng nghìn enzyme khác nhau. Chúng xúc tác cho môi phản ứng sinh hóa nhất đinh. Môi môt bước trong trao đôi chất đêu đươc xuc tác bơi enzyme. Enzyme có thê làm tăng tốc đô phản ứng lên 1016lân so với tốc đô phản ứng không xuc tác. Các enzyme tương đồng tư các loài sinh vật khác nhau thi không giống nhau về cấu trúc hóa học. Ví dụ : tripsine của bò khác tripsine của lợn 5.2. Vai trò cấu trúc: Protein là yếu tố cấu trúc cơ bản của tế bào và mô như protein màng, chất nguyên sinh, collagen và elastin- protein chủ yếu của da và mô liên kết; keratin - trong tóc, sừng, móng và lông... 5.3. Vai trò vận chuyển: Làm nhiệm vu vận chuyên chất đăc hiệu tư vi tri này sang vi tri khác, vi du vận chuyên O2 tư phôi đến các mô do hemoglobin hoăc vận chuyên acid beo tư mô dự trư đến các cơ quan khác nhơ protein trong máu là serum albumin. Các chất đươc vận chuyên qua màng đươc thực hiện băng các protein đăc hiệu, vi du vận chuyên glucose hoăc các amino acid qua màng. 25 5.4. Vai trò vận động: Môt số protein đưa lại cho tế bào khả năng vận đông, tế bào phân chia và co cơ. Các protein này có đăc điêm: chung ơ dạng sơi hoăc dạng polymer hóa đê tạo sơi, vi du actin, myosin là protein vận đông cơ. Tubolin là thành phân cơ bản cua thoi vô săc, có vai tro vận động lông, roi. 5.5. Vai trò bảo vệ: Protein bảo vệ có môt vai tro lớn trong sinh hoc miên dich. Đông vật có xương sống có môt cơ chế phức tạp, phát triên cao, với cơ chế này chung ngăn ngưa nhưng tác nhân vi sinh vật gây bệnh (virus, vi khuân, nấm, chất đôc vi khuân). Chức năng này có phân liên quan đến đăc tinh cua chuôi polypeptide. Hệ thống tự vệ toàn bô, sinh hoc miên dich là môt linh vực khoa hoc phát triên đôc lập. Môt protein lạ (virus, vi khuân, nấm) xâm nhập vào máu hoăc vào mô thi cơ chế tự vệ đươc huy đông rất nhanh. Protein lạ đươc goi là kháng nguyên (antigen). Nó có môt vung gồm môt trật tự xác đinh các nguyên tử, với vung này nó kết hơp với tế bào lympho và kich thich tế bào này sản sinh ra kháng thê. Nhưng tế bào lympho tồn tại trong hệ thống miên dich với số lương 109và có trên bê măt cua nó nhưng vung nhận, nơi mà antigen đươc kết hơp vào. Nhưng vung nhận này rất khác nhau và “phu hơp” môi vung cho môt antigen xác đinh. Nhưng tác nhân khác nhau có nhưng tế bào lympho xác đinh khác nhau với nhưng vung nhận phu hơp. Khi môt antigen kết hơp với tế bào lympho thi nó băt đâu sản sinh kháng thê đăc hiệu đối với tác nhân gây bệnh. Nhưng tế bào lympho khác không đươc kich thich cho việc sản sinh ra kháng thê. Có săn môt số lương lớn các tế bào lympho khác nhau, chung có thê tông hơp đươc rất nhanh nhưng kháng thê khác nhau khi kháng nguyên xuất hiện. Nhưng loại kháng thê khác nhau này là xác đinh, tồn tại với số lương không đếm đươc, có thê môt vài triệu, ơ đây môi môt loại có môt vi tri kết hơp duy nhất đăc trưng. Khả năng lớn không thê tương tương đươc cua hệ thống miên dich đa làm cho protein lạ, protein cua tác nhân gây bệnh trơ thành vô hại. Nhưng kháng thê này đươc goi là globulin miên dich. Chung chiếm khoảng 20% protein tông số trong máu. Môt nhóm protein bảo vệ khác là protein làm đông máu thrombin và fibrinogen, ngăn cản sự mất máu cua cơ thê khi bi thương. 5.6. Vai trò dự trữ: Các protein là nguồn cung cấp các chất cân thiết đươc goi là protein dự trư. Protein là polymer cua các amino acid và nitơ thương là yếu tố hạn chế cho sinh trương, nên cơ thê phải có protein dự trư đê cung cấp đây đu nitơ khi cân. Vi du, ovalbumin là protein dự trư trong long trăng trứng cung cấp đu nitơ cho phôi phát triên. Casein là protein sưa cung cấp nitơ cho đông vật có vu con non. Hạt ơ thực vật bậc cao cung chứa môt lương protein dự trư lớn (khoảng 60%), cung cấp đu nitơ cho quá trinh hạt nảy mâm. Hạt đậu (Phaseolus vulgaris) chứa môt protein dự trư có tên là phaseolin. Protein cung có thê dự trư các chất khác ngoài thành phân amino acid (N, C, H, O, và S), vi du ferritin là protein tim thấy trong mô đông vật kết hơp với Fe. Môt phân tử ferritin (460 kDa) găn với 4.500 nguyên tử Fe (chiếm 35% trong lương). Protein có vai tro là giư lại kim loại Fe cân thiết cho sự tông hơp nhưng protein chứa Fe quan trong như hemoglobin 5.7. Các chất có hoạt tính sinh học cao: Môt số protein không thực hiện bất ky sự biến đôi hóa hoc nào, tuy nhiên nó điêu khiên các protein khác thực hiện chức năng sinh hoc, điêu hoa hoạt đông trao đôi chất. Vi du insulin điêu khiên nồng đô đương glucose trong máu. Đó là môt protein nho (5,7 kDa), gồm hai chuôi polypeptide nối với nhau băng các liên kết disulfite. Khi không đu insulin thi sự tiếp 26 nhận đương trong tế bào bi hạn chế. Vi vậy mức đương trong máu tăng và dẫn đến sự thải đương mạnh me qua nước tiêu (bệnh tiêu đương). Môt nhóm protein khác tham gia vào sự điêu khiên biêu hiện gen. Nhưng protein này có đăc tinh là găn vào nhưng trinh tự DNA hoăc đê hoạt hóa hoăc ức chế sự phiên ma thông tin di truyên sang mRNA, vi du chất ức chế (repressor) đinh chi sự phiên ma. V. Các chất xúc tác sinh học Các chất xúc tác sinh học bao gồm các enzyme, vitamine, hormone. Chúng là những yếu tố vi lượng nhưng rất cần thiết, chúng hoạt động mạnh trong điều kiện nhẹ nhàng của cơ thể. (về to, pH, ...). Enzyme có nhiệm vụ xúc tác cho các phản ứng sinh học. Nhiều vitamine tham gia vào cấu tạo của enzyme nên cũng tham gia vào các hoạt động của enzyme. Các hormone có tác dụng điều hòa chuyển hóa thông qua hoạt động của nó đối với enzyme. Ba loại chất này có liên quan mật thiết với nhau. 1. Các cơ chế cơ bản của hoạt động enzyme 1.1. Định nghĩa enzyme : Enzyme là các chất xúc tác sinh học có bản chất là protein. Chúng xúc tác các phản ứng với tính đặc hiệu và hiệu quả cao. Chúng là động lực của các phản ứng sinh học; là công cụ phân tử hiện thực hóa thông tin di truyền chứa trên DNA. 1.2. Cấu trúc cơ bản của enzyme Tất cả các enzyme đều là các protein viên (hình cầu). Nói chung cũng như protein, enzyme có cấu trúc rất phức tạp. Mỗi enzyme đều có 1 trung tâm hoạt động. Trung tâm được mô tả như một khe mà phân tử cơ chất có thể lấp vào. Một số amino acid có nhóm R tham gia cấu tạo nên trung tâm hoạt động. Các amino acid tham gia vào trung tâm hoạt động không xếp kề nhau trong mạch polypeptid. Điều này chứng tỏ rằng sự cuộn lại phức tạp trong không gian của phân tử protein để hình thành cấu trúc bậc 3 đã kéo các amino acid từ các điểm khác nhau của mạch polypeptid đến gần nhau về mặt không gian để hình thành trung tâm hoạt động của enzyme thường gồm các amino acid không kề nhau - đó là điều bình thường. 1.3. Phương thức hoạt động của enzyme Mỗi enzyme có một cấu hình lập thể xác định và nó ăn khớp với các phần tử phản ứng hay các cơ chất. Đầu tiên là sự hình thành phức hợp enzyme - cơ chất. Mỗi phân tử enzyme có một trung tâm hoạt động, trong quá trình chuyển động của enzyme và cơ chất, khi chúng va chạm đúng hướng với nhau thì cơ chất được bám tạm thời vào vị trí trung tâm hoạt động. Enzyme và cơ chất tương tác với nhau để phản ứng xảy ra trong cơ chất, tạo ra các sản phẩm thích hợp rồi chúng rời ra khỏi trung tâm hoạt động của enzyme - từ đó enzyme được tự do để tiếp tục liên kết với cơ chất mới. Cơ chế hoạt động này được mô tả như "khóa" và "chìa". Tuy nhiên chỉ mang tính chất tương đối vì cả hai bên đều không cố định mà chúng tương tác với nhau để có sự thay đổi cả hai bên “phù hợp do cảm ứng” tạo điều kiện cho phản ứng xảy ra nhanh hơn. Khi phản ứng thực hiện xong thì enzyme trở lại cấu trúc như cũ. Enzyme thường hoạt động một cách đặc hiệu, một enzyme thường chỉ xúc tác cho một phản ứng nhất định với một cơ chất nhất định. Ví dụ : Lactase thủy phân lactose 27 Amylase thủy phân tinh bột Người ta phân ra hai loại enzyme - theo tính chất tương đối : . Enzyme có bản chất protein thuần- chúng đều là các enzyme thủy phân. . Enzyme có bản chất protein tạp- trong đó có hai loại: enzyme có nhóm ngoại gắn chặt (cytocrom) và enzyme có nhóm ngoại dễ tách (như coenzyme). 2. Các tác nhân ảnh hưởng tới các phản ứng do enzyme kiểm soát 2.1. Nhiệt độ Khi nhiệt độ tăng, tăng năng lượng động học ( tần số va chạm phát triển ( tần số phức hợp enzyme - cơ chất phát triển trên một đơn vị thời gian do đó tốc độ phản ứng tăng và tăng sản phẩm. Với nhiều loại phản ứng, kể cả phản ứng xúc tác vô cơ, sự tăng này có thể tiếp diễn vô hạn. Tuy nhiên trong phản ứng do enzyme kiểm soát nhiệt độ tối ưu nhanh chóng đạt đến tương ứng với tốc độ cực đại của phản ứng. Cao hơn nhiệt độ tối ưu ( tốc độ phản ứng giảm nhanh vì nhiệt độ cao đã làm enzyme (protein) bị biến tính. Trung tâm hoạt động mất đi cấu hình chuẩn và không còn phù hợp được với cơ chất --> làm mất vai trò xúc tác. Nếu nhiệt độ thấp --> tốc độ phản ứng chậm. Cá biệt có những enzyme chịu được nhiệt độ cao như amylase trong công nghiệp dệt chịu được nhiệt độ hơn 100oC. Loài cá băng ở Nam cực có enzyme hoạt động hiệu quả ở -2oC. 2.2. pH Đa số enzyme thích hợp pH tối ưu bằng 7 - đó cũng là pH bình thường bên trong tế bào. Các enzyme hoạt động bên ngoài tế bào thường đòi hỏi nhiều pH khác nhau. Ví dụ: pepsin hoạt động tốt trong điều kiện pH = 2. Còn Tripsin (cũng thủy giải protein) hoạt động tốt ở pH = 7-8,5. Sự lệch pH tối ưu sẽ ảnh hưởng tới hoạt tính của enzyme theo hai cách trái ngược nhau. - Trường hợp các vị trí hoặc liên kết trong trung tâm hoạt động có dạng các ion tích điện - một số giá trị pH là ức chế vì nó làm tái kết hợp các ion này - các nhóm không tích điện tạo nên sẽ không tương tác được với cơ chất. - Khả năng thứ hai: là enzyme bị biến tính - nhất là các giá trị pH cực trị - nó làm yếu hay đứt các liên kết yếu giữa các bộ phận của enzyme. Ngoài ra có thể tạo ra một số liên kết khác mà trước đây không có trong phân tử. 2.3. Nồng độ cơ chất và nồng độ enzyme Tốc độ đa số các phản ứng do enzyme kiểm soát bị thay đổi theo nồng độ cơ chất - nhưng chỉ khi nồng độ cơ chất còn tương đối thấp. Khi nồng độ cơ chất tăng nhiều thì tốc độ phản ứng trở nên ít phụ thuộc vào nồng độ cơ chất mà lại tùy thuộc vào số lượng enzyme có mặt. Khi nồng độ cơ chất thấp, nhiều phân tử enzyme có trung tâm hoạt động tự do và sự cung cấp hạn chế cơ chất sẽ xác định tốc độ phản ứng. Ngược lại nồng độ cơ chất cao, hầu hết các trung tâm hoạt động bị chiếm lĩnh do đó lúc này số lượng phân tử enzyme lại là yếu tố quyết định phản ứng. 28 Trong hoạt động trao đổi chất của tế bào mối tương quan này có tầm quan trọng như những phương thức kiểm soát tốc độ phản ứng khác nhau. Đối với một số phản ứng nồng độ cơ chất bình thường vẫn là nhân tố quan trọng, nhưng ở số khác nồng độ enzyme lại có tính quyết định. 3. Các chất ức chế enzyme 3.1. Các chất ức chế cạnh tranh Các chất này có cấu tạo hóa học và hình dạng khá giống với cơ chất. khi chúng cùng có mặt với cơ chất sẽ cạnh tranh với cơ chất trung tâm hoạt động (làm cho hoạt động xúc tác của enzyme bị kìm hãm. Succinidehydrogenase Ví dụ: axit Succinic -------------------------------> axit fumaric. Axit malonic tác động như chất ức chế cạnh tranh bằng cách chiếm lĩnh trung tâm hoạt động giống như axit succinic. Axit malonic không bị biến đổi trong khi đó phức hợp enzyme - chất ức chế lại bền vững hơn enzyme - cơ chất --> hiện tượng này có thể khắc phục bằng cách giảm nồng độ chất ức chế. 3.2. Các chất ức chế không cạnh tranh Chúng không kết hợp với trung tâm hoạt động của enzyme và không chịu ảnh huởng của nồng độ cơ chất. Phổ biến là các ion kim loại nặng (Hg2+, Ag2+). Chúng kết hợp với phân tử enzyme ở một khu vực thứ nhất làm biến đổi hình dạng và tính chất ở khu vực thứ hai (trung tâm hoạt động) của enzyme do vậy enzyme không thể tương tác được với cơ chất. Muối assen và cyanid tác động theo cách như thế. Ngoài ra một số chất cạnh tranh có vai trò như chất hoạt hóa trong sự điều chỉnh hoạt động enzyme. 3.3. Các cofactor enzyme Nhiều enzyme không thể hoạt động chính xác khi thiếu một chất nhỏ Cơ chất hơn không phải protein gọi là cofactor. Cofactor thường hoạt động như cái “cầu” giữa enzyme và cơ chất, nó thường tham gia trực tiếp vào phản ứng hóa học của quá trình xúc tác. Đôi khi cofactor cung cấp cho nguồn năng lượng hóa học thúc đẩy phản ứng mà nếu không có thì phản ứng khó hay không thể xảy ra. Một số enzyme cần các ion kim loại là cofactor (như Mg2+, Fe2+ và một số ion của các nguyên tố như Zn2+, Cu2+). Cofactor cũng có thể là các phân tử hữu cơ nhỏ các chất này được gọi là coenzyme thường có quan hệ mật thiết với vitamine. (Coenzyme là những enzyme cá biệt). 4. Sự điều chỉnh hoạt tính enzyme Một số enzyme có khả năng phá hoại nếu nó trở nên có hoạt tính không đúngchỗ do đó cần có các túi bao gói chúng lại. 29 Pepsin là một loại enzyme tiêu hóa protein rất mạnh, có thể phá vỡ cấu trúc nội bào--> Các tế bào dạ dày đã sản xuất pepsin dưới dạng pepsinogen - chất này chỉ có hoạt tính khi rơi vào nơi pH axit mạnh. Các tế bào lót xoang dạ dày được bảo vệ khỏi axit và enzyme bằng một lớp nhầy và do đó sự tiêu hóa thức ăn xảy ra an toàn. Hệ thống enzyme trong lysosom cũng tương tự. Đa số các enzyme không bơi tự do trong tế bào chất mà chúng thường bám vào hệ thống màng bên trong tế bào theo một sự phân bố đặc hiệu và có trật tự (như các enzyme trong ty thể, lục lạp, ...) làm sao cho trong một dãy các phản ứng sinh hóa liền nhau, các cơ chất sẽ được "truyền tay" từ enzyme này sang enzyme khác để chuỗi phản ứng được diễn ra liên tục. Khi sản phẩm cuối cùng đã được tích lũy, cả chu trình tạo nên nó có thể bị đóng lại bằng sự ức chế ngược - sản phẩm cuối cùng này đóng vai trò như một chất ức chế không cạnh tranh với enzyme ở đầu dãy và hoạt tính enzyme bị phong tỏa. Mặt khác sự tích tụ cơ chất gây nên một phản ứng đặc hiệu làm mở chu trình - gọi là sự hoạt hóa khai mào. Sự điều hòa hoạt động enzyme được thực hiện nhờ thông tin di truyền trong nhân tế bào. chúng điều chỉnh cho phép enzyme nào sẽ được tổng hợp nên --> do đó xác định giới hạn trao đổi chất của tế bào. VI. Nucleic acid Nucleic acid, vật chất mang thông tin di truyên cua các hệ thống sống, là môt polymer hinh thành tư các monomer là nucleotide. Nucleic acid gồm hai loại là desoxyribonucleic acid (DNA) và ribonucleic acid (RNA). 1. Nucleotid Là đơn vị cấu trúc cơ bản của nucleic acid. Là những phân tử tồn trữ thông tin dự trữ trong tế bào. Các nucleotid tự do còn đóng vai trò quan trọng trong hoạt động tạo năng lượng của tế bào như ATP cần cho nhiều phản ứng chuyển hóa; GTP cần cho quá trình tổng hợp protein; ... Môi nucleotide có 3 thành phân cơ bản: nhóm phosphate, đương pentose (đương 5 carbon) và môt base nitơ. Các base nitơ thuôc hai nhóm: các purine gồm adenine và guanine, các pyrimidine gồm thymine, cytosine và uracil. Các nucleotide đươc nối với nhau băng liên kết phosphodiester tạo thành chuôi dài. Trình tự chính xác của các base trong DNA và RNA đặc trưng cho thông tin di truyền của tế bào và cơ thể. 2. DNA - Desoxyribonucleic acid 2.1. Cấu trúc Phân tử DNA là môt chuôi xoăn kep gồm hai sơi đơn. Môi sơi đơn là môt chuôi nucleotide. Môi nucleotide gồm ba thành phân: nhóm phosphate, đương desoxyribose và môt trong bốn base (adenine, cytosine, guanine và thymine). Hai sơi đơn kết hơp với nhau nhơ các liên kết hydrogen hinh thành giưa các base bô sung năm trên hai sơi: A bô sung cho T và C bô sung cho G. Môi sơi đơn có môt trinh tự đinh hướng với môt đâu 5’phosphate tự do, đâu kia là 3’ hydroxyl tự do (quy ước là 5’ → 3’. Hướng cua hai sơi đơn trong chuôi xoăn kep ngươc nhau, nên đươc goi là hai sơi đối song. 30 Nhưng phân tich cấu truc hiện đại đa cho thấy cấu truc cua DNA không phải luôn luôn tương ứng với dạng đươc goi là B mà Watson và Crick đa đưa ra. Do sự tác đông cua các hơp chất có trong lương nho hoăc protein dạng B có thê chuyên sang dạng A (nen nhiêu hơn) hoăc là dạng Z (xoăn trái). Chung có thê tự gấp lại (DNA) hoăc xoăn mạnh, vi du môt sơi kep DNA có đô dài là 20 cm đươc nen trong môt chromosome có kich thước là 5 ∝m. Phân tử DNA trong nhiêm săc thê cua sinh vật eukaryote ơ dạng thăng, con ơ phân lớn tế bào prokaryote (vi khuân) phân tử DNA có dạng vong. Du ơ dạng nào thi các phân tử DNA đêu tồn tại dưới dạng cuôn chăt. Trong tế bào eukaryote, DNA kết hơp chăt che với các protein là histone. Liên kết hydrogen 1 nm 3,4 nm 0,34 nm (a) Cấu trúc của DNA (b) Cấu trúc hóa học của một phần DNA Hình 1.16. Chuỗi xoắn kép của DNA DNA eukaryote có kich thước rất lớn (vi du DNA ơ ngươi có thê dài đến 1 m) nên câu hoi đăt ra là phân tử này phải đươc nen như thế nào vào thê tich rất hạn chế cua nhân. Việc nen đươc thực hiện ơ nhiêu mức đô, mức đô thấp nhất là nucleosome và mức đô cao nhất là cấu truc nhiêm săc chất. Thật vậy, đương kinh cua chuôi xoăn DNA chi là 20 oA , trong khi sơi nhiêm săc chất quan sát dưới kinh hiên vi điện tử có đương kinh 100 oA , đôi khi đạt 300 oA . Điêu này chứng to phân tử DNA tham gia hinh thành nhưng cấu truc phức tạp hơn. Sơi có đương kinh 100 oA là môt chuôi nhiêu nucleosome. Đó là nhưng cấu truc hinh thành tư môt sơi DNA quấn quanh môt loi gồm 8 phân tử histon. Sơi 100 oA này đươc tô chức thành cấu truc phức tạp hơn là sơi có đương kinh 300 oA . Trong nhân tế bào, các sơi vưa kê trên kết hơp chăt che với nhiêu protein khác nhau và cả với các RNA tạo thành nhiêm săc chất, mức đô tô chức cao nhất cua DNA. Trục đường-phosphate Các base 31 Thymine (T) Adenine (A) Cytosine (C) PhosphateDNA nucleotide Đường (deoxyribose) Guanine (G) Hình 1.17. Cấu trúc các nucleotide điển hình. Các DNA ơ eukaryote có đăc điêm khác với DNA prokaryote. Toàn bô phân tử DNA prokaryote đêu mang thông tin ma hóa cho các protein trong khi đó DNA eukaryote bao gồm nhưng trinh tự ma hoá (các exon) xen ke với nhưng trinh tự không ma hoá (intron). Các trinh tự ma hoá ơ eukaryote chim ngập trong môt khối lớn DNA mà cho đến nay vẫn chưa ro tác dung. Tuy theo mức đô hiện diện cua chung trong nhân, các trinh tự DNA đươc chia làm ba loại: - Các trinh tự lăp lại nhiêu lân. Vi du: ơ đông vật có vu các trinh tự này chiếm 10- 15% genome (hệ gen). Đó là nhưng trinh tự DNA ngăn (10-200 kb), không ma hoá, thương tập trung ơ nhưng vung chuyên biệt trên nhiêm săc thê như ơ vung tâm đông (trinh tự CEN) hay ơ đâu các nhiêm săc thê (trinh tự TEL). Chức năng cua các trinh tự này chưa ro, có thê chung tham gia vào quá trinh di chuyên DNA trên thoi vô săc (trinh tự CEN) hoăc vào quá trinh sao chep toàn ven cua phân DNA năm ơ đâu mut nhiêm săc thê (trinh tự TEL). - Các trinh tự có số lân lăp lại trung binh. Vi du: ơ genome ngươi các trinh tự này chiếm 25-40 %. Chung đa dạng hơn và có kich thước lớn hơn (100-1.000 kb) các trinh tự lăp lại nhiêu lân. Các trinh tự này phân bố trên toàn bô bô gen. Chung có thê 32 là nhưng trinh tự không ma hóa mà cung có thê là nhưng trinh tự ma hóa cho rRNA, tRNA và RNA 5S. - Các trinh tự duy nhất: là các gen ma hóa cho các protein, có trinh tự đăc trưng cho tưng gen. Môt đăc điêm cua phân tử DNA có y nghia rất quan trong đươc sử dung vào phương pháp lai phân tử. Đó là khả năng biến tinh và hồi tinh. Biến tinh là hiện tương hai sơi đơn cua phân tử DNA tách rơi nhau khi các liên kết hydrogen giưa các base bô sung năm trên hai sơi bi đứt do các tác nhân hóa hoc (dung dich kiêm, formamide, urea) hay do tác nhân vật ly (nhiệt). Sau đó, nếu điêu chinh nhiệt đô và nồng đô muối thich hơp, các sơi đơn có thê băt căp trơ lại theo nguyên tăc bô sung, đê hinh thành phân tử DNA ban đâu, đó là sự hồi tinh. 2.2. Tính chất và vai trò của DNA - Tính chất DNA có tính đặc trưng bởi số lượng thành phần, trật tự và cách xắp xếp của các nucleotide trong cấu trúc. Hàm lượng DNA đặc trưng cho mỗi loài, tỷ lệ A + G/T+ X cũng đặc trưng cho loài. Tính ổn định : tính đặc trưng được duy trì ổn định qua các thế hệ tế bào và cơ thể qua cơ chế nhân đôi, phân ly và tổ hợp qua quá trình gián phân, giảm phân và thụ tinh. Hoạt động gián phân là để duy trì DNA giữ được tính đặc trưng và ổn định qua các thế hệ. Sự nhân đôi và phân ly của nhiễm sắc thể và DNA trong giảm phân thành giao tử đơn bội sau đó nhờ thụ tinh để khôi phục bộ nhiễm sắc thể lưỡng bội duy trì được tính đặc trưng và ổn định của DNA qua các thế hệ của loài sinh sản hữu tính. - Vai trò của DNA + DNA là nơi lưu giữ các thông tin di truyền - là cơ sở di truyền ở mức phân tử tham gia vào cấu trúc của nhiễm sắc thể. Là thành phần không thể thiếu được trong bất kỳ mọi cấu trúc tế bào nào + Truyền đạt thông tin di truyền cho các thế hệ thông qua sự sao chép (tái bản) phân tử ADN mẹ thành 2 phân tử DNA con giống nhau, và thông qua sự phân ly của hai DNA con về hai tế bào con khi phân bào. + DNA có chức năng phiên mã cho ra các RNA, từ đây sẽ dịch mã để tạo nên protein đặc thù và tạo nên tính trạng đa dạng của sinh vật. 3. RNA - (Ribonucleic acid) Phân tử RNA có cấu tạo tương tự DNA với ba điêm khác biệt sau: - Phân tử RNA là chuôi đơn. - Đương pentose cua phân tử DNA là ribose (C5H10O5) thay vi deoxyribose. - Thymine, môt trong bốn loại base hinh thành nên phân tử DNA, đươc thay thế băng uracil trong phân tử RNA. Trong tế bào có ba loại RNA cơ bản đưọc phân loại theo chức năng, mỗi loại đều có cấu trúc đặc thù riêng. 33 3.1. RNA thông tin ( mRNA) Có cấu trúc mạch đơn, chiếm 3-5% tổng số RNA, chịu trách nhiệm mang thông tin di truyền từ trong nhân ra ngoài. Ỏ tế bào Eukaryota (tế bào có nhân điển hình) mRNA tính từ lúc sao mã xong đến khi trở thành mRNA thực sự phải trải, qua một số biến đổi. - Trong quá trình sao mã, đầu 5’ được gắn với 7-methylguanosine và ba nhóm phosphat. (GPPP) - Quá trình sao mã hoàn toàn, đầu 3’ được gắn thêm 100 - 200 A (poly A)- việc gắn polyA có thể có vai trò giúp RNA ra khỏi nhân. - Phân tử mRNA khi mới sao mã xong chứa một lượng nucleotid rất lớn - gồm các đoạn Exon (mang mã thật sự) xen với các đoạn Intron (không mang mã). Trước lúc ra khỏi nhân, các đoạn Intron được cắt đi và nối các đoạn Exon lại với nhau trở thành mRNA thực sự. 3.2. RNA vận chuyển (tRNA) Là các RNA nhỏ, chiếm 10-15% - có nhiệm vụ mang các amino acid đặc hiệu đến ribosom trong quá trình giải mã. Sự kết hợp giữa amino acid với tRNA nhờ enzyme đặc hiệu là amynoacyl-tRNA synthetase (AAS) cũng đặc hiệu cho từng amino acid. tRNA có cấu trúc không gian hình chĩa ba với một số vòng tạo xoắn theo nguyên tắc bổ sung và một số vòng không tạo xoắn trên tRNA có các vị trí đặc biệt sau Hình 1.18. tARN - Vị trí gắn amino acid- là dãy ACC ở đầu 3’ 34 - Vị trí nhận biết mã gọi là vị trí đối mã- nhờ có các base đặc hiệu nên tRNA nhận biết chính xác đơn vị mã tương ứng trên mRNA theo nguyên tắc bổ sung. - Ngoài ra còn một số vị trí đặc hiệu khác là nhánh T(- nhánh ghi nhận Ri- giúp tRNA định vị trong Ribosom. Nhánh ghi nhận enzyme DHU (chứa hydrouridine) giúp tRNA chịu tác dụng của enzyme AAS. Chức năng chủ yếu của tRNA là vận tải amino acid đến Ri và cùng với mRNA đặt amino acid vào vị trí thích hợp trên chuỗi polypeptit. Mỗi phân tử tRNA chỉ liên kết tạm thời với một amino acid nhất định nhờ AAS cũng đặc hiệu cho từng amino acid. Có trên 60 loại tRNA khác nhau mà chỉ có 20 loại amino acid. Như vậy một loại amino acid có thể được liên kết và vận tải bởi vài loại tRNA khác nhau. tRNA được tổng hợp từ các gen chuyên trách (tRNA) ở prokaryota có 40 - 80 gen này, ở Eukaryota có 520 - 1450 gen tùy từng sinh vật. Các gen này nằm thành từng chùm rải rác trên các nhiễm sắc thể. 3.3. rRNA (RNA riboxom) rRNA là thành phân cơ bản cua ribosome, vưa đóng vai tro xuc tác và cấu truc trong sự tông hơp protein. Tuy theo hệ số lăng rRNA đươc chia thành nhiêu loại: ơ eukaryote có rRNA 28S, 18S, 5,8S và 5S, con các rRNA ơ E. coli có ba loại: 23S, 16S và 5S. rRNA chiếm nhiêu nhất trong ba loại RNA (80% tông số RNA tế bào), tiếp đến là tRNA và mRNA chi chiếm 5%. Tế bào sinh vật nhân chuân con chứa nhưng phân tử RNA nho (small nuclear, snRNA) tham gia vào ghep nối các exon. Ribosome cua moi tế bào đêu gồm môt tiêu đơn vi nho và môt tiêu đơn vi lớn. Môi tiêu đơn vi có mang nhiêu protein và rRNA có kich thước khác nhau.Các tiêu phân cua Ri đươc hinh thành tư hạch nhân rồi đi ra bào tương. Sự kết hợp giữa hai tiểu phần chỉ xuất hiện khi tham gia quá trình giải mã. 35 35 Chương 2 Sinh tổng hợp protein Điều hòa sinh tổng hợp protein 1. Mã di truyền Do chỉ có bốn loại nucleotide khác nhau trong mRNA và có đến 20 loại amino acid trong protein nên sự dịch mã không thể được thực hiện theo kiểu tương ứng một nucleotide-một amino acid được. Người ta đã giải mã toàn bộ các amino acid vào những năm đầu của thập kỷ 1960. Mỗi amino acid được mã hóa bởi ba nucleotide liên tiếp trên DNA (hoặc RNA tương ứng), bộ ba nucleotide này được gọi là một codon. Với 4 loại nucleotide khác nhau sẽ có 43 = 64 codon khác nhau được phân biệt bởi thành phần và trật tự của các nucleotide. Trong số này có 3 codon kết thúc là UAA, UAG và UGA có nhiệm vụ báo hiệu chấm dứt việc tổng hợp chuỗi polypeptide. Trong 61 mã còn lại có nhiều codon cùng mã hóa cho một amino acid . - Các codon được đọc theo hướng 5'→3'. Vì vậy chuỗi mã hóa cho dipeptide NH2- Thr-Arg-COOH được viết là 5'-ACGCGA-3'. Các codon không chồng lên nhau và vùng dịch mã của mRNA không chứa các khoảng trống. 2. Các ribosome Ribosome là bộ máy đại phân tử điều khiển sự tổng hợp protein. Nó được cấu tạo bởi ít nhất là ba phân tử RNA và hơn 50 protein khác nhau, với trọng lượng phân tử là 2,5 MDa (megadalton) đối với ribosome của prokaryote và 4,2 MDa đối với ribosome của eukaryote. 2.1. Thành phần cấu tạo của ribosome Mỗi ribosome bao gồm một tiểu đơn vị lớn và một tiểu đơn vị nhỏ. Tiểu đơn vị lớn chứa trung tâm peptidyl transferase chịu trách nhiệm cho việc hình thành các cầu nối peptide. Tiểu đơn vị nhỏ chứa trung tâm giải mã, là nơi các tRNA đã được gắn amino acid đọc và giải mã các codon. Ngoài ra còn có trung tâm gắn các yếu tố ở tiểu đơn vị lớn. Theo quy ước, các tiểu đơn vị được đặt tên theo tốc độ lắng của chúng dưới lực ly tâm. Đơn vị đo tốc độ lắng là Svedberg và được viết tắt là S. Ribosome của prokaryote là ribosome 70S, trong đó tiểu đơn vị lớn là 50S và tiểu đơn vị nhỏ là 30S. Ribosome của eukaryote là 80S, với tiểu đơn vị lớn là 60S và tiểu đơn vị nhỏ là 40S. Mỗi tiểu đơn vị đều được cấu tạo bởi các RNA ribosome (rRNA) và các protein ribosome. Đơn vị Svedberg lại được sử dụng để phân biệt các rRNA (Bảng 2.1). Bảng 2.1. Các thành phần cấu tạo của ribosome. Các thành phần cấu tạo Prokaryote Eukaryote Tiểu đơn vị lớn (50S) Tiểu đơn vị nhỏ (30S) Tiểu đơn vị lớn (60S) Tiểu đơn vị nhỏ (40S) rRNA rRNA 5S (120 Nu) rRNA 23S (2900 Nu) rRNA 16S (1540 Nu) rRNA 5,8S (160 Nu) rRNA 5S (120 Nu) rRNA 28S (4700 Nu) rRNA 18S (1900 Nu) Protein 34 protein 21 protein 49 protein 33 protein 36 Trong quá trình dịch mã, tiểu đơn vị lớn và tiểu đơn vị nhỏ của mỗi ribosome liên kết với nhau và với mRNA. Sau mỗi vòng tổng hợp protein, chúng lại rời nhau ra. 2.2. Các vị trí gắn tRNA trên ribosome Trên ribosome chứa ba vị trí gắn tRNA là vị trí A, P và E. Trong đó: - A là vị trí gắn aminoacyl-tRNA (tRNA có mang amino acid). - P là vị trí gắn peptidyl-tRNA (tRNA có mang chuỗi polypeptide). - E là vị trí gắn tRNA mà được phóng thích sau khi chuỗi polypeptide được chuyển sang aminoacyl-tRNA. Mỗi vị trí gắn tRNA được hình thành tại giao diện giữa tiểu đơn vị lớn và tiểu đơn vị nhỏ. Bằng cách này, các tRNA được gắn vào có thể bắt ngang qua khoảng cách giữa trung tâm peptidyl transferase của tiểu đơn vị lớn và trung tâm giải mã của tiểu đơn vị nhỏ. Đầu 3' của tRNA được nằm gần tiểu đơn vị lớn và vòng đối mã gần tiểu đơn vị nhỏ. Hình 2.1. Các thành phần chức năng của ribosome. 2.3. Các kênh của ribosome Đó là các kênh cho phép mRNA đi vào và đi ra khỏi ribosome, và kênh cho phép chuỗi polypeptide mới sinh đi ra khỏi ribosome. mRNA đi vào và đi ra khỏi trung tâm giải mã của ribosome thông qua hai kênh hẹp tại tiểu đơn vị nhỏ. Trong đó, kênh vào có chiều rộng chỉ đủ cho RNA không bắt cặp đi qua. Đặc điểm này đảm bảo cho mRNA được duỗi thẳng khi nó đi vào trung tâm giải mã, bằng cách loại bỏ mọi tương tác bắt cặp base bổ sung nội phân tử. Một kênh xuyên qua tiểu đơn vị lớn tạo lối thoát cho chuỗi polypeptide mới được tổng hợp. Kích thước của kênh đã hạn chế được sự gấp của các chuỗi polypeptide đang tổng hợp. Vì vậy, protein chỉ có thể hình thành cấu trúc bậc ba sau khi nó được giải phóng khỏi ribosome. 3. Sự hình thành aminoacyl-tRNA 3.1. Bản chất của sự gắn amino acid vào tRNA Quá trình gắn amino acid vào tRNA là quá trình hình thành một liên kết acyl giữa nhóm carboxyl của amino acid và nhóm 2'- hoặc 3'-OH của adenine ở đầu 3' của tRNA. Liên kết này được xem là một liên kết giàu năng lượng. Năng lượng giải phóng ra khi liên 37 kết bị phá vỡ giúp hình thành cầu nối peptide để liên kết amino acid với chuỗi polypeptide đang được tổng hợp. 3.2. Sự nhận diện và gắn amino acid vào tRNA Sự nhận diện và gắn amino acid vào tRNA tương ứng được thực hiện bởi một enzyme gọi là aminoacyl-tRNA synthetase. Quá trình này diễn ra như sau: đầu tiên, amino acid được adenylyl hóa bằng cách phản ứng với ATP, kết quả tạo thành amino acid có gắn adenylic acid qua cầu nối ester giàu năng lượng giữa nhóm COOH của amino acid và nhóm phosphoryl của AMP, đồng thời giải phóng ra pyrophosphate. Sau đó, amino acid được adenylyl hóa này (vẫn đang gắn với synthetase) phản ứng tiếp với tRNA. Phản ứng này chuyển amino acid đến đầu 3' của tRNA để gắn với nhóm OH, đồng thời giải phóng AMP. Phản ứng tổng hợp của quá trình này như sau: Amino acid + tRNA + ATP → aminoacyl-tRNA + AMP + PPi 3.3. Tính đặc hiệu của aminoacyl-tRNA synthetase Hầu hết các tế bào đều có một enzyme synthetase riêng biệt chịu trách nhiệm cho việc gắn một amino acid vào một tRNA tương ứng (như vậy có tất cả 20 synthetase). Tuy nhiên, nhiều vi khuẩn có dưới 20 synthetase. Trong trường hợp này, cùng một synthetase chịu trách nhiệm cho hơn một loại amino acid. Sự nhận diện amino acid chính xác là dựa vào kích thước, sự tích điện và gốc R khác nhau của các amino acid. Sự nhận diện tRNA dựa vào các trình tự nucleotide khác nhau của tRNA. Tỷ lệ sai sót trong quá trình gắn amino acid với tRNA tương ứng là khá thấp. 3.4. Phân loại aminoacyl-tRNA synthetase Có hai loại tRNA synthetase. - Loại I bao gồm các synthetase gắn các amino acid như Glu, Gln, Arg, Cys, Met, Val, Ile, Leu, Tyr, Trp vào nhóm 2'-OH. - Loại II gồm các synthetase gắn các amino acid như Gly, Ala, Pro, Ser, Thr, His, Asp, Asn, Lys, Phe vào nhóm 3'-OH. 4. Các giai đoạn của quá trình dịch mã Quá trình dịch mã được bắt đầu bằng sự gắn của mRNA và một tRNA khởi đầu với tiểu đơn vị nhỏ tự do của ribosome. Phức hợp tiểu đơn vị nhỏ-mRNA thu hút tiểu đơn vị lớn đến để tạo nên ribosome nguyên vẹn với mRNA được kẹp giữa hai tiểu đơn vị. Sự tổng hợp protein được bắt đầu tại codon khởi đầu ở đầu 5' của mRNA và tiến dần về phía 3'. Khi ribosome dịch mã từ codon này sang codon khác, một tRNA đã gắn amino acid kế tiếp được đưa vào trung tâm giải mã và trung tâm peptidyl transferase của ribosome. Khi ribosome gặp codon kết thúc thì quá trình tổng hợp chuỗi polypeptide kết thúc. Chuỗi này được giải phóng, hai tiểu đơn vị của ribosome rời nhau ra và sẵn sàng đến gặp mRNA mới để thực hiện một chu trình tổng hợp protein mới. Quá trình dịch mã được chia thành ba giai đoạn là khởi đầu, kéo dài và kết thúc. 4.1. Giai đoạn khởi đầu 4.1.1. Ở prokaryote *Các yếu tố khởi đầu (IF: initiation factor) Có các yếu tố khởi đầu xúc tác cho tiểu đơn vị nhỏ trong việc hình thành phức hợp khởi đầu. Đó là IF1, IF2, IF3. Mỗi yếu tố khởi đầu có tác dụng như sau: - IF1 giúp tiểu đơn vị nhỏ gắn vào mRNA và ngăn cản các tRNA gắn vào vùng thuộc vị trí A trên tiểu đơn vị nhỏ. 38 - IF2 là một protein gắn và thủy phân GTP. IF2 thúc đẩy sự liên kết giữa fMet tRNAifMet và tiểu đơn vị nhỏ, ngăn cản những aminoacyl-tRNA khác đến gắn vào tiểu đơn vị nhỏ. - IF3 ngăn cản tiểu đơn vị nhỏ tái liên kết với tiểu đơn vị lớn và gắn với các tRNA mang amino acid. IF3 gắn vào tiểu đơn vị nhỏ vào cuối vòng dịch mã trước, nó giúp tách ribosome 70S thành tiểu đơn vị lớn và tiểu đơn vị nhỏ. Khi tiểu đơn vị nhỏ đã được gắn ba yếu tố khởi đầu, nó sẽ gắn tRNA khởi đầu và mRNA. Sự gắn hai RNA này là hoàn toàn độc lập với nhau. *Bước 1: Tiểu đơn vị nhỏ gắn vào codon khởi đầu Sự liên kết giữa tiểu đơn vị nhỏ với mRNA được thực hiện thông qua sự bắt cặp base bổ sung giữa vị trí gắn ribosome và rRNA 16S. Các mRNA của vi khuẩn có một trình tự nucleotide đặc hiệu gọi là trình tự Shine-Dalgarno (SD) gồm 5-10 nucleotide trước codon khởi đầu. Trình tự này bổ sung với một trình tự nucleotide gần đầu 3' của rRNA 16S. Tiểu đơn vị nhỏ được đặt trên mRNA sao cho codon khởi đầu được đặt đúng vào vị trí P một khi tiểu đơn vị lớn gắn vào phức hợp. *Bước 2: tRNA đầu tiên có mang methionine biến đổi đến gắn trực tiếp với tiểu đơn vị nhỏ Một tRNA đặc biệt được gọi tRNA khởi đầu đến gắn trực tiếp với vị trí P (không qua vị trí A). tRNA có anticodon (bộ ba đối mã) có thể bắt cặp với AUG hoặc GUG. Tuy nhiên tRNA này không mang methionine cũng như valine mà mang một dạng biến đổi của methionine gọi là N-formyl methionine. tRNA khởi đầu này được gọi là fMet-tRNAifMet. Trong hoặc sau quá trình tổng hợp polypeptide, gốc formyl được loại bỏ bởi enzyme deformylase. Ngoài ra, aminopeptidase sẽ loại bỏ methionine cũng như một hoặc hai amino acid kế tiếp ở đầu chuỗi polypeptide. *Bước 3: Hình thành phức hợp khởi đầu 70S Bước gắn thêm tiểu đơn vị lớn để tạo thành phức hợp khởi đầu 70S diễn ra như sau: khi codon khởi đầu và fMet-tRNAifMet bắt cặp với nhau, tiểu đơn vị nhỏ thay đổi hình dạng làm giải phóng IF3. Sự vắng mặt IF3 cho phép tiểu đơn vị lớn gắn vào tiểu đơn vị nhỏ đang mang các thành phần trên. Nhờ có tiểu đơn vị lớn gắn vào, hoạt tính GTPase của IF2-GTP được kích thích để thủy phân GTP. IF2-GDP tạo thành có ái lực thấp đối với ribosome và tRNA khởi đầu dẫn đến sự giải phóng IF2- GDP cũng như IF1. Như vậy phức hợp khởi đầu cuối cùng được tạo thành bao gồm ribosome 70S được gắn tại codon khởi đầu của mRNA, với fMet-tRNAifMet tại vị trí P, còn vị trí A đang trống. Phức hợp này sẵn sàng tiếp nhận một tRNA mang amino acid vào vị trí A để bắt đầu tổng hợp polypeptide Hình 2.2. Khởi đầu dịch mã ở prokaryote. 39 4.1.2. Ở Eukaryote * Bước 1: Sự hình thành phức hợp tiền khởi đầu 43S Giai đoạn khởi đầu đòi hỏi sự hỗ trợ của hơn 30 protein khác nhau, mặc dù eukaryote cũng có những yếu tố khởi đầu tương ứng với prokaryote. Các yếu tố khởi đầu này được ký hiệu là eIF. Hình 2.3. Khởi đầu dịch mã ở eukaryote. Khi ribosome của eukaryote hoàn thành một chu trình dịch mã, nó tách rời ra thành tiểu đơn vị lớn và tiểu đơn vị nhỏ tự do thông qua tác động của các yếu tố eIF3 và eIF1A (tương tự với IF3 ở prokaryote). Hai protein gắn GTP là eIF2 và eIF5B làm trung gian thu hút tRNA khởi đầu đã gắn methionine (chứ không phải N-formyl methionine như ở prokaryote) đến tiểu đơn vị nhỏ. Chính yếu tố eIF5B-GTP là tương đồng với IF2-GTP của prokaryote. Yếu tố này liên kết với tiểu đơn vị nhỏ theo phương thức phụ thuộc eIF1A. Rồi eIF5B-GTP giúp thu hút phức hợp eIF2-GTP và Met-tRNAiMet đến tiểu đơn vị nhỏ. Hai protein gắn GTP này cùng nhau đưa Met-tRNAiMet vào vùng thuộc vị trí P của tiểu đơn vị nhỏ. Kết quả, hình thành phức hợp tiền khởi đầu 43S. *Bước 2: Sự nhận dạng mũ 5' của mRNA Quá trình này được thực hiện thông qua eIF4F. Yếu tố này có ba tiểu đơn vị, một tiểu đơn vị gắn vào mũ 5', hai tiểu đơn vị khác gắn với RNA. Phức hợp này lại được gắn với eIF4B làm hoạt hóa một enzyme RNA helicase của một trong những tiểu đơn vị của eIF4F. Helicase này tháo xoắn tất cả các cấu trúc bậc hai được hình thành ở đầu tận cùng của mRNA. Phức hợp eIF4F/B và mRNA lại thu hút phức hợp tiền khởi đầu 43S đến thông qua tương tác giữa eIF4F và eIF3. *Bước 3: Tiểu đơn vị nhỏ tìm thấy codon khởi đầu bằng cách quét xuôi dòng từ đầu 5' của mRNA và sự hình thành phức hợp khởi đầu 80S 40 Một khi được gắn vào đầu 5' của mRNA, tiểu đơn vị nhỏ và các yếu tố liên kết với nó di chuyển dọc theo mRNA theo hướng 5' → 3' cho đến khi gặp trình tự 5'-AUG-3' đầu tiên mà nó nhận dạng là codon khởi đầu. Codon được nhận dạng bằng sự bắt cặp base bổ sung giữa anticodon (bộ ba đối mã) của tRNA khởi đầu và codon khởi đầu. Sự bắt cặp này thúc đẩy phóng thích eIF2 và eIF3 cho phép tiểu đơn vị lớn gắn được vào tiểu đơn vị nhỏ. Sự gắn này dẫn đến phóng thích các yếu tố khởi đầu còn lại thông qua sự thủy phân GTP dưới tác dụng của eIF5B. Cuối cùng, Met-tRNAiMet được đưa vào vị trí P của phức hợp khởi đầu 80S. Lúc này, ribosome ở trong tư thế sẵn sàng tiếp nhận aminoacyl-tRNA vào vị trí A. *Những yếu tố khởi đầu dịch mã giữ mRNA eukaryote ở dạng vòng Ngoài việc gắn vào đầu 5' của mRNA, các yếu tố khởi đầu còn liên kết chặt chẽ với đầu 3' thông qua đuôi poly(A). Điều này được thực hiện bởi sự tương tác giữa eIF4F và protein gắn poly(A) bọc bên ngoài đuôi poly(A). Việc tìm thấy các yếu tố khởi đầu dịch mã có vai trò "vòng hóa" mRNA theo phương thức phụ thuộc đuôi poly(A) đã giải thích được quan sát trước đây là một khi ribosome kết thúc sự dịch mã một mRNA mà được vòng hóa thông qua đuôi poly(A) thì ribosome mới được phóng thích này là ribosome lý tưởng để tái khởi đầu dịch mã trên cùng mRNA. 4.2. Giai đoạn kéo dài 4.2.1. Bước 1: Aminoacyl-tRNA được đưa đến vị trí A nhờ yếu tố kéo dài EF-Tu Một khi tRNA đã gắn amino acid thì EF-Tu đến gắn vào đầu 3' của aminoacyl tRNA. EF-Tu chỉ có thể gắn với aminoacyl-tRNA khi nó liên kết với GTP. EF-Tu-GTP đưa aminoacyl-tRNA vào vị trí A của ribosome. Chỉ phức hợp aminoacyl-tRNA-EF-Tu GTP nào có anticodon bổ sung với codon của mRNA tại vị trí A thì mới được giữ lại trên ribosome. Sau đó, EF-Tu tương tác với trung tâm gắn yếu tố của ribosome nằm trên tiểu đơn vị lớn và thủy phân GTP, rồi EF-Tu được phóng thích khỏi tRNA và ribosome, để aminoacyl-tRNA nằm lại tại vị trí A. Hình 2.4. Kéo dài dịch mã. 4.2.2. Bước 2: Hình thành cầu nối peptide 41 Aminoacyl-tRNA tại vị trí A được quay vào trung tâm peptidyl transferase và cầu nối peptide được hình thành. Phản ứng này được xúc tác bởi peptidyl transferase, ngày nay nó được xác định là rRNA, đặc biệt là rRNA 23S của tiểu đơn vị lớn. Vì vậy, peptidyl transferase còn được gọi là ribozyme. Trong quá trình hình thành cầu nối peptide, cầu nối giữa amino acid và tRNA ở vị trí A không bị phá vỡ. Đầu 3' của cả hai tRNA được đưa đến gần nhau và nhóm amine của amino acid ở vị trí A tấn công nhóm carboxyl của amino acid ở vị trí P. Kết quả là tRNA ở vị trí A mang một dipeptide, trong khi tRNA ở vị trí P đã bị khử acyl. Sau đó xảy ra sự chuyển dịch (xem bước 3): peptidyl-tRNA (đang mang dipeptide) chuyển sang vị trí P, và vị trí A sẵn sàng tiếp nhận một aminoacyl-tRNA mới. Cầu nối peptide tiếp theo được hình thành theo cách giống hệt trên, trong đó nhóm amine của amino acid mới liên kết với nhóm carboxyl ở đầu C tận cùng của chuỗi polypeptide đang tổng hợp. Thực chất, đây là quá trình chuyển chuỗi polypeptide đang tổng hợp từ peptidyl tRNA ở vị trí P sang aminoacyl-tRNA ở vị trí A. Vì vậy, phản ứng tạo cầu nối peptide được gọi là phản ứng peptidyl transferase. Như vậy, chuỗi polypeptide được tổng hợp theo chiều từ đầu N đến đầu C. Trong quá trình này, không có sự thủy phân nucleoside triphosphate. Năng lượng được cung cấp từ sự phá vỡ cầu nối acyl giàu năng lượng giữa chuỗi polypeptide đang tổng hợp và tRNA. 4.2.3. Bước 3: Sự chuyển dịch (translocation) Một khi phản ứng peptidyl transferase xảy ra thì tRNA trong vị trí P không gắn với amino acid nữa, và chuỗi polypeptide đang hình thành được liên kết với tRNA trong vị trí A. Để một vòng kéo dài polypeptide mới xảy ra, tRNA ở vị trí P phải chuyển đến vị trí E và tRNA ở vị trí A chuyển đến vị trí P. Đồng thời, mRNA phải di chuyển qua 3 nucleotide để ribosome tiếp xúc với codon tiếp theo. Những sự di chuyển này được gọi là sự chuyển dịch. Bước đầu tiên trong chuyển dịch được song hành với phản ứng peptidyl transferase. Khi chuỗi peptide được chuyển sang tRNA ở vị trí A, đầu 3' của tRNA này hướng đến vùng vị trí P của tiểu đơn vị lớn, trong khi đầu anticodon vẫn còn nằm ở vị trí A. Tương tự, tRNA ở vị trí P (mà không còn gắn chuỗi polypeptide nữa) nằm ở vị trí E của tiểu đơn vị lớn và vị trí P của tiểu đơn vị nhỏ. Để hoàn thành sự chuyển dịch phải có sự tác động của một yếu tố kéo dài gọi là EF G. EF-G chỉ gắn vào ribosome khi được liên kết với GTP. Sau khi phản ứng peptidyl transferase xảy ra, sự thay đổi vị trí của tRNA ở vị trí A đã để lộ vị trí gắn cho EF-G. Khi EF-G-GTP gắn vào vị trí này, nó tiếp xúc với trung tâm gắn yếu tố và kích thích thủy phân GTP. Sự thủy phân này làm thay đổi hình dạng của EF-G-GDP và cho phép nó với tới tiểu đơn vị nhỏ để thúc đẩy sự chuyển dịch của tRNA ở vị trí A. Khi sự chuyển dịch được hoàn thành, cấu trúc của ribosome giảm đáng kể ái lực với EF-G-GDP, điều này cho phép yếu tố kéo dài được phóng thích khỏi ribosome. Cùng với việc tRNA ở vị trí A chuyển đến vị trí P, tRNA ở vị trí P chuyển đến vị trí E và mRNA dịch chuyển ba nucleotide. Từ vị trí E, tRNA được phóng thích khỏi ribosome. 4.2.4. Các yếu tố kéo dài có gắn GDP (EF-Tu-GDP và EF-G-GDP) được đổi GDP thành GTP trước khi tham gia vào vòng kéo dài mới EF-Tu và EF-G là những protein xúc tác mà chỉ được sử dụng một lần đối với một vòng kéo dài bao gồm đưa tRNA vào ribosome, hình thành cầu nối peptide, và chuyển dịch. Sau khi GTP được thủy phân, hai protein trên phải giải phóng GDP và gắn với một GTP mới. 42 Đối với EF-G, do GDP có ái lực thấp với EF-G hơn GTP nên GDP nhanh chóng được giải phóng và GTP mới được gắn vào. Đối với EF-Tu, cần có sự tham gia của yếu tố hoán đổi GTP gọi là EF-Ts. Sau khi EF-Tu-GDP được phóng thích khỏi ribosome, EF-Ts được gắn vào EF-Tu và thế chỗ của GDP. Sau đó GTP đến gắn vào phức hợp EF-Tu-EF-Ts. Phức hợp sau cùng được tách thành EF-Ts tự do và EF-Tu-GTP. 4.3. Giai đoạn kết thúc 4.3.1. Các yếu tố giải phóng kết thúc dịch mã Chu kỳ gắn aminoacyl-tRNA của ribosome, sự hình thành cầu nối peptide, và sự chuyển dịch xảy ra liên tục cho đến khi một trong ba codon kết thúc vào vị trí A. Các codon này được nhận diện bởi các yếu tố giải phóng (RF: release factor) (Hình 6.5). Có hai loại yếu tố giải phóng: - Các yếu tố giải phóng loại I nhận diện codon kết thúc và thúc đẩy sự thủy phân để tách chuỗi polypeptide ra khỏi peptidyl-tRNA tại vị trí P. Prokaryote có hai yếu tố giải phóng loại I là RF1 và RF2, trong đó RF1 nhận diện codon kết thúc UAG và RF2 nhận diện UGA, còn UAA được nhận diện bởi cả RF1 và RF2. Eukaryote chỉ có một yếu tố giải phóng gọi là eRF1 nhận diện được cả ba loại codon kết thúc. - Các yếu tố giải phóng loại II kích thích sự tách yếu tố giải phóng loại I ra khỏi ribosome sau khi chuỗi polypeptide được giải phóng. Chỉ có một yếu tố giải phóng loại II, được gọi là RF3 ở prokaryote và eRF3 ở eukaryote. Yếu tố giải phóng loại II được điều hòa bởi GTP. Hình 2.5. Kết thúc dịch mã. 4.3.2. Sự hoán đổi GDP/GTP và thủy phân GTP điều khiển hoạt động của yếu tố giải phóng loại II 43 Yếu tố giải phóng loại II là một protein gắn GTP nhưng có ái lực với GDP cao hơn GTP. Vì vậy, phần lớn RF3 được gắn với GDP. RF3-GDP gắn với ribosome theo một phương thức phụ thuộc sự hiện diện của yếu tố giải phóng loại I. Sau khi yếu tố giải phóng loại I kích thích sự phóng thích chuỗi polypeptide, xảy ra một sự thay đổi hình dạng ribosome, và yếu tố giải phóng loại I kích thích RF3 hoán đổi GDP thành GTP. Sự gắn GTP vào RF3 dẫn đến sự hình thành tương tác ái lực cao với ribosome và đẩy yếu tố giải phóng loại I ra khỏi ribosome. Sự thay đổi này cho phép RF3 liên kết với trung tâm gắn yếu tố của tiểu đơn vị lớn. Sự tương tác này kích thích thủy phân GTP. Vì không còn yếu tố loại I nữa nên RF3-GDP có ái lực thấp với ribosome và bị phóng thích ra ngoài. 4.3.3. Sự tái tuần hoàn của ribosome Sau khi phóng thích chuỗi polypeptide và các yếu tố giải phóng, ribosome vẫn còn gắn với mRNA cùng với hai tRNA tại vị trí P và vị trí E. Để ribosome tham gia vào quá trình tổng hợp polypeptide mới, tRNA và mRNA phải đi khỏi ribosome và hai tiểu đơn vị của ribosome phải rời nhau ra. Tập hợp những sự kiện như vậy gọi là sự tái tuần hoàn ribosome (ribosome recycling). Ở prokaryote, có một yếu tố gọi là yếu tố tái tuần hoàn ribosome (RRF: ribosome recycling factor). RRF gắn vào vị trí A, nó bắt chước tRNA. RRF lôi kéo EF-G đến ribosome và EF-G kích thích giải phóng những tRNA tại vị trí P và E. Sau đó, EF-G và RRF được phóng thích khỏi ribosome cùng với mRNA. IF3 có thể tham gia vào sự giải phóng mRNA đồng thời nó cũng cần cho sự tách rời hai tiểu đơn vị của ribosome. Kết quả tạo ra tiểu đơn vị nhỏ gắn IF3 và tiểu đơn vị lớn tự do. Ribosome bây giờ có thể tham gia vào vòng dịch mã mới. 5. Điều hòa biểu hiện gen ở prokaryote Các gen được phiên mã tạo RNA, được gọi là các gen cấu trúc. Các protein được dịch mã từ mRNA có thể là enzyme hoặc không phải enzyme. Trong số các protein không phải ennzyme có các protein điều hòa (regulatory protein), chúng tương tác với các trình tự DNA đặc hiệu để kiểm soát hoạt tính phiên mã của các gen cấu trúc. Các gen tổng hợp các protein điều hòa được gọi là các gen điều hòa (regulatory gen). Phía trước mỗi gen cấu trúc (hoặc một nhóm gen) có một trình tự promoter, nơi RNA polymerase nhận biết. Cơ chế điều hòa ở prokaryote chủ yếu được thực hiện thong qua operon. Đây là khái niệm chỉ tồn tại ở prokaryote. 5.1. Cấu trúc của promoter Thực chất của khởi sự phiên mã là quan hệ trực tiếp giữa RNA polymerase và promoter. Khi RNA polymerase gắn vào promoter, nó sẽ phiên mã tạo phân tử RNA. Phần lớn promoter ở E. coli về căn bản có cùng cấu trúc: Nếu base đầu tiên được phiên mã thành mRNA (luôn là purine, thường là adenin) được đánh số +1, thì tất cả các base phía 5’ hay “phía trước” so với nó không được phiên mã là số trừ (-). Ngay phía trước +1 có 6 base thường với trình tự TATAAT ở xung quanh -10, và trình tự TTGACA (trình tự liên ứng-consensus sequence) ở xung quanh -35. Cả hai trình tự phối hợp nhau cho phép RNA polymerase gắn vào và khởi sự dịch mã, trình tự -35 tạo điều kiện đầu tiên cho việc gắn vào. Gen điều hòa Phiên mã Dịch mã Protein điều hòa Các con đường hóa sinh Operon Gen cấu trúc Phiên mã Dịch mã 44 Tiền chất X Các sản phẩm Sản phẩm Y trung gian Hình 2.6. Phương thức chung điều hòa biểu hiện gen ở prokaryote. 5.2. Cấu trúc của operon Operon là đơn vị phiên mã gồm ít nhất một promoter và mRNA ở bước tiếp theo để mã hóa cho các trình tự của một hay nhiều chuỗi polypeptide. Tuy nhiên, operon có thể có một hay nhiều điểm điều hòa khác với promoter. Các gen không chịu sự điều hòa do tác động môi trường, tạo sản phẩm thường xuyên, được gọi là các gen cấu trúc. Số lượng sản phẩm của các gen này có thể dao động phụ thuộc vào ái lực tương đối của các promoter của chúng đối với RNA polymerase. Các promoter có ái lực mạnh (strong promoter) tạo ra nhiều sản phẩm của gen hơn các promoter có ái lực yếu. Các gen mà sản phẩm protein của chúng được tổng hợp đáp lại với các nhân tố môi trường, thường được điều khiển bởi một hay nhiều protein điều hòa. Trình tự DNA bên trong operon, nơi mà protein ức chế gắn vào, được gọi là operator (điểm điều hành). Việc gắn protein ức chế lên operator ngăn cản sự phiên mã của tất cả các gen cấu trúc trên cùng một operon. Sự kiểm soát như vậy đối với với gen gọi là kiêm soát âm. Các operon của vi khuẩn thường tạo ra các mRNA đa gen, nhưng mRNA của eukaryote chỉ một gen. Các protein cần thiết biểu hiện gen được gọi là chất hoạt hóa. Chúng có thể gắn với các điểm khởi sự nằm bên trong của promoter của operon hay điểm tăng cường hoặc có thể gắn ở những trình tự xa operon. Việc gắn của protein điều hòa vào điểm khởi đầu (initiator) hay enhancer, kích thích sự phiên mã của các gen cấu trúc, được gọi là cơ chế kiểm soát dương. Sự kích thích để các gen điều hòa phản ứng có thể là từ các phân tử tương đối nhỏ như đường, amino acid đến các phân tử lớn hơn như các phức hợp hormone steroid và các protein thể nhận (receptor). Chất làm cho gen phiên mã được gọi là chất cảm ứng, có tác động ngược với chất kìm hãm. Các gen cảm ứng thường tham gia vào các phản ứng thoái dưỡng (catabolic reaction), như phân hủy các polysacaride thành đường đơn. Các gen ức chế thường tham gia vào các phản ứng biến dưỡng thực hiện việc tổng hợp các chất như amino acid từ các tiền chất đơn giản hơn. 5.3. Điều hòa thoái dưỡng: Kiểm soát âm-cảm ứng Trong thoái dưỡng, các chất thức ăn được phân hủy dễ tạo năng lượng hoặc các chất cần thiết cho quá trình tổng hợp. Cơ chế điều hòa ở đây là sự có mặt của cơ chất (ví dụ lactose) dẫn tới tổng hợp các enzyme phân hủy. Ví dụ điển hình cho trường hợp này là operon lactose của E. coli. β-galactosidase là enzyme có chức năng đôi. Chức năng đầu tiên của nó là thoái dưỡng lactose thành glucose 45 và galactose. Chức năng thứ hai của nó là chuyển liên kết 1-4 của glucose và galactose thành liên kết 1-5 của allolactose. Bình thường enzyme này không hiện diện ở nồng độ cao trong tế bào, khi vắng mặt lactose trong môi trường. Ngay sau khi cho lactose vào môi trường nuôi khi không có glucose, enzyme này bắt đầu được tạo ra. Sự vận chuyển lactose xuyên qua màng tế bào có hiệu quả nhờ protein vận chuyển galactoside permease. Protein cũng xuất hiện với nồng độ cao khi có lactose trong môi trường. Sự điều hòa của operon lactose còn phụ thuộc vào nồng độ glucose trong môi trường. Mức glucose này lại kiểm soát mức nội bào phân tử nhỏ c-AMP (cyclic adenosine monophosphat), là chất bắt nguồn từ ATP và làm tín hiệu báo động cho tế bào. Tế bào có xu hướng sử dụng glucose hơn là lactose để làm nguồn carbon vì glucose được biến dưỡng trực tiếp cung cấp carbon và tạo năng lượng. Các enzyme biến dưỡng glucose thuộc loại cấu trúc và tế bào tăng trưởng tối đa với nguồn glucose. Khi nguồn glucose cạn, tế bào phản ứng lại bằng cách tạo ra c-AMP. Việc tăng nồng độ c-AMP trong tế bào gây nên hàng loạt sự kiện, trong sự hiện diện của lactose, dẫn đến sự phiên mã các gen cấu trúc của operon lactose. 5.3.1. Cấu trúc của operon lactose Hệ thống lactose (lactose system) bình thường gồm có gen điều hòa (i hoặc R) và operon mang trình tự promoter (P) locus operator (O) và 3 gen cấu trúc cho β galactosidase (Z), permease (Y) và transacetylase (A). Nhiều đột biến ở các locus này đã được phát hiện. 5.3.2. Hoạt động của hệ thống - Điều kiện cảm ứng (có lactose). Lactose được chuyển vào tế bào rất yếu vì chỉ có vài phân tử permease làm việc. Khi vào trong tế bào, một số lactose (liên kết β-1,4) được chuyển thành allolactose (liên kết β-1,6) nhờ β-galactosidase. Allolactose là chất cảm ứng, nó gắn vào protein kìm hãm và gây biến đổi cấu hình tạo phức hợp allolactose-repressor. Phức hợp này mất khả năng gắn operator. Lúc này operon được mở, RNA polymerase bắt đầu phiên mã các gen cấu trúc. Toàn bộ sự kiện diễn ra như trên hình 2.7. - Điều kiện không cảm ứng (không có lactose). Gen điều hòa của operon thường xuyên tổng hợp protein ức chế (repressor protein) ở mức thấp, vì nó có promoter ít hiệu quả. Sự tổng hợp các protein này bị tác động do nồng độ lactose trong tế bào. Ngược lại, promoter bình thường của operon lac gắn với RNA polymerase rất có hiệu quả. Khi không có đường lactose protein kìm hãm có hoạt tính (tạo ra do i+hay R) gắn vào promoter hay “đọc” trình tự operator vì protein kìm hãm chiếm đoạn này. Như vậy, sự phiên mã của tất cả các gen cấu trúc của operon lac bị dừng. Số lượng permease tăng nên lactose vào tế bào với số lượng lớn và được phân hủy bởi β-galactosidase. Khi lactose được sử dụng cạn, các protein repressor gắn trở lại vào operator làm operon bị đóng; sự phiên mã các gen cấu trúc bị dừng. Bản thân gen điều hòa R chỉ có một promoter (Pi) và gen cấu trúc của protein kìm hãm. Promoter này yếu, khi các protein kìm hãm có số lượng cao, nó bị các protein này gắn vào làm dừng phiên mã. 46 (a) Không có lactose Phiên mã và dịch mã (b) Có lactose Phiên mã và dịch mã 6. Đột biến gene Không phiên mã Phiên mã và dịch mã Hình 2.7. Operon lactose và hoạt động của nó. Đột biến gene là những biến đổi xảy ra bên trong cấu trúc gene. Mỗi đột biến gene dẫn đến sự thay đổi trình tự nucleotide tạo ra các allele khác nhau. Đột biến gene có thể xảy ra do biến đổi của trình tự nucleotide trong gene. Đột biến gene không phát hiện được khi quan sát tế bào học. Trong tự nhiên, tất cả các gene đều có đột biến được gọi là đột biến tự nhiên hay ngẫu phát (spontaneous mutation). Các đột biến tự nhiên thường xuất hiện rất ít. 1. Các kiểu đột biến gene Đột biến gene hay đột biến điểm: là các biến đổi rất nhỏ trên một đoạn DNA, thường liên quan đến một cặp base đơn của DNA hoặc một số ít cặp base kề nhau. Đột biến điểm làm thay đổi gene kiểu dại (wild-type gene),. Thực tế đột biến điểm hầu như làm giảm hoặc làm mất chức năng của gene hơn là làm tăng cường chức năng của gene. Về nguồn gốc, đột biến điểm được phân ra làm đột biến ngẫu nhiên (spontaneous) và đột biến cảm ứng (induced). Đột biến cảm ứng: là dạng đột biến xuất hiện với tần số đột biến tăng lên khi xử lý có mục đích bằng tác nhân đột biến hoặc tác nhân môi trường đã được biết. Đột biến ngẫu nhiên là đột biến xuất hiện khi không có sự xử lý của tác nhân đột biến. Đột biến ngẫu nhiên được tính là tỉ lệ cơ sở của đột biến và được dùng để ước chừng nguồn biến dị di truyền tự nhiên trong quần thể. Tần số đột biến ngẫu nhiên thấp nằm trong khoảng 10-5- 10-8, vì vậy đột biến cảm ứng là nguồn đột biến quan trọng cho phân tích di truyền. Tác nhân đột biến được sử dụng phổ biến là nguồn chiếu xạ năng lượng cao (high energy radiation) hoặc các hóa chất đặc biệt. Các dạng đột biến điểm: có hai dạng đột biến điểm chính trong phân tử DNA: 47 + Đột biến thay thế cặp base (base substitution) + Đột biến thêm bớt cặp base (base insertion - base delection) Các đột biến này có thể phát sinh do ảnh hưởng của môi trường như ảnh hưởng của các tác nhân gây đột biến. 1.1. Đột biến thay thế cặp base Kiểu đột biến đơn giản nhất là thay thế một base, trong đó một cặp nucleotide trong gene được thay thế bằng một cặp nucleotide khác. Ví dụ: A được thay thế bằng G trong sợi DNA. Sự thay thế này tạo ra sự cặp base G T. Ở lần sao chép tiếp theo tạo ra cặp G-C trong một phân tử DNA con và cặp A-T ở phân tử DNA con kia. Tương tự, đột biến thay thế A bằng T trên một sợi, tạo ra sự kết cặp tạm thời T-T. Kết quả sao chép tạo ra T-A trên một phân tử DNA con và A-T trên phân tử DNA con kia. Trong trường hợp hợp này, cặp base T-A là đột biến và cặp A-T không đột biến. Nếu sợi gốc DNA không đột biến có trình tự 5'-GAC-3', trên sợi đột biến có trình tự 5'-GTC-3' và sợi kia không đột biến có trình tự 5'-GAC-3'. Đột biến thay thế cặp base được chia làm hai loại: + Đột biến đồng hoán (transition mutations): Nếu một đột biến mà bazơ pyrimidine được thay thế bằng một pyrimidine và một purine thay bằng một purine. Đột biến đồng hoán có thể là: T → C hoặc C → T (Pyrimidine → pyrimidine) A → G hoặc G → A (purine → purine) Đột biến đảo hoán (Transversion): Đột biến làm thay một pyrimidine thành một purine hay một purine được thay thế bằng một pyrimidine. Các đột biến đảo hoán: T → A, T → G, C → A hoặc C → G (Pyrimidine → purine) A → T, A → C. G → T hoặc G → C (Purine → pyrimidine) Như vậy có thể có 4 thay thế kiểu đột biến đồng hoán và có đến 8 thay thế kiểu đột biến đảo hoán. Nếu các thay thế này xảy ra với ngẫu nhiên xác suất như nhau, sẽ có tỷ lệ đột biến: 1 đồng hoán : 2 đảo hoán. Tuy nhiên trong thực tế, đột biến thay thế base có xu hướng nghiêng về đột biến đồng hoán, cho nên trong số các đột biến thay thế base tự phát thì tỷ lệ xảy ra đột biến là: 2 đồng hoán : 1 đảo hoán 1.2. Đột biến thêm hoặc bớt base (base-pair addition/deletion), còn gọi là indel mutation (insertion-deletion). Trường hợp đơn giản nhất của đột biến này là thêm hoặc mất một cặp base đơn. Đôi khi đột biến làm thêm hoặc mất đồng thời nhiều cặp base. Hậu quả của đột biến điểm đến cấu trúc và sự biểu hiện của gene Đột biến điểm xuất hiện trong vùng mã hóa chuỗi polypeptide của gene (a polypetide coding part of a gene), chẳng hạn đột biến thay thế base đơn có thể gây nhiều hậu quả, nhưng tất cả đều có tác động lên mã di truyền theo 2 hướng: làm thoái hóa mã di truyền hoặc xuất hiện mã kết thúc quá trình dịch mã. Có các dạng: Đột biến đồng nghĩa (synonymous mutations): đột biến thay đổi một codon mã hóa acid amine thành codon mới mã hóa cho cùng acid amin đó. Đột biến đồng nghĩa cũng có thể xem là đột biến im lặng (silent mutations) 48 Đột biến nhầm nghĩa (missense mutations), đôi khi còn gọi là đột biến không đồng nghĩa (nonsynonymous mutations): codon mã hóa cho một acid amin này bị thay đổi thành codon mã hóa cho một acid amin khác. Đột biến vô nghĩa (nonsense mutations): codon mã hóa cho một acid amin bị thay đổi thành codon kết thúc dịch mã (translation termination/stop codon). Mức độ ảnh hưởng của đột biến nhầm nghĩa và vô nghĩa lên chuỗi polypeptide khác nhau tùy trường hợp. Nếu đột biến nhầm nghĩa thay thế một acid amin này bằng một acid amin khác tương tự về mặt hóa học, được xem là đột biến thay thế bảo thủ (conservative substitution). Sự thay đổi này hầu như ít ảnh hưởng đến cấu trúc và chức năng protein. Ngược lại, nếu thay thế bằng một acid amin khác về phương diện hóa học gọi là nonconservative substitution, hầu hết đều gây ra sự thay đổi lớn ở cấu trúc và chức năng protein. Đột biến vô nghĩa sẽ dẫn đến sự kết thúc dịch mã sớm. Vì vậy chúng gây ra hậu quả tương ứng trên chức năng protein. Nếu đột biến vô nghĩa xảy ra càng ở gần đầu 3' của khung đọc mã, kết quả ít ảnh hưởng đến protein. Tuy nhiên nhiều đột biến vô nghĩa ở vùng này vẫn tạo ra các sản phẩm hoàn toàn bị mất hoạt tính. Giống với đột biến vô nghĩa, đột biến thêm bớt base gây hậu quả trên trình tự polypetide kể từ điểm bị đột biến (hình 8.1). Trình tự trên mRNA được đọc theo từng khung gồm ba base (codon) một lúc. Mất hoặc thêm base sẽ làm thay đổi khung đọc trong quá trình dịch mã từ điểm bị đột biến cho đến kết thúc theo khung mới. Vì vậy loại đột biến này được gọi là đột biến dịch khung (frameshift mutations). Đột biến này tạo ra trình tự acid amin kể từ điểm bị đột biến cho đến kết thúc khác với trình tự acid amin gốc. Đột biến dịch khung gây ra sự mất hoàn toán cấu trúc và chức năng của protein bình thường. Trường hợp đột biến xảy ra ở trình tự điều hòa và các trình tự không mã hóa khác (hình8.1). Những phần đó của gene không trực tiếp mã hóa cho protein mà chứa nhiều điểm bám DNA chủ yếu cho protein xen vào, đó là những trình tự không nhạy cảm cho sự biểu hiện của gene hoặc cho hoạt tính của gene. Ở mức độ DNA, những điểm mất đi (docking) gồm những điểm mà RNA polymerase và những nhân tố gắn kết của nó bám vào, cũng như những điểm mà protein điều hòa phiên mã đặc trưng gắn vào. Ở mức độ RNA, những docking quan trọng thêm vào gồm điểm bám của ribosom (ribosome-binding site) trên mRNA vi khuẩn, những điểm nối đầu 5' và 3' để gắn các exon ở eukaryote và các điểm có vai trò cho điều hòa dịch mã và định vị mRNA đến vùng đặc biệt trong tế bào. Nhìn chung hậu quả chức năng của bất kì đột biến điểm nào ở vùng như thế đều phụ thuộc vào việc làm gián đoạn (hoặc tạo ra) một điểm bám. Đột biến làm gián đoạn ở những điểm đó có khả năng làm thay đổi phần biểu hiện của gene dựa vào sự thay đổi số lượng sản phẩm được biểu hiện ở một thời điểm nhất định hoặc ở một mô nhất định. hay bằng sự thay đổi phản ứng với những tín hiệu (cue) của môi trường nhất định. Ngược lại, đột biến ở một vài điểm bám có thể hoàn toàn phá hủy một giai đoạn càn cho sự biểu hiện bình thường của gene, như điểm bám của mRNA polymerase hoặc là nhân tố splicing. Vì vậy nó làm bất hoạt sản phẩm của gene hoặc ngăn cản sự hình thành sản phẩm. Cần phân biệt giữa những thay đổi xảy ra của một đột biến gene đó là sự thay đổi trình tự DNA của gene với sự thay đổi ở mức độ kiểu hình. Nhiều đột biến điểm trong triình tự không mã hóa làm ít thay đổi hoặc không thay đổi trên kiểu hình như đột biến giữa điểm bám DNA cho protein điều hòa hoặc thay đổi những điểm khác trong gene làm thay đổi chức năng của chúng. Chương 3 49 ĐẠI CƯƠNG VỀ CẤU TRÚC VÀ CHỨC NĂNG CỦA TẾ BÀO 1. Hình dạng tế bào Tế bào thường có hình dạng tương đối cố định và đặc trưng cho mỗi loại tế bào. Ví dụ: tinh trùng, tế bào trứng, tế bào thần kinh, hồng cầu .v.v.... a Hình 3.1. Hình dạng tế bào Tuy vậy có một số tế bào luôn luôn thay đổi hình dạng như amip, bạch cầu... Hình 3.2. Hình dạng tế bào amip Hình 3.3. Hình dạng tế bào máu người 50 Trong môi trường lỏng tế bào có dạng hình cầu (bạch cầu trong máu). Đa số tế bào động vật và thực vật có dạng hình khối đa giác, thường là hình khối 12 mặt; có loại phân nhánh. 2. Kích thước của tế bào Kích thước của tế bào rất khác nhau đối với các loài khác nhau. Nói chung tế bào có độ lớn trung bình vào khoảng 3-30 (m. Nhưng có những tế bào rất lớn có thể nhìn thấy, sờ mó được như trứng gà, trứng vịt... Tế bào có kích thước lớn nhất là trứng đà điểu có đường kính đạt tới 17,5 cm. Trái lại đa số tế bào vi khuẩn có kích thước từ khoảng 1-3 (m. Ngày nay người ta đã khám phá ra một loại tế bào có thể xem là nhỏ nhất đó là tế bào Mycoplasma laidlawi có đường kính 0,1 (m. (1000 Ao), chỉ lớn hơn nguyên tử Hydro 1000 lần và gần bằng kích thước của siêu vi khuẩn. Trong nó chỉ chứa khoảng 1000 hoặc chục nghìn các đại phân tử sinh học và tổng hợp vài chục các men khác nhau. Thể tích của tế bào cũng rất thay đổi ở các dạng khác nhau. Tế bào vi khuẩn có thể tích khoảng 2,5 (m3 ( micro khối). Đối với các tế bào của các mô ở người ( trừ một số tế bào thần kinh) có thể tích vào khoảng từ 200 đến 15.000 (m3. Thường thể tích của các loại tế bào là cố định và không phụ thuộc vào thể tích chung của cơ thể. Ví dụ : Tế bào thận, gan của bò, ngựa, chuột... đều có thể tích như nhau. Sự sai về kích thước của cơ quan là do số lượng tế bào chứ không phải do kích thứơc tế bào. 3. Số lượng tế bào Số lượng tế bào trong các cơ thể khác nhau thì rất khác nhau. Sinh vật đơn bào cơ thể chỉ có 1 tế bào. Các sinh vật đa bào trong cơ thể có từ vài trăm tế bào như bọn luân trùng có 400 tế bào, đến hàng tỷ tế bào. Ví dụ cơ thể người có 6.1014 tế bào. Chỉ tính riêng hồng cầu trong máu người cũng đã đạt tới 23.000 tỷ. Tuy nhiên cơ thể đa bào dù có số lượng tế bào lớn đến bao nhiêu cũng được phát triển từ 1 tế bào khởi nguyên gọi là hợp tử. 4. Các dạng tế bào và cấu trúc đại cương Trong thực tế không tồn tại một dạng tế bào chung nhất cho tất cả các cơ thể sinh vật mà tế bào phân hóa ở nhiều dạng khác nhau trong quá trình tiến hóa của sinh vật. Ngày nay nhờ kỹ thuật kính hiển vi điện tử, người ta đã xác lập được 2 dạng tổ chức tế bào: -Dạng có nhân nguyên thủy, có tổ chức còn nguyên thủy, chưa có màng nhân (procaryota). - Dạng tế bào có nhân chính thức (Eukaryota). 4.1. Cấu trúc của các tế bào nhân nguyên thủy ( procaryota) Thuộc loại tế bào nhân nguyên thủy có vi khuẩn (Bacteria) và thanh tảo (Cyanophyta). Tế bào của chúng có kích thước từ 0,5 đến 3(, thiếu màng nhân, thiếu các bào quan chính thức như lục lạp, thể lizo, phức hệ Golgi... Ở bọn này thông tin di truyền được tích trong một nhiễm sắc thể độc nhất gồm mạch xoắn kép ADN dạng vòng, NST này không chứa các protid kiềm. Thiếu bộ máy phân bào và hạch nhân. Vách tế bào bao phía ngoài màng sinh chất tạo nên cái khung cứng, vững chắc cho tế bào. Nó có nhiệm vụ bảo vệ sự tác động cơ học đến tế bào, giữ và cố định hình dạng của tế bào và quan trọng hơn cả là chống chịu các tác nhân bất lợi nhất là áp suất thẩm thấu của môi trường bên ngoài. Độ vững chắc của vách tế bào có được là nhờ các tính chất của peptidoglucan (còn gọi là murin) chỉ có ở prokaryota. Peptidoglucan được cấu tạo từ 2 loại 51 đường gắn với 1 peptid ngắn với 2 acid amin chỉ có ở vách tế bào vi khuẩn. Các đường và các peptid kết nối với nhau thành 1 đại phân tử bao toàn bộ màng tế bào. Bảng 3.1. So sánh giữa tế bào Prokaryota và Eukaryota Prokaryota Eukaryota Nhân Số lượng NST : chưa có màng bọc 1, Không có Histon Nhân có màng bọc NST > 1 có Histon Các bào quan : - Ribosom - Ty thể - Lục lạp - peroxisom - lysosom - golgi - Lưới NSC - Không bào thật 70s 0 0 0 0 0 0 0 80s có có hoặc không có có có có có hoặc không Màng tế bào: - Xellulo - Peptidoglycan 0 có có hoặc không 0 Do phản ứng nhuộm màu violet (tím) mà phân biệt được 2 loại vi khuẩn: Gram dương hấp thụ và giữ lại màu và Gram âm không nhuộm màu. Vách tế bào của các vi khuẩn Gram dương như Streptococcus rất dày, gồm peptidoglucan. Vách của tế bào Gram âm như Escherichia coli gồm 3 lớp: màng tế bào trong cùng, peptidoglucan và lớp dày ngoài cùng với lipoprotein và lipopolysaccharid tạo phức hợp lipid polysaccharid. Dưới vách tế bào là màng sinh chất bao bọc tế bào chất. Mesosome là cấu trúc do màng tế bào xếp thành nhiều nếp nhăn cuộn lõm sâu vào khối tế bào chất. Có lẽ đây là nơi gắn ADN vào màng. Trong nguyên sinh chất có vùng tương tự nhân gọi là nucleoid. Bộ gen chứa một phân tử ADN lớn, vòng tròn, trơn (nghĩa là không gắn thêm protein). Sợi ADN của tế bào prokaryota cũng mang bộ gen xếp theo đường thẳng, các gen này xác định các đặc tính di truyền của tế bào và các hoạt tính thông thường nên cũng được gọi là nhiễm sắc thể của tế bào prokaryota. Ngoài ra tế bào prokaryota còn có thể có các phân tử ADN nhỏ độc lập gọi là plasmid. Plasmid thường cũng dạng vòng tròn. 52 Các riboxom nằm rải rác trong tế bào chất chúng sẽ gắn lên mARN để tổng hợp protein. Phần lớn vi khuẩn quang hợp chứa Chlorophyl gắn với màng hay các phiến mỏng (lamellae). Một số vi khuẩn có các cấu trúc lông nhỏ gọi là tiêm mao (flagella) dùng để bơi. Tế bào procaryota phân bố khắp nơi trên quả đất. Chúng sinh trưởng rất nhanh, chu kỳ một thế hệ ngắn, đa dạng về sinh hóa và rất mềm dẻo về di truyền. 4.2. Cấu trúc đại cương của tế bào nhân thực ( Eukaryota) Tế bào của tất cả các cơ thể còn lại như: tảo, nấm, đơn bào, tế bào thực vật và động vật thuộc loại tế bào có nhân chính thức. Ở bọn này nhân được bọc trong màng nhân. Trong tế bào chất hệ thống màng rất phát triển như: mạng lưới nội chất, hệ thống Golgi, cùng các bào quan có màng như ty thể, lạp thể, thể lizoxom, ... Nhân chứa hạch nhân và NST. Nhiễm sắc thể luôn có cấu tạo gồm ADN và histon. Quá trình phân bào rất phức tạp nên cần có bộ máy phân bào. Giữa hai giói động vật và thực vật có cấu trúc tế bào vừa có những điểm giống nhau vừa có những điểm khác nhau. Bảng 3.1. So sánh giữa tế bào động vật và tế bào thực vật Tế bào động vật Tế bào thực vật . Có màng tế bào, nhân, tế bào chất . Dị dưỡng . Kích thước nhỏ (đường kính 20 (m) . Hình dạng không nhất định . Thường có khả năng chuyển động . Không có lục lạp . Không có không bào . Chất dự trữ là glycogen . Có màng tế bào, nhân, tế bào chất . Tự dưỡng . Kích thước lớn (đường kính 50 (m ) . Hình dạng ổn định . Rất ít khi chuyển động . Có lục lạp . Có không bào lớn . Dự trữ bằng hạt tinh bột . Có màng xenlulo Tế bào động vật thường không có vỏ bao ngoài, không có lục lạp, phân bào bằng sự hình thành eo thắt. Tế bào thực vật có lớp vỏ bao ngoài polysaccharid. trong tế bào chất có chứa các không bào. Bộ máy phân bào thường thiếu trung tử. Đa số tế bào thực vật có lục lạp là cơ quan chuyển hóa quang năng thành hóa năng. Sự phân chia tế bào chất thực hiện nhờ sự phát triển một vách ngăn mới chia tế bào thành 2 phần bằng nhau. Trong cơ thể động vật và thực vật các tế bào phân hóa khác nhau, phụ thuộc vào chức năng riêng của chúng. Ở các động vật đơn bào, cơ thể chỉ gồm một tế bào nhưng có nhiều cơ quan nhỏ (cơ quan tử) đảm nhiệm các chức năng khác nhau, giống như động vật đa bào. Tất cả các dạng tế bào khác nhau phản ảnh tính chất tiến hóa đa dạng của vật chất sống, cho phép tế bào thích nghi với những chức năng khác nhau, thích nghi với điều kiện sống khác nhau. 53 Hình 3.4. Cấu trúc tế bào động vật điển hình 54 Hình 3.5. Cấu trúc tế bào thực vật điển hình Tế bào sinh vật Eukaryota có hình dạng, kích thước và khối lượng khác nhau tùy thuộc khi chúng là tế bào của sinh vât đơn bào hay đa bào, tùy thuộc vào vị trí của chúng trong mô cơ thể, vào chức năng mà chúng phụ trách. Mỗi tế bào gồm có 3 phần chính : màng tế bào, bào tương, và nhân tế bào. 4.2.1 Màng tế bào Mọi TB đều được bao bọc bởi màng tế bào. Màng tế bào còn gọi là màng plasma. Về bản chất nó là một màng sinh chất giống như những màng khác bên trong tế bào. Hình hiền vi điện tử cho thấy màng tế bào là một màng mỏng, khoảng 100A0 gồm hai lớp sẫm song song kẹp giữa là một lớp nhạt. Mỗi lớp dày khoảng từ 25 đến 30 A0. Lớp nhạt là lớp phân tử kép lipit còn hai lớp sẫm là do đầu của các phân tử protein lồi ra khỏi lớp phân tử kép lipit tạo nên. 55 Hình 3.6. Mô hình cấu trúc màng sinh chất - Lớp phân tử kép lipit Gọi là lớp phân tử kép lipit vì lớp này gồm hai lớp phân tử lipit áp sát nhau, làm nên cấu trúc hình vỏ cầu bao bọc quanh tế bào mà vì vậy mà màng phân tử kép lipit được gọi là phần màng cơ bản của màng sinh chất. Màng lipit có thành phần cấu trúc và đặc tính cơ bản như sau : Về thành phần hóa học, lipit màng được chia làm hai loại : + Photpholipit + Chotesterol Tính chất chung của hai loại là mỗi phân tử đều có một đầu ưa nước và một đầu kỵ nước. Đầu ưa nước quay ra ngoài tế bào hoặc và trong tế bào để tiếp xúc với nước của môi trường hoặc của bào tương, còn đầu kỵ nước thì quay vào giữa, nơi tiếp giáp của hai phân tử lipit. Tính chất dấu đầu kỵ nước này đã làm cho 56 màng luôn luôn có xu hướng kết dính các phân tử lipit với nhau để cho đầu kỵ nước ấy khỏi tiếp xúc với nước, và lớp phân tử kép lipit còn khép kín lại tạo thành một cái túi kín để cho tất cả các đầu kỵ nước được dấu kín khỏi nước. Nhờ tính chầt này mà màng lipit có khả năng tự động khép kín, tái hợp nhanh mỗi khi bị mở ra, xé ra hay tiếp thu một bộ phận màng lipit mới vào màng. Hình 3.7. Cấu trúc phân tử phospholipid + Các photpholipit Các photpholipit nói chung rất ít tan trong nước. Thành phần lipit của đa số màng hầu như bao giờ cũng là một photpholipit, liên kết với một hàm lượng nhỏ các lipit trung tính và glycolipit. Có rất nhiều loại photpholipit chúng chiếm khoảng 55% trong thành phần lipit của màng tế bào. Bốn loại chính theo thứ tự từ nhiều đến ít là : photphatidylcholin, sphingomyelin, photphatidyl ethanolamin, photphatidyl serin. Ngoài ra còn có photphatidylinositol với tỉ lệ thành phần ít hơn. Các loại phân tử này xếp xen kẽ với nhau, từng phân tử có thể quay xung quanh chính trục của mình và đổi chỗ cho các phân tử bên cạnh hoặc cùng một lớp phân tử theo chiều ngang. Sự đổi chỗ này là thường xuyên, chúng còn có thể đổi chỗ cho nhau tại hai lớp phân tử đối diện nhau nhưng rất hiếm xảy ra so với đổi chỗ theo chiều ngang. Khi đổi chỗ sang lớp màng đối diện photpholipit phải cho phần đầu ưa nước vượt qua lớp tiếp giáp kỵ nước giữa hai lá màng cho nên cần có sự can thiệp của một hoặc một số protein màng. Chính sự vận động đổi chỗ này đã làm nên tính lỏng linh động của màng tế bào. Ngoài chức năng là thành phần chính tạo nên lớp màng cơ bản của tế bào, là thành phần chính phụ trách sự vận chuyển thụ động vật chất qua màng, các photpholipit được coi như là cơ sở để dung nạp các phân tử protein màng, các nhánh gluxit trên bề mặt màng làm cho màng có thêm nhiều chức năng có tính đặc hiệu. + Cholesterol : Màng sinh chất của Eukaryota bao giờ cũng có thêm một lipit steroit trung tính; Cholesterol. Màng Prokaryota không có cholesterol. Cholesterol là một loại phân tử lipit nằm xen kẽ các photpholipit và rải rác trong hai lớp lipit của màng. Cholesterol chiếm từ 25 đến 30% thành phần lipit màng tế bào và màng tế bào là loại màng sinh chất có tỉ lệ Cholesterol cao nhất, màng tế bào gan tỉ lệ Cholesterol còn cao 57 hơn : 40% trên lipit toàn phần. Thành phần còn lại của lipit màng là glycolipit (khoảng 18%) và acid béo kỵ nước (khoảng 2%). - Các phân tử protein màng tế bào : Màng lipit đảm nhiệm phần cấu trúc cơ bản còn các chức năng đặc hiệu của màng thì phần lớn do các phân tử protein màng đảm nhiệm. Cho đến nay người ta đã phát hiện trên 50 loại protein màng (cùng có trên một màng plasma duy nhất). Tỉ lệ P/L (protein/lipit) là xấp xỉ 1 ở màng tế bào. Một số tế bào đặc biệt thì tỉ lệ này còn cao hơn : P/L màng tế bào gan =1,4, của màng tế bào ruột P/L=4,6. +Protein xuyên màng : Gọi là xuyên màng vì phân tử protein có một phần nằm xuyên suốt màng lipit và hai phần đầu của phân tử thì thò ra hai phía bề mặt của màng. Phần xuyên suốt màng, tức phần đầu trong màng lipit là phần kỵ nước, vẫn là hình sợi nhưng có thể chỉ xuyên qua màng một lần, nhưng cũng có loại lộn vào lộn ra để xuyên qua màng nhiều lần, có khi tới 6, 7 lần. Các phần thò ra hai phía bề mặt màng đều ưa nước và nhiều loại phân tử protein màng có đầu thò về phía bào tương là nhóm cacboxyl COO- mang điện âm khiến chúng đẩy nhau và cũng vì vậy mà các phân tử protein xuyên màng tuy có di động nhưng vẫn phân bố đồng đều trong toàn bộ màng tế bào (tính chất này thay đổi khi độ pH thay đổi). Protein xuyên màng cũng có khả năng di động kiểu tịnh tiến trong màng lipit. Protein xuyên màng chiếm 70% protein màng tế bào. Về ví dụ protein xuyên màng có thể kể: -Glycophorin : một loại protein xuyên màng có phần kỵ nước xuyên màng ngắn. Chuỗi polypeptit thò ra ngoài màng có mang những nhánh oligosaccarit và cả những nhánh polysaccarit, giàu acid sialic. Glycophorin chiếm phần lớn các protein xuyên màng và là thành phần chính mang các nhánh oligosaccarit. Các oligosaccarit này tạo thành phần lớn các cacbonhydrat của bề mặt tế bào. Chuỗi polypeptit có đuôi cacboxyl ưa nước quay và trong bào tương, có thể tham gia vào việc liên kết với các protein khác bên trong màng. Các glycophorin có thể mang các tên phân tử khác nhau. Chức năng của chúng cũng đa dạng như chức năng của lớp áo tế bào.(sẽ nói rõ hơn ở phần sau) -Protein Band3 xuyên màng: loại này được nghiên cứu đầu tiên ở màng hồng cầu. Đó là một phân tử protein dài, phần kỵ nước xuyên trong màng rất dài, lộn vào lộn ra tới 6 lần. Phần thò ra trên bề mặt ngoài màng tế bào cũng liên kết với các oligosaccarit. Phần xuyên màng phụ trách vận chuyển một số anion qua màng. Phần thò vào bào tương gồm hai vùng: 58 vùng gắn với Ankyrin, một trong các loại protein thành viên của hệ lưới protein lát trong màng, và vùng gắn với các enzym phân ly glucoza và gắn với hemoglobin. Với vai trò vận chuyển anion Band3 như là một phân tử độc lập. Khi gắn với Ankyrin để níu hệ lưới protein vào màng lipit thì Band3 như là có đôi. Về protein xuyên màng ngày càng có thêm các ví dụ mà hay gặp là protein enzym vận tải. Tên của chúng phụ thuộc vào vật chất mà chúng vận tải qua màng. - Protein màng ngoại vi Loại này chiếm khoản 30% thành phầìn protein màng gặp ở mặt ngoài hoặc mặt trong tế bào. Chúng liên kết với đầu thò ra hai bên màng của các protein xuyên màng. Kiểu liên kết này được gọi là hấp phụ, không phải là liên kết cộng hóa trị mà bằng lực tĩnh điện hay bằng các liên kết kỵ nước. Lấy ví dụ ở hồng cầu: Fibronectin là protein ngoại vi, ở phía ngoài màng còn actin, spectrin, ankyrin, Band4.1 thì ở phía trong màng. Tất cả 4 protein ngoại vi này làm thành một mạng lưới protein lát bên trong màng hồng cầu bảo đảm tính bền và hình lõm hai mặt cho màng hồng cầu. Spectrin là những phân tử sợi hình xoắn và là phần sợi của lưới. Lưới gồm các mắt lưới, mỗi mắt lưới là một hình 6 cạnh. Cạnh là spectrin. Đỉnh góc có hai loại xen kẽ nhau : loại thứ nhất gồm actin và Band 4.1, loại thứ hai gồm hai phân tử ankyrin. Mỗi phân tử ankyrin liên kết với vùng gắn với ankyrin của phân tử protein xuyên màng Band3 (Band3 liên kết trực tiếp với ankyrin chỉ chiếm khoảng 20% tổng số Band3 và như vậy lưới protein làm bằng protein ngoaüi vi và níu vào màng bằng protein xuyên màng. Nhiều protein màng ngoại vi khác cũng đã được phát hiện ở phía ngoài màng, chúng tham gia cùng các oligosaccarit có mặt trong lớp áo tế bào hoặc dưới lớp áo tế bào, đõng các vai trò khác nhau. Như trên đã dẫn, Fibroneotin là một protein màng ngoại vi bám ở mặt ngoài màng tế bào. Protein này gặp ở hầu hết các động vật từ san hô cho đến người, ở các tế bào sợi. tế bào cơ trơn, tế bào nội mô... Nhờ Fibronectin mà tế bào bám dính dễ dàng với cơ chất của nó. Điều đáng chú ý là: tế bào ung thư có tiết ra protein này nhưng không giữ được nó trên bề mặt của màng tế bào: sự mất khả năng bám dính tạo điều kiện cho tế bào ung thư di cư. - Cacbonhydrat màng tế bào Cacbonhydrat có mặt ở màng tế bào dưới dạng các oligosaccarit. Các oligosaccarit gắn vào hầu hết các đầu ưa nước của các protein màng thò ra bên ngoài màng tế bào. Đầu ưa nước của khoảng 1/10 các phân tử lipit màng (lớp phân tử ngoài) cũng liên kết với các oligosaccarit. Sự liên kết với các oligosaccarit được gọi là sự glycoxyl hóa biến protein thành glycoptotein, lipit thành glycolipit. Các chuỗi cacbonhydrat thường rất quan trọng đối với sự gấp protein để tạo thành cấu trúc bậc ba và do đó chúng làm cho protein được bền và có vị trí chính xác trong tế bào. 59 Nói chung, chúng không có vai trò trong chức năng xúc tác của protein. Khi liên kết với mặt ngoài màng tế bào tại phần acid sialic của protein, phần acid này tích điện làm cho bề mặt glycoprotein của tế bào mang điện âm. Các phần tử glycoprotein đều mang điện âm nên đẩy nhau làm cho chúng không bị hòa nhập với nhau. Glycolipit cũng vậy, có phần cacbonhydrat quay ra phía ngoài tế bào cũng liên kết với một acid gọi là gangliosit cũng mang điện âm và góp phần cùng với các glycoprotein làm cho hầu hết các mặt ngoài của hầu hết tế bào mang điện tích âm. Cả 3 thành phần: lipit màng, protein xuyên màng và protein ngoại vi cùng với cacbonhydrat glycosyl hóa tạo nên một lớp bao phủ tế bào gọi là áo tế bào (cell coat). Tính chất chung là như vậy nhưng từng vùng, từng điểm một, thành phần và cấu trúc rất khác nhau tạo nên các trung tâm các ổ khác nhau phụ trách các chức năng khác nhau như nhận diện, đề kháng, truyền tin, vận tải ... Điều chú ý là protein bào tương không có glycosyl hóa. Ở vi khuẩn Eubacteria hầu như không có glycosyl hóa. Sự hình thành màng tế bào : màng chỉ được sinh ra từ màng. Màng tế bào được nhân lên mạnh nhất là trước lúc phân bào khi bào tương nhân đôi thì màng tế bào nhân đôi đủ cho hai tế bào con. Bào quan trực tiếp tổng hợp nên màng mới là lưới nội sinh chất có hạt. Màng lipit do màng lưới nội sinh chất không hạt tổng hợp, protein màng do các ribosom bám trên lưới nội sinh chất có hạt tổng hợp. Nguồn gluxit lấy từ bào tương và một phần không nhỏ do các túi gôngi cung câp thông qua các túi tiết và các túi thải chất cặn bã. Thường xuyên màng tế bào bị thu nhỏ lại vì phải lõm vào để tạo nên các túi tiết và túi thải. Để bù lại thường xuyên tế bào có các túi tiết và túi thải cặn bã, khi đã đưa hết nội dung ra ngoài rồi thì phần vỏ túi ở lại và hòa nhập vào màng tế bào. Sự hòa nhập này khá dễ dàng vì nói chung cấu tạo màng của các túi và của màng tương đối giống nhau. Ở vi khuẩn có hiện tượng màng tế bào gấp nếp và lồi ra về phía bào tương, các nếp gấp này được gọi là mesosom đôi khi được làm nơi bám của nhiễm sắc thể vi khuẩn trước lúc phân bào. Ở tảo lam tại đây có các protein tiếp nhận ánh sáng và tiến hành quá trình quang hợp, ở trong lạp thể của tế bào thực vật thì cơ chế gấp nếp của màng trong của lạp thể tạo ra lớp màng thứ 3 của lạp thể, màng thylakoit (xem lạp thể) 4.2.2. Chức năng chung của màng tế bào - Bao bọc tế bào, ranh giới giữa tế bào và môi trường - Là hàng rào cho phép vật chất qua lại màng theo hai cơ chế thụ động và chủ động - Truyền đạt thông tin bằng các tín hiệu hóa học và vật lý học - Xử lý thông tin + Nhận diện : nhận diện tế bào quen, lạ, kẻ thù + Kích thích hoặc ức chế tiếp xúc giữa các tế bào, tế bào với cơ chất Làm giá thể cho các enzym xúc tác các phản ứng sinh học các loại trên màng, cố định các chất độc dược liệu, virut, đề kháng bằng các cấu trúc trên màng. 60 Màng tế bào Prokaryota Khác nhau ở vi khuẩn gam âm và vi khuẩn gam dương. - Vi khuẩn gam âm: có hai lớp màng. Màng trong là màng tế bào phụ trách vận chuyển chủ động chính. Màng ngoài cho phép thấm các chất có trọng lượng phân tử lớn từ 1000 trở lên. Chứa protein tên là porin tạo nên các kênh vận chuyển các phân tử ấy. Ngoài ra còn liên kết với nhiều oligosaccarit và lipit. Sự liên kết này khác nhau tùy loài. -Giữa hai lớp màng là khoảng gian màng chứa peptidoglycan, các protein và oligosaccarit làm cho tế bào trở nên cứng. Khoảng gian màng này chứa các protein do tế bào tiết ra. - Peptidoglycan được cấu trúc bởi các polymer tuyến tính của disaccarit N acetyl glucosamin - N - acetylmuramic - axit. Các chuỗi này liên kết chéo với nhau bởi các peptit nhỏ chứa cả D- amino - axit và L- amino - axit thường gặp ở trong các protein Hình 3.8. Cấu trúc màng prokaryota - Vi khuẩn gam dương : vi khuẩn gam + như Bacillus polymyxa chỉ có một lớp màng plasma photpholipit, không có màng ngoài và khỏang gian màng. Peptidoglycan của chúng dày hơn ở gam âm và vi khuẩn tiết protein thẳng ra môi trường. 79 Chương 4 NHÂN TẾ BÀO Nhân (nucleus) được Braw phát hiện vào năm 1831 và được xem là thành phần bắt buộc của tất cả tế bào động vật cũng như thực vật. Ở các tế bào Prokaryota (vi khuẩn) người ta không quan sát thấy nhân. Tuy nhiên hiện nay với những phương pháp nghiên cứu sinh hóa, hiển vi điện tử và di truyền vi sinh vật đã chứng minh rằng trong các tế bào Prokaryota tồn tại phân tử ADN (acid deoxyribonucleic) nằm trong vùng “thể nhân” có cùng chức năng tương tự như nhân của Eukaryota, vì vậy thể nhân ở vi khuẩn có tên gọi là nucleoid. Như vậy ta có thể xem sự tiến hóa từ dạng ADN trần phân tán trong tế bào chất ở dạng nucleoid (Prokaryota) sang dạng ADN liên kết với histon thành các nhiễm sắc thể định khu, tách biệt bởi màng nhân ở dạng nhân (nucleus) ở Eukaryota là sự tiến hóa của bộ máy di truyền của sinh giới. Hình 4.1. Tế bào eukaryota và prokaryota 1. Hình dạng Nhân tế bào có nhiều hình dạng khác nhau: hình cầu, hình bầu dục, hình hạt đậu, hình mái chèo, hình nhiều thùy, hình chia nhánh... Hình dạng của nhân thường phụ thuộc vào hình dạng của tế bào nhưng đôi khi cũng có hình dạng khác hình dạng tế bào (bạch cầu với nhân múi, tế bào tuyến cơ của tằm hình khối vuông có nhân hình phân nhánh). Hình dạng của nhân có thể biến đổi theo tuổi của tế bào và trạng thái chức năng của chúng. Lúc tế bào hoạt động mạnh nhân trở nên lớn hơn và có dạng chia nhánh hoặc phân Hình 4.2. Hình dạng nhân một số loại tế bào 2. Kích thước thùy. Kích thước của nhân thay đổi tùy loại tế bào và phụ thuộc vào kích thước của tế bào cũng như trạng thái chức năng của tế bào. Mỗi kiểu tế bào có một tỉ lệ kích thước nhất định giữa nhân và bào tương. Sự thay đổi tỉ lệ này dẫn đến sự phân bào hay hủy hoại tế bào. Tỷ lệ giữa nhân và tế bào chất có thể biểu hiện bằng chỉ số sau đây: NP = Trong đó: 80 Vn Vc Vn − - NP: chỉ số nhân tế bào chất. - Vn: thể tích nhân. - Vc: Thể tích tế bào. 3. Số lượng Mỗi tế bào thường có một nhân. Đôi khi có nhiều hơn như tế bào gan, tế bào tuyến nước bọt của động vật có vú... Có tế bào không có nhân như hồng cầu máu ngoại vi động vật có vú. Những hồng cầu này không có chức năng sinh sản. 4. Cấu trúc và chức năng của nhân tế bào Các bộ phận chính của nhân tế bào là: màng nhân, dịch nhân, nhiễm sắc thể và hạch nhân. 4.1. Màng nhân Hình hiển vi điện tử cho thấy màng nhân là một màng kép gồm có màng nhân ngoài và màng nhân trong. Xoang được giới hạn bởi 2 màng này gọi là xoang quanh nhân. * Màng nhân ngoài: là một màng sinh chất nội bào kiểu như màng lưới nội sinh chất có hạt, nó có hạt ribosom bám ở bề mặt ngoài màng, phía bào tương. Màng ngoài của nhân có độ dày chừng 10nm. Về thành phần hóa học thì lại giống với lưới nội chất trơn nghĩa là cholesterol chiếm 10% thành phần lipit và các thành phần lipit khác gần giống như của lưới nội chất trơn. Nó kém lỏng linh động hơn màng lưới nội sinh chất có hạt. Màng nhân ngoài nối liền với màng LNSC. Về chức năng nó phụ trách việc tái tạo màng nhân, tham gia tổng hợp màng LNSC và các màng nội bào khác kể cả màng tế bào cùng với LNSC. Cách làm của nó là gửi tới nơi cần những mảnh màng mới tạm thời cuốn lại thành các túi hình cầu giống như các túi vận tải Hình 4.3. Cấu trúc nhân tế bào nội bào. 81 * Xoang quanh nhân: xoang quanh nhân dày khoảng10-20 nm. Xoang này thông với lưới LNSC có hạt và thông ra ngoài tế bào. Vật chất bên trong di chuyển theo hai chiều giữa xoang quanh nhân và LNSC có hạt. * Màng nhân trong: dày khoảng 10nm gồm có hai phần: phần màng sinh chất thì giống với màng sinh chất của màng nhân ngoài, còn phần lá màng ép bên trong màng nhân trong gọi là lamina. Lamina là một hệ lưới mỏng kết bằng 3 loại protein chính tên là: lamina A, B và C. Lamina lát trong màng nhân nhưng vẫn để chừa các lỗ màng nhân lại. Các protein lamina là nơi bám của một số các sợi Chromatin của các nhiễm săïc thể. Trong gian kỳ của sự phân bào, các nhiễm sắc thể đều bị neo lại xung quanh nhân bằng một số các sợi chromatin với lamina. * Lỗ màng nhân Ở tế bào Eukaryota màng nhân đều có lỗ ít hay nhiều. Riêng ở động vật có vú mỗi tế bào có khoảng 3000 đến 4000 lỗ màng nhân tức khoảng 11 lỗ trên 1∝m2. Lỗ có cấu trúc phức tạp, gồm thành lỗ hình ống bằng màng sinh chất nối liền màng nhân ngoài và màng nhân trong xung quanh miệng lỗ cũng như xung quanh đáy lỗ có gắn 8 hạt protein lớn cách đều nhau. Ở lưng chừng thành lỗ cũng có gắn 8 hạt protein. Ba vòng hạt protein có hình chiếu trùng nhau. Hình 4.4. Cấu trúc lỗ màng nhân Một số loài sinh vật, lỗ màng nhân có thêm một phân tử protein nằm giữa lỗ gọi là nút lỗ màng. Tất cả hệ thống protein thuộc lỗ màng nhân điều khiển việc qua lại của vật chất qua lỗ màng. Các chất hòa tan trong nước qua lại màng dễ dàng. Lỗ màng rộng 9nm dài 15nm nên các chất có kích thước lớn, hoặc lớn hơn 9nm qua lại màng phải theo cơ chế chủ động, có sự can thiệp của các protein lỗ màng và cả sự biến dạng của protein muốn qua màng nhân. Qua lại màng nhân chủ yếu là các ARN (ra), các ADN polymerase (vào), các phân đơn vị của ribosom (ra) các histon và các protein của ribosom (vào). * Sự hình thành và biến mất của màng nhân: Màng nhân được nhân đôi lúc phân bào, do chính màng nhân cũ tạo nên, có sự tham gia của LNSC có hạt, LNSC trơn và bào tương. Khi sắp bước vào kỳ giữa của sự phân bào thì màng nhân biến mất. Biến mất có nghĩa là vỡ vụn ra từng mảnh và cuốn lại thành hình túi cầu và phân tán trong bào tương. Các laminin thì rời ra, giáng cấp thành monomer và phân tán trong bào tương. Khi màng nhân xuất hiện có nghĩa là các túi cầu này hợp lại, các laminin polymer hóa trở lại để tái tạo thành hai màng nhân cho hai tế bào con. Điều chú ý là khi có tín hiệu giải thể màng nhân thì đồng thời tất cả các hiện tượng cắt tách và hòa nhập các phần khác của tế bào cũng dừng lại. 82 4.2 Dịch nhân Dịch nhân chứa nguyên liệu và enzym xúc tác các quá trình nhân đôi ADN, sao mã và một số quá trình khác xảy ra trong nhân. Gần đây người ta phát hiện được sự có mặt của một hệ thống các sợi protein các loại trong số đó có actin. Hệ thống này được gọi là khung xương của nhân. Một số bộ phận của khung xương thì neo với lamina. một số bộ phận khác thì liên kết với các vùng nhất định của chromatin. Rất có thể khung xương cùng với lamina tạo thành một phức hợp có khả năng điều chỉnh sự biểu hiện của gen và chuyển các ARN ra bào tương. Phức hợp điều chỉnh này có thể liên hệ chức năng với khung xương của bào tương và cả với màng tế bào. 4.3 Nhiễm sắc thể Các nhiễm sắc thể của Eukaryota có cấu trúc phức tạp mang thông tin di truyền của tế bào và của cả cá thể sinh vật. * Cấu trúc vi thể: hình dạng vi thể của nhiễm sắc thể tức là hình dạng được quan sát ở kính hiển vi quang học. Thường nhiễm sắc thể được quan sát và ứng dụng lúc chúng ở gian kỳ, kỳ giữa và đôi khi ở kỳ sau của sự phân bào. - Ở gian kỳ nhân cho thấy các hạt bắt màu phẩm nhuộm nhân hình lấm tấm gọi là hạt nhiễm sắc. Hạt thấy lớn hơn gọi là khối nhiếm sắc. Nếu thấy các sợi dài mảnh thì gọi là sợi nhiễm sắc, thấy chằng chịt như mạng lưới gọi là lưới nhiễm sắc. - Ở kỳ giữa : nhiễm sắc thể co ngắn nhất, rõ nhất , ở dạng gồm hai nhiễm sắc tử (dạng kép). Ở người nhiễm sắc thể ở kỳ giữa có các dạng sau đây: + Nhiễm sắc thể tâm giữa: gọi là tâm giữa vì nhiễm sắc thể nào cũng có một phần tâm chia nhiễm sắc thể (đơn) ra làm hai nhánh, nhánh ngắn xếp trên ký hiệu là p và nhánh dài xếp dưới ký hiệu là q. . Khi p = q thì gọi là tâm giữa. Hình 4.5. Nhiễm sắc thể . Khi p < q hơi ngắn hơn thì gọi là nhiễm sắc thể tâm gần giữa. . Khi p = 0 (p rất ngắn không đáng kể) thì gọi là nhiễm sắc thể tâm đầu. . Đôi khi nối tiếp với p của nhiễm sắc thể tâm đầu có thêm các núm hình cầu nhỏ gọi là vệ tinh ký hiệu là S. . Ngoài ra các nhiễm sắc thể dạng kép còn có một bộ phận gọi là tâm động (Kinetochore), một cấu trúc 3 lớp hình lòng máng ngắn vừa ôm lấy phần tâm (centromere) từ hai bên tâm động thấy xuất hiện sợi thoi vô sắc nối liền với sợi thoi vô sắc từ trung thể lúc phân bào. 83 * Số lượng nhiễm sắc thể: tế bào Eukaryota có hai nhiễm sắc thể tức là có hai bộ giống nhau, mỗi bộ gồm n nhiễm sắc thể khác nhau. Số n khẳng định với loài nhưng khác nhau tùy loài. Ở người 2n = 46 = 23 x 2. Trong 23 nhiễm sắc thể có 22 nhiễm sắc thể thường và một nhiễm sắc thể giới. Ở nam giới nhiễm sắc thể giới có hai loại, nhiễm sắc thể X và nhiễm sắc thể Y và được gọi là dị giao tử ( giao tử mang Y và giao tử mang X). Ở nữ giới chỉ có một loại nhiễm sắc thể giới là X và do đó chỉ có một loại giao tử mang X. Ở người thì dị giao tử là dị giao tử đực, khác với một số loài vật dị giao tử lại thuộc về con cái và gọi là dị giao tử cái. * Cấu trúc siêu vi thể của nhiễm sắc thể. Nhờ thành tựu của J.R.Paulson và U.K.Laemmli, năm 1977 nhiễm sắc thể ở kích thước hiển vi cho thấy, ở kỳ giữa nhiễm sắc thể người bao gồm một lõi khung protein không phải là histon, xung quanh lõi khung chi chít những sợi chromatin và vì ở Hình 4.6. Karyotyp nhiễm sắc thể người kỳ giữa nên nhiễm sắc thể ở dạng kép, có hình chữ X nên cũng có hình chữ X, ở trên một nhiễm sắc tử người ta tin rằng chỉ có một sợi chromatin duy nhất, liên tục mặc dù trên suốt chiều dài của lõi khung protein thấy vô số các vòng sợi chromatin dính vào lõi khung. Các vòng này không riêng rẽ, mỗi vòng dài từ 10 đến 90 Kilobazơ. Các đầu mút của vòng (ranh giới của hai vòng) bám vào lõi khung protein. Cấu trúc của sợi chromatin: sợi chromatin khi làm duỗi tối đa ra và quan sát với kính hiển vi điện tử thấy sợi có dạng một chuỗi hạt, hạt xếp đều đặn theo chiều dài của một sợi mảnh. Đường kính của chuỗi hạt bằng khoảng 10nm. Dạng cuộn xoắn cấp thấp nhất tạo thành một sợi có đường kính bằng 30 nm. Sợi chromatin lại xoắn tiếp ở cấp cao hơn tạo thành các búi sợi hình múi gọi là múi vi thể chromatin bám xung quanh trục của nhiễm sắc thể. Cấu trúc trên đây của nhiễm sắc thể là của nhiễm sắc thể kỳ giữa và cũng là cấu trúc của nhiễm sắc thể khi phân bào nói chung. Vấn đề là ở gian kỳ nhiễm sắc thể tồn tại như thế nào. Giả thuyết có nhiều nhưng giả thuyết của Laemmli được quan tâm nhiều nhất. Laemmli cho rằng lúc gian kỳ sợi chromatin vẫn bám vào protein của lõi khung phân tán trong dịch nhân. Sợi chromatin một mặt giữ mối liên hệ với protein khung, vào kỳ đầu phân bào, các mối nối với lamina đứt ra, lõi khung được tái lập và nhiễm sắc thể trở lại dạng điển hình để đi vào phân bào. 84 Trong gian kỳ khi nhiễm sắc thể bị giải thể, tuy phân tán trong nhân nhưng mỗi nhiễm sắc thể (dạng giải thể) có vị trí nhất định của mình trong nhân chứ không phải phân tán ngẫu nhiên. Thành phần hóa học của sợi chromatin: sợi chromatin làm bằng ADN, với vai trò chứa thông tin di truyền, các protein histon liên kết với ADN, các protein HMG không liên kết thường xuyên với ADN. Các loại protein trên chiếm phần đa số, còn một loại nữa chiếm phần thiểu số là các protein enzym, protein cấu trúc và có thể có cả protein điều chỉnh và tương tác với protein. Các loại này có số lượng phân tử của mỗi loại không nhiều, vài ba bản sao. Hình 4.7. Cấu trúc nhiễm sắc thể 85 Sau đây là một số chi tiết về thành phần cấu trúc không gian của các thành viên trong sợi chromatin. Như đã biết, sợi chromatin có hình một chuỗi hạt, sợi là sợi ADN, hạt là hạt histon xung quanh có cuộn ADN. ADN là sợi kép có một phần tự do và một phần là liên kết với histon. Phần ADN liên kết với các histon tạo thành hạt, hạt ấy được gọi tên là nucleosom. Phần tự do và phần cuộn của ADN trong phạm vi một nucleosom là một chu kỳ, chu kỳ dài khoảng 220 đôi bazơ. Phần cuộn gồm xấp xỉ hai vòng dài 140 đôi bazơ. Sợi ADN khi duỗi Sau đây là một số chi tiết về thành phần cấu trúc không gian của các thành viên trong sợi chromatin. Như đã biết, sợi chromatin có hình một chuỗi hạt, sợi là sợi ADN, hạt là hạt histon xung quanh có cuộn ADN. ADN là sợi kép có một phần tự do và một phần là liên kết với histon. Phần ADN liên kết với các histon tạo thành hạt, hạt ấy được gọi tên là nucleosom. Phần tự do và phần cuộn của ADN trong phạm vi một nucleosom là một chu kỳ, chu kỳ dài khoảng 220 đôi bazơ. Phần cuộn gồm xấp xỉ hai vòng dài 140 đôi bazơ. Sợi ADN khi duỗi khi xoắn, có một loại histon tham gia vào việc cố định và giải phóng vòng xoắn, nằm phía ngoài các nucleosom, bên bờ của vòng xoắn, histon đó có tên là H1 ở động vật có vú, ở chim (hồng cầu chim) nó hơi khác một chút và có tên là H5 Khi tế bào nghỉ tức không phân bào thì thấy vắng mặt H1 mà lại thấy một histon khác : H1o. Rất có thể H1o là một biến thể của H1. Nucleosom gồm có một hạt histon và ADN cuộn xung quanh. Phần ADN đã nói ở trên, hạt tâm histon là một cái đĩa dày, hai mặt lồi làm bằng 8 phân tử histon, tức là các protein kiềm: 2H2A, 2H2B giàu lysin, 2H3 và 2H4 giàu Arginin. 8 phân tử này lại vừa xếp ngang lại vừa xếp dọc tạo thành một hình đĩa. ADN cuộn quanh đĩa. Ngoài ra còn có thêm một ít protein không histon như đã nói ở trên. Mối tương tác giữa ADN và histon chủ yếu thực hiện với H3 và H4. Hai loại có tính bảo thủ cao nhất trong số các histon. Có những biến đổi hóa học của histon khi gen hoạt động. Có thể coi là vai trò can thiệp, thúc đẩy hoặc điều chỉnh sự hoạt động của gen, góp phần cùng với các thành phần điều chỉnh khác. Về các HMG: HMG là chữ viết tắt của “High mobility Group” có nghĩa là nhóm cơ động cao (cơ động là cơ động trên bản kéo điện di). HMG có mặt ở tất cả các Eukaryota . Có 4 loại HMG1, HMG2 , HMG14, HMG17. Chúng vừa tương tác với histon vừa với ADN. HMG1 và HMG2 lúc gian kỳ thấy có mặt ở bào tương, còn hai loại kia thì luôn luôn ở trong nhân. Mỗi nucleosom có hai vị trí bám cho các protein HMG. Sự hình thành sợi chromatin: sợi chromatin hình thành trong pha S của sự phân bào, từ bào tương đi ngay vào nhân để cùng với ADN mới tạo nên sợi chromatin. Khi nhiễm sắc thể hình thành, sợi chromatin xoắn lại theo nhiếu cấp (và luôn luôn chỉ xoắn với riêng mình) để cuối cùng tạo nên những hình múi xoắn (múi vi thể chromatin) quanh lõi khung protein. Chức năng của sợi chromatin: sợi chromatin mang ADN nhưng không phải tất cả ADN đều sao mã mà có những đoạn sao mã, đoạn không , xen kẽ với nhau. Trong môñt gen cũng có thể có những đoạn không sao mã xen kẽ. Các đọan ấy được gọi là vùng trắng hay intron. Vùng có sao mã gọi là exon. Sản phẩm sao mã bao gồm cả intron và exon được gọi là ARN tiền thân, phải trải qua sự “ghép exon” (splicing) để dịch mã ra protein... Ghép exon có nhiều kiểu: - Kiểu chùn intron lại thành vòng tạo điều kiện cho hai đầu exon gần nhau nhất nối với nhau ( chỗ chùn ấy tạo nên một thể gọi là thể ghép exon(spliceosom). 86 - Có loài sinh vật có kiểu ghép exon khác, các intron bị cắt bỏ, các exon nối lại với nhau theo trình tự của gen tức ghép exon cùng gen (cis-splicing). Sự ghép exon cùng gen có thể có sự có mặt của các protein tác động nhưng cũng có thể không có protein tác động, loại không có protein tác động gọi là “ghép tự động exon” (autosplicing). Mới đây người ta phát hiện thấy ở loài trypanosoma có hiện tượng ghép exon khác gen (trans-splicing) tức là ghép exon của gen này với exon của gen khác tạo nên một gen mới. Tuy nhiên những hiểu biết về intron và exon còn chưa đầy đủ, có một intron của qúa trình sao mã này lại trở thành exon của quá trình sao mã khác. Có tác giả thì gọi exon là phần mã hóa cho cả mARN, tARN và rARN, có tác giả khác thì chỉ dành cho nó việc mã hóa ra mARN mà thôi. Ngày nay có xu hướng gọi chi tiết hơn: exon là tên chung chỉ có phần sao mã, nhưng có phần của exon chỉ sao mã mà không dịch mã. 4.4. Hạch nhân Hạch nhân là một thể cầu không tồn tại liên tục trong nhân tế bào. Nó là một hình ảnh tạm thời, một đội hình làm việc của một số nhiễm sắc thể trong tế bào. Tế bào người có một hạch nhân, nó bắt màu đậm hơn phần còn lại của nhân. Hạch nhân của tế bào người do 10 nhiễm sắc thể tâm đầu (các đôi 13, 14, 15, 21 và 22) chụm đầu lại tạo thành. Phần đầu của các nhiễm sắc thể tâm đầu (có vệ tinh hoặc không) được gọi là vùng tổ chức hạch nhân, ký hiệu quốc tế lấy từ tiếng Anh là NOR (nucleolus oligosaccaritrganization regions) các NOR chụm lại và hình thành nên hạch nhân. Chúng chuyên chứa các gen tổng hợp nên rARN cho ribosom ( ở người còn có một gen 5S tổng hợp rARN 5S nằm ở phần cuối nhánh dài của nhiễm sắc thể số 1, không tập trung tại hạch nhân) và cũng tại hạch nhân các protein ribosom từ bào tương đi vào gặp các rARN mới tạo, ghép lại với nhau để tạo nên các phân đơn vị nhỏ và lớn của ribosom. Rồi các phân đơn vị này cứ thế đi luồn qua lỗ màng nhân để ra bào tương. Với sự hình thành và chức năng trên đây của hạch nhân thì việc hạch nhân biến mất lúc các nhiễm sắc thể phải về tập trung ở mặt phẳng xích đạo của kỳ giữa là hoàn toàn hợp lý. Khi đã phân bào xong, tế bào trở lại làm việc thì dĩ nhiên hạch nhân sẽ lại xuất hiện. 4.5. Chức năng chung của nhân tế bào - Nhân tế bào chứa đựng vật liệu thông tin di truyền, quyết định tính di truyền của tế bào và của cá thể. - Điều hòa và điều khiển các hoạt động sống của tế bào. Theo quan điểm sinh học hiện đại nhân là trung tâm điều hòa và điều khiển các quá trình sinh tổng hợp protein xảy ra trong tế bào chất. Tế bào chất chỉ có vai trò tạo điều kiện cho vật liệu di truyền thực hiện chức năng của mình. Khi bào tương và rộng ra cả môi trường tác động không bình thường làm thay đổi vật liệu di truyền thì đó lại là chuyện khác. ADN có trong bào tương, tự do hay trong bào quan có chức năng riêng của chúng. 87 Chương 5 SỰ TRAO ĐỔI VẬT CHẤT GIỮA TẾ BÀO VÀ MÔI TRƯỜNG Màng tế bào đóng vai trò vận chuyển vật chất ra vào tế bào, tiếp nhận và truyền đạt thông tin từ ngoài vào, duy trì một môi trường riêng cho tế bào so với môi trường. Màng bào quan thì duy trì một môi trường riêng cho bào quan so với bào tương. Sự vận chuyển qua màng tế bào được chia làm hai loại lớn: VẬN CHUYỂN VÀ ẨM THỰC BÀO Hình 5.1. Sơ đồ vận chuyển vật chất qua màng 1. Vận chuyển thấm Bao gồm vận chuyển thụ động, vận chuyển có trung gian và vận chuyển chủ động. 1.1 Vận chuyển thụ động - còn gọi là khuếch tán đơn thuần Một số vật chất có phân tử nhỏ hòa tan trong nước, hòa vào lớp lipit kép của màng, đi qua nó rồi hòa với dung dịch nước ở phía bên kia màng. Quá trình này có rất ít sự đặc hiệu. Ví dụ về loại chất này là ethanol. Một số khí như oxy và CO2 cũng khuếch tán đơn thuần. 1.1.1 Đặc điểm của vận chuyển thụ động - Chất vận chuyển không bị biến đổi hóa học - Chất ấy không kết hợp với một số chất khác - Vận chuyển không cần năng lượng - Phụ thuộc vào gradient nồng độ hay điện thế (bên cao chuyển sang bên thấp) - Vận chuyển là hai chiều, cân bằng giữa trong và ngoài tế bào 1.1.2 Điều kiện ảnh hưởng đến sự khuếch tán - Độ lớn của chất (càng lớn qua càng chậm) - Độ hòa tan các chất trong lipit (càng dễ hòa tan, càng dễ qua như alcol, aldehyt, glycerol, các thuốc gây mê, ...) 88 - Gradient nồng độ : + Môi trường nhược trương: nồng độ chất hòa tan trong môi trường thấp hơn trong tế bào: tế bào trong đó (động vật) sẽ bị trương bào rồi tan bào. + Môi trường ưu trương: nồng độ chất hòa tan trong môi trường cao hơn trong tế bào: tế bào trong đó (động vật) sẽ bị teo và nếu là thực vật sẽ bị co nguyên sinh. + Môi trường đẳng trương: nồng độ chất hòa tan ở hai phía màng bằng nhau, môi trường này còn gọi là môi trường sinh lý hợp với sự sống của tế bào. Nồng độ chất đối với mỗi loại tế bào động vật và thực vật có khác nhau. - Phụ thuộc vào tính ion hóa của phân tử : + Ion hóa trị 1 dễ qua màng hơn ion hóa trị 2 + Ion bị bao thêm nước trở nên to và khó qua. - Nhiệt độ tăng vừa phải thì kích thích sự thấm qua màng (khi tăng 100C thì tính thấm tăng 1,4 lần). - Nhu cầu hoạt động cũng làm tăng tính thấm : khi cơ hoạt động thì glucose và axit amin đi vào. Khi cơ duỗi thì không. - Phụ thuộc vào tác động tương hỗ của các chất: + Ca++ liên kết với nước thì giảm thấm + Glyxeryn khi có thuốc mê thì tăng thấm. Hình 5.2. Sự khuếch tán đơn thuần 1.2 Vận chuyển có trung gian Loại vận chuyển này vẫn gọi là vận chuyển thụ động nhưng có nhờ một protein xuyên màng trợ giúp cho đi qua. Nói một cách chặt chẽ thì loại này đã có tính chất chủ động một phần, có thể coi nó là loại chuyển tiếp giữa thụ động và chủ động. 1.2.1.Đặc điểm : - Phải có một protein màng tiếp nhận và làm vận tải viên. - Không cần năng lượng của tế bào. - Cũng theo gradient nồng độ. - Có thể thuận nghịch. 89 1.2.2. Vận chuyển glucose qua màng hồng cầu Vận tải viên là một protein xuyên màng gọi là permease (chiếm 2% tổng protein màng hồng cầu). Gọi cả chữ là glucose- permease. Glucose chính xác là D-glucose (vì các đường đơn của sinh vật đều là quay phải “D” trừ một vài ngoại lệ, đường L-glucose không vào được) liên kết tạm thời với permease, permease biến dạng và đẩy glucose vào hồng cầu. Năng lượng dùng cho vận chuyển không phải là của tế bào mà là từ gradient hóa học của glucose. Sự vận chuyển glucose là hai chiều nhưng vì khi glucose vào đến bào tương là photphoryl hóa để chuyển ngay thành glucose 6-photphat nên không ra được, một số ít phân tử glucose còn lại tạo nên một môi trường nội bào nhược trương về glucose để thu hút thêm glucose vào tiếp. (Một số anion như Cl- và HCO3- cũng được vận chuyển có trung gian) Permease còn đưa cả một số đường đơn quay phải “D” khác không phải là glucose, tần suất có thấp hơn so với tần suất đưa glucose, vì thế mà permease mang cái tên chung hơn : D-hexose permease. 1.2.3. Vận chuyển một số anion qua màng: Các ion Cl và HCO3-cũng vào màng hồng cầu nhờ vận tải viên protein tên là Band3, 1 protein xuyên màng có nhiều chức năng trong đó có việc vận chuyển Cl và HCO3-. Band3 xúc tác việc trao đổi: 1 đổi 1 anion qua màng, có nghĩa là đưa một HCO3-vào thì đưa 1 Cl ra và ngược lại như là để luôn giữ mối cân bằng về điện trong tế bào. Band3 không cho phép các anion vượt qua màng chỉ một chiều. Các phân tử cần vận chuyển Chất mang Kênh Vận chuyển không cần chất mang Vận chuyển cần chất mang 1.3 Vận chuyển chủ động qua màng Hình 5.3. Vận chuyển thụ động Loại này thực hiện hoàn toàn theo yêu cầu của tế bào. 1.3.1 Đặc điểm - Nhất thiết phải có không gian protein vận tải, còn gọi là vận tải viên, hoặc cái bơm của tế bào. - Cần tiêu năng lượng - Có thể đi ngược gradient nồng độ hoặc điện thế. -Thường chỉ theo một chiều. Chất mang 1.3.2. Một vài ví dụ 90 Ion cần vận chuyển Năng lượng Vận chuyển hai chiều Hình 5.4. Vận chuyển chủ động - Cái bơm K+Na+ : vận tải viên tên là K+Na+ ATPaza. Hồng cầu cũng như hầu hết tế bào động vật có yêu cầu K+cao và Na+thấp hơn so với môi trường cho nên thường xuyên có sự bơm Na+ ra và K+ vào. Nồng độ Na+nội bào thấp hơn nhiều so với ngoại bào, còn K+nội bào cao hơn ngoại bào (10-20 lần). Sự chênh lệch này được duy trì thường xuyên bởi phức hợp protein gọi là bơm Na+/K+- ATPaza nằm trên màng bào tương. Ðây là protein xuyên màng có tâm gắn K+ phía ngoại bào và các tâm gắn Na+ phía nội bào , tâm ATPaza phía nội bào. Mỗi ATP bị phân hủy bơm được 3 Na+ra và 2 K+vào. Quá trình bơm Na+/ K+ngược chiều gradient nồng độ và thủy phân ATP luôn luôn song hành với nhau, và có thể bị ức chế bởi ouabain khi hoá chất này có mặt ở dịch ngoại bào. - Ví dụ thứ hai là cái bơm Ca++: caí bơm này là Ca++ATPaza chúng ta đã gặp ở lưới nội sinh chất. Nó là protein màng của lưới nội sinh chất trên màng của tế bào cơ và trên Hình 5.5. Bơm K+ Na + màng của tế bào hồng cầu. Ở hồng cầu nó đẩy Ca++ ra khỏi hồng cầu. Ở tế bào cơ nó bơm Ca++ vào lưới nội sinh chất thì cơ duỗi, khi bơm trả lại Ca++ cho bào tương cơ thì cơ co. Ca++ATPaza cần Mg++ để hoạt động. - Ví dụ thứ ba là cái bơm protein (H+): tên nó là hệ thống vận chuyển proton phụ thuộc ATP. Gặp ở màng tiêu thể phụ trách việc duy trì độ pH axit của tiêu thể bằng cách bơm H+vào tiêu thể. Gặp màng thylacoit của lục lạp phụ trách tạo một gradient điện hóa giữa hai phía của màng thylacoit do sự chênh lệch lớn về ion H+. 91 Ðây là protein tải vận chuyển tích cực H+ qua màng kèm theo thủy phân ATP. Bơm H+ tham gia vào việc duy trì môi trường acid trong các tiêu thể nhờ vận chuyển liên tục H+từ dịch bào tương qua màng tiêu thể. Nó cũng có mặt trên màng bào tương và vận chuyển H+từ bào tương ra khoang gian bào, nhờ vậy, dù tế bào trong khi trao đổi chất luôn sinh ra acid (CO2, acid lactic...) nhưng vẫn duy trì được pH trung tính. Màng tế bào dạ dày tiết acid chlohydric đặc biệt có bơm H+ rất hoạt động. 1.3.3. Sự vận chuyển ion và ý nghĩa sinh học của nó: Bơm H+đưa H+vào ti thể hay vào khoang túi của lục lạp làm cho môi trường bên trong chúng có độ pH thấp (=5). Điện tích ion ở hai bên màng có sự phân cực về điện. Điện tích ion bào tương khác với điện tích ion môi trường làm cho giữa hai bề mặt của màng có một hiệu số điện thế. Khi không có kích thích thì điện thế này ở trạng thái nghỉ tức là âm và bằng mấy chục mV (tế bào thần kinh :-70 mV, cơ vân: -90 mV, cơ trơn :-50 mV). Sự kích thích bằng hóa lý có thể mở đường cho ion ra vào ồ ạt làm mất trạng thái nghỉ, sang trạng thái có thế năng mạnh. Các hiện tượng này làm cơ sở cho sự hình thành các luồng thần kinh và sự co cơ.(Trong phạm vi một bài về vận chuyển chưa đề cập đến từng vai trò của từng loại lớn) Gradient Na+ cung cấp năng lượng cho vận chuyển chất khác: Trong tế bào, nồng độ Na+thấp hơn nhiều so với ngoài tế bào. Gradient Na+(gradient điện hoá) như một nguồn thế năng vận chuyển một số phân tử và ion khác nhau nhờ hiệp vận: Na+xuôi chiều gradient (từ ngoài vào bào tương) kèm theo vận chuyển một chất khác ngược chiều gradient của chất đó. Chẳng hạn glucose từ khoang ruột được hấp thu vào tế bào nhờ cơ chế đồng vận với Na+, trong đó cả Na+và glucose được vận chuyển từ ngoài vào trong qua một protein tải. Trường hợp tế bào cơ tim vận chuyển Ca++ ngược chiều gradient từ bào tương ra gian bào và vào lưới nội cơ tương dựa trên đối vận với Na+chạy xuôi chiều gradient: Ca++ và Na+ chạy ngược chiều nhau qua cùng một protein tải nằm trên màng bào tương hoặc màng lưới nội cơ tương. - Tổn thương tế bào do rối loạn vận chuyển tích cực: Tế bào sống luôn vận chuyển tích cực để duy trì các gradient nồng độ qua màng. Trong điều kiện thiếu năng lượng, chẳng hạn thiếu oxy, ty thể không sản xuất đầy đủ ATP, bơm ATPaza ngưng hoạt động dẫn đến tổn thương và chết tế bào: - Bơm Na+/K+ngưng hoạt động, Na+xuôi chiều gradient lọt vào tế bào, điện tích âm giảm đi, màng bào tương bị khử cực, Cl dễ dàng lọt vào tế bào. Nồng độ muối bào tương tăng lên, làm tăng áp lực thẩm thấu, hút nước từ ngoài vào, tế bào trương nở, thậm chí có thể vỡ. - Bơm H+ngưng hoạt động làm cho bào tương bị axit hoá (pH giảm) trong khi pH tiêu thể tăng lên. Enzym trong tiêu thể có thể lọt ra bào tương gây phá hủy tế bào v.v.... Các tế bào tiêu thụ nhiều ATP như cơ tim và não lại càng nhạy cảm với các rối loạn thiếu oxy. Thiếu oxy nặng (vài chục phút) có thể gây ra những ổ hoại tử trong cơ tim hay não (nhồi máu). 2. Ẩm thực bào Là hình thức vận chuyển có sử dụng những túi làm bằng màng sinh chất. Có 4 hình thức: ẩm bào (pinocytosys), nội thực bào (endocytosys), thực bào (phagocytosys) và ngoại tiết bào (exocytosys). 92 Hình 5.6. Sự nhập bào Nhập bào là quá trình vận chuyển từ gian bào vào bào tương, trong đó khối vật chất sau khi vào bào tương vẫn được ngăn cách bằng một lớp màng: khối vật chất được cách li nhờ sự dính màng giữa hai lớp lipid phía ngoại bào, sau đó được chuyển hẳn vào bào tương. Có hai kiểu nhập bào: ẩm bào và thực bào. Ẩm bào có thể thấy ở hầu hết các tế bào, trong khi thực bào chỉ xảy ra ở một số loại tế bào. 2.1. Ẩm bào Là sự tiếp thu không đặc hiệu các chất hòa tan trong dịch ngoại bào. Màng bào tương lõm xuống thành một cấu trúc gọi là lõm mặc áo (coated pit), sau đó bứt vào bên trong nhờ kết hợp màng, tạo thành nang mặc áo (coated vesicle). Lõm và nang mặc áo có kích thước chừng 150 nm. Phía dưới màng có một lớp lưới protein clathrin. Chính lưới này tạo ra lực kéo màng bào tương lõm xuống và xảy ra kết hợp màng. Hình 5.7. Tạo lõm mặc áo trong quá trình ẩm bào Lõm mặc áo chỉ tồn tại khoảng một phút, còn nang mặc áo chỉ trong vài giây. Ẩm bào là cách mà tế bào liên tục hấp thu vật chất từ dịch ngoại bào. Mỗi phút, một nguyên bào sợi nuôi cấy có thể nuốt vào đến 2500 nang. Như vậy, màng ngoại bào bị liên tục chuyển thành màng nội bào và có một quá trình ngược lại (xuất bào) để cân bằng. 2.2. Nội thực bào Giống ẩm bào ở chỗ màng cũng bao lấy mồi tạo thành túi để đưa mồi vào bào tương. Khác ẩm bào ở chỗ mồi là đặc hiệu, phải có ổ tiếp nhận (receptor) nhận diện mồi. 93 Hình 5.8. Quá trình ẩm bào 2.3. Thực bào Thực bào là một dạng nhập bào đặc biệt, trong đó những hạt khá lớn về kích thước (vi sinh vật, mảnh xác tế bào...) được chuyển vào bên trong bào tương qua cơ chế giả túc và nhập màng. Chỉ có hai loại tế bào thực hiện được chức năng này là đại thực bào và bạch cầu hạt trung tính. Ðại thực bào lưu thông trong máu hoặc tập trung ở một số cơ quan hàng rào ngăn chặn vi sinh vật xâm nhập. Trong gan, tập trung tạo thành những cấu trúc hình ống, dòng máu chảy qua ống sẽ được lọc khỏi các hạt lạ. Hình 5.9. Thực bào Thực bào được thực hiện với các hạt có kích thước lớn (250 nm hoặc hơn nữa). Trước hết, các kháng nguyên trên bề mặt của hạt được gắn với kháng thể tương ứng. Hạt kích thước lớn được rất nhiều kháng thể bao bọc xung quanh. Mỗi kháng thể (immunoglobulin) đều chứa đầu biến động và đuôi hằng định (chuỗi Fc). Kháng thể nhận biết và gắn với kháng nguyên thông qua đầu biến động. Chuỗi Fc không tham gia tương tác với kháng nguyên nên ở trạng 94 thái tự do và hướng ra phía ngoài phức hợp kháng nguyên-kháng thể. Sau đó Fc tương tác với thụ thể tương ứng (thụ thể Fc) trên bề mặt đại thực bào hoặc bạch cầu hạt trung tính. Tương tác Fc-thụ thể có thể bắt đầu từ một điểm tiếp xúc giữa hạt với màng, sau đó lan rộng ra và bao trùm hết bề mặt của hạt. Màng bào tương cùng với dịch bào tương vươn ra và bao trùm toàn bộ bề mặt của hạt lạ được gọi là giả túc, hiện tượng tạo thành giả túc còn được gọi một cách hình ảnh là cơ chế khuy kéo màng (membrane-zippering mechanism). Ngoài vai trò của Fc-thụ thể theo cơ chế khuy kéo, trong sự chuyển động của màng bào tương để tạo thành giả túc còn có vai trò của mạng lưới protein sợi actin nằm phía dưới màng. Ngoài actin, clathrin cũng được tìm thấy có nhiều trong giả túc. Tuy nhiên vai trò của clathrin trong chuyển động giả túc chưa được sáng tỏ. Các hạt được thực bào thành túi thực bào (phagosom). Túi này nhập với tiêu thể tạo thành tiêu thể thứ cấp (không bào tiêu hoá). Bên trong tiêu thể thứ cấp các hạt được tiêu hoá, chất hoà tan được chuyển vào dịch bào tương. Màng của không bào tiêu hoá cũng tách ra các túi vận chuyển nhỏ để hoàn trả vật liệu lipit cho màng bào tương. Cuối cùng tiêu thể thứ cấp với vật chất không tiêu hoá tạo thành thể cặn bã và được xuất bào. Cơ chế thực bào đóng vai trò rất quan trọng trong sự đề kháng của cơ thể đối với các tác nhân gây bệnh từ bên ngoài xâm nhập. Ngoài việc bất hoạt và tiêu hủy vi sinh vật, đại thực bào còn làm nhiệm vụ trình diện kháng nguyên của vi sinh vật cho lympho T nhận biết. Lympho T sau khi "nhận diện kháng nguyên" sẽ hoạt hoá và sản xuất kháng thể chống lại kháng nguyên đó. Ðại thực bào còn đóng vai trò trong việc tiêu hủy các tế bào già cũ trong cơ thể. Trung bình mỗi ngày, trong cơ thể người có hơn 1000 hồng cầu bị thực bào và tiêu hủy. 2.4. Ngoại tiết bào Là hiện tượng các túi bài tiết chứa chất thải hoặc chất chứa từ bào tương đến áp sát màng, hòa màng túi vào màng tế bào, mở túi và thải các chất ấy ra khỏi màng tế bào. Hình 5.10. Sự xuất bào Xuất bào là quá trình vận chuyển khối vật chất được ngăn cách với dịch bào tương từ trước đó bởi một lớp màng nội bào, ra khoang gian bào. Ðối tượng xuất bào gồm các túi chế tiết do Golgi hình thành và thể cặn bã tạo ra từ tiêu thể thứ cấp. Trước hết, xảy ra sự dính giữa hai lớp lipid hướng về dịch bào tương. Sau đó, màng của túi hòa nhập với màng bào tương, nhờ đó khoảng không bên trong túi được mở thông với khoảng gian bào. Xuất bào có hai kiểu: (1) Chế tiết liên tục thấy ở mọi tế bào, trong đó túi được chuyển ra màng và xuất bào ngay; (2) Một số tế bào có cơ chế chế tiết có điều khiển, trong đó các nang kết hợp màng với nhau tạo thành túi dự trữ có kích thước lớn hơn. Túi chuyển động về phía màng, nhưng chỉ xảy ra kết hợp màng khi có tín hiệu điều khiển tác động lên màng. Tín hiệu điều khiển thường tác dụng thông qua kênh ion Ca++. Ion này có thể từ ngoại bào lọt vào bào tương, hoặc được giải phóng từ những cấu trúc dự trữ Ca++ trong tế bào. Nồng độ Ca++ tăng đột ngột nhờ kênh ion tạo thành tín hiệu kết hợp màng, gây xuất bào các chất chứa bên 95 trong túi chế tiết (hormon, enzym tiêu hoá, chất trung gian dẫn truyền thần kinh v.v...). Tín hiệu điều khiển có thể chỉ tác dụng lên một khu vực hạn chế của màng bào tương, và phản ứng chế tiết cũng có thể chỉ xảy ra trên khu vực này của màng. Số lượng màng nội bào được nhập vào màng bào tương do cơ chế xuất bào có thể rất cao. Ví dụ mỗi tế bào cực ngọn của tụy có diện tích màng ở đỉnh là 30 micromét 2, nhưng khi có tín hiệu chế tiết enzym tiêu hoá, màng phải tiếp nhận thêm đến 900 micromét2 màng của các túi chế tiết. Màng này sau đó được thu hồi vào hệ thống màng nội bào nhờ nhập bào. 96 Chương 6 CHU KỲ SỐNG CỦA TẾ BÀO VÀ SỰ PHÂN BÀO Phân bào là một quá trình phức tạp, về mặt di truyền có thể xem phân bào là phương thức mà qua đó tế bào bố mẹ truyền thông tin di truyền cho các thế hệ con cháu. Vì qua phân bào các NST đã được phân đôi trong chu kỳ tế bào sẽ được phân ly đồng đều về 2 tế bào con. Người ta thường phân biệt các kiểu phân bào sau đây: - Phân bào nguyên nhiễm (mitosis). Còn gọi là nguyên phân. Là phương thức phân bào phổ biến nhất, thường đặc trưng cho các tế bào soma và tế bào sinh dục khi còn non. - Phân bào giảm nhiễm - giảm phân (meiosis). Là phương thức phân bào để hình thành các giao tử ở các cơ thể sinh sản hữu tính. - Phân bào tăng nhiễm - nội phân (endomitosis) đặc trưng cho tế bào đa bội. - Trực phân - phân bào không tơ (amitosis). Đặc trưng cho các tế bào bệnh lý hoặc tế bào đã biệt hoá. 1. Chu trình tế bào (cell cycle) Các tế bào trải qua nhiều giai đoạn nối tiếp nhau và kết thúc bằng sự phân chia tạo ra tế bào mới. Toàn bộ quá trình từ tế bào đến tế bào thế hệ kế tiếp được gọi là chu trình tế bào, gồm 4 giai đoạn: M, G1, S, G2. Hình 6.1. Sơ đồ chu kỳ tế bào Sự phân chia tế bào chỉ chiếm một phần của chu trình tế bào - M (mitosis) là giai đoạn nguyên phân. - Giai đoạn G1 (Gap) kéo dài từ sau khi tế bào phân chia đến bắt đầu sao chép vật chất di truyền. Sự tích luỹ vật chất nội bào đến một lúc nào đó đạt điểm hạn định (restriction) thì tế bào bắt đầu tổng hợp ADN. - Giai đoạn S (synthesis) là giai đoạn tổng hợp ADN. Cuối giai đoạn này, số luợng ADN tăng gấp đôi và chuyển sang giai đoạn G2 - Giai đoạn G2 là giai đoạn được nối tiếp sau S đến bắt đầu phân chia tế bào. Trong suốt giai đoạn này số lượng ADN gấp đôi cho đến khi tế bào phân chia. Khoảng thời gian gồm G1, S, G2 tế bào không phân chia và được gọi chung là gian kỳ hay kỳ trung gian (interphase). Chính ở kỳ trung gian này, tế bào thực hiện các hoạt động sống chủ yếu khác và sao chép bộ máy di truyền.